105 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Clim_R0001 on replicon NC_010803
Organism: Chlorobium limicola DSM 245



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010803  Clim_R0001  tRNA-Thr  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0001  tRNA-Thr  98.63 
 
 		 73 bp  137  4e-31  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.200882  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0048  tRNA-Thr  95.89 
 
 		 73 bp  121  1.9999999999999998e-26  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.106065 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t45  tRNA-Thr  95.89 
 
 		 73 bp  121  1.9999999999999998e-26  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0001  tRNA-Thr  95.89 
 
 		 76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.486305  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0001  tRNA-Thr  95.89 
 
 		 73 bp  121  1.9999999999999998e-26  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0001  tRNA-Thr  94.52 
 
 		 76 bp  113  6e-24  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000737901  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0017  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0019  tRNA-Thr  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0018  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.46927  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0047  tRNA-Thr  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.596916  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0016  tRNA-Thr  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0068  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000142194  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0022  tRNA-Thr  89.29 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.000272434  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0044  tRNA-Thr  91.07 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0003  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.611935  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0004  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.0638149 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tThr01  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 79 bp  60  0.00000007  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.969246 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tThr02  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.965954 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0025  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.676625  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0059  tRNA-Thr  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0018  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.387982  normal  1 
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_R11  tRNA-Thr  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0019  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.775653 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0027  tRNA-Lys  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000236545  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0029  tRNA-Thr  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.787562 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0042  tRNA-Thr  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.577114  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0042  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 74 bp  54  0.000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0049  tRNA-Thr  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0028  tRNA-Thr  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0815956 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_R0087  tRNA-Thr  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0078  tRNA-Thr  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.204281 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAArgVIMSS1309070  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 74 bp  54  0.000004  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAArgVIMSS1309273  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 74 bp  54  0.000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAArgVIMSS1309146  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 74 bp  54  0.000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.465362  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6025  tRNA-Thr  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.142522  normal  0.946345 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0059  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 75 bp  54  0.000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0050  tRNA-Thr  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0004  tRNA-Thr  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00188596  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0038  tRNA-Thr  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.40901  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0015  tRNA-Thr  100 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0001  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0012  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00458677 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0006  tRNA-Thr  100 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.624482 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0020  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0101  tRNA-Thr  85.48 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0053  tRNA-Thr  89.8 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0012  tRNA-Thr  87.72 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0013  tRNA-Thr  87.72 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0041  tRNA-Thr  87.72 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1949  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0249  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07721  tRNA-Thr  87.72 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0033  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.258005  decreased coverage  0.00480976 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0010  tRNA-Thr  93.75 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.158733  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAArgVIMSS1309121  tRNA-Arg  88.64 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.206982  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0014  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000044253  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0014  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.000000187798  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0013  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.162323  normal  0.0743617 
 
 
-
 
NC_006055  Mflt05  tRNA-Thr  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.000163107  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0024  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.826949  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0069  tRNA-Thr  89.74 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0017  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0045  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0379079  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68150  tRNA-Thr  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000338016  decreased coverage  0.00289129 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0824  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0733527  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAThrVIMSS1309101  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 72 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAArgVIMSS1309188  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.451708  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAThrVIMSS1309174  tRNA-Thr  93.55 
 
 		 72 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0087  tRNA-Thr  87.23 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000016212  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0011  tRNA-Thr  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0662869  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0077  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.362174  hitchhiker  0.0000000000991776 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0005  tRNA-Thr  88.24 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.570473  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5899  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0004  tRNA-Thr  88.24 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAArgVIMSS1309364  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0011  tRNA-Thr  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0488568  normal  0.109473 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0025  tRNA-Thr  93.55 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0053  tRNA-Thr  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.128402  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0001  tRNA-Thr  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0025  tRNA-Thr  93.55 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.287713  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0028  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.458439 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0040  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.0000000238807  hitchhiker  0.0000185517 
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Lys-2  tRNA-Lys  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00236112  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Ala-1  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.410035  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0032  tRNA-Pro  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0252  tRNA-Met  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0001  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0024  tRNA-Thr  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000548413  normal  0.0750081 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0028  tRNA-Pro  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.988711  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0013  tRNA-Thr  96.15 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0004  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.000000388071  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0010  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.0000320815  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0004  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.000000194526  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0010  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.00600624  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0032  tRNA-Pro  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0312905  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0035  tRNA-Pro  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000987265  normal  0.0118441 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0034  tRNA-Pro  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00129809  normal  0.24129 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0030  tRNA-Pro  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0110  tRNA-Thr  83.87 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.233569  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>