More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lreu_R0029 on replicon NC_009513
Organism: Lactobacillus reuteri DSM 20016



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009513  Lreu_R0029  tRNA-Thr  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t1226  tRNA-Thr  93.15 
 
 		 73 bp  105  1e-21  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.186423  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1614  tRNA-Thr  90.41 
 
 		 73 bp  89.7  8e-17  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.614815 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1579  tRNA-Thr  90.41 
 
 		 73 bp  89.7  8e-17  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0169  tRNA-Thr  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0025  tRNA-Thr  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0009  tRNA-Thr  93.1 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000115295 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t0442  tRNA-Thr  89.19 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0409  tRNA-Thr  87.67 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.00000026925  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35030  tRNA-Thr  91.07 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.838574  normal  0.836072 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0013  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.162323  normal  0.0743617 
 
 
-
 
NC_006055  Mflt05  tRNA-Thr  87.88 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.000163107  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0006  tRNA-Thr  87.88 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000132587  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Lys-1  tRNA-Lys  88.33 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.0000645959  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Lys-2  tRNA-Lys  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Lys-3  tRNA-Lys  88.33 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0060  tRNA-Lys  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0013  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4564  tRNA-Thr  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0073  tRNA-Lys  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0060  tRNA-Lys  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.398642  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0026  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000000388812  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0073  tRNA-Lys  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0016  tRNA-Thr  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0047  tRNA-Thr  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.596916  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0022  tRNA-Ala  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000000459218  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0080  tRNA-Ala  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0031  tRNA-Ala  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000044944  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0066  tRNA-Lys  87.93 
 
 		 73 bp  60  0.00000007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00163637  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0044  tRNA-Lys  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00224472  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0019  tRNA-Lys  87.93 
 
 		 73 bp  60  0.00000007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00557202  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0038  tRNA-Thr  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.40901  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0152  tRNA-Lys  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000001938  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0127  tRNA-Lys  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.615577  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5804  tRNA-Thr  84.93 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00774483  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5702  tRNA-Thr  84.93 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00210319  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5731  tRNA-Thr  84.93 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000000447208  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5818  tRNA-Thr  84.93 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000508092  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0096  tRNA-Thr  84.93 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00156576  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0868  tRNA-Thr  84.93 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000000717541  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5142  tRNA-Lys  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000365086  normal  0.814719 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4575  tRNA-Lys  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.0000000000569223  normal  0.0806914 
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Thr-2  tRNA-Thr  84.93 
 
 		 79 bp  58  0.0000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000000810946  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0049  tRNA-Lys  87.72 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000206578  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0020  tRNA-Lys  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0111108  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0142  tRNA-Thr  84.93 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000202791  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Thr-1  tRNA-Thr  84.93 
 
 		 79 bp  58  0.0000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Thr-4  tRNA-Thr  84.93 
 
 		 79 bp  58  0.0000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0135529  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5033  tRNA-Thr  84.93 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000000556895  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5342  tRNA-Lys  87.72 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.00000000164653  hitchhiker  0.0000000000098497 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5046  tRNA-Lys  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000000244729  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0228  tRNA-Lys  87.72 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000829583  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5002  tRNA-Thr  84.93 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Thr-1  tRNA-Thr  84.93 
 
 		 79 bp  58  0.0000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000228312  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0019  tRNA-Thr  84.93 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0246771  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0100  tRNA-Lys  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000113325  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0039  tRNA-Lys  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.595409  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6048  tRNA-Lys  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.019189  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Thr-5  tRNA-Thr  84.93 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000000791725  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0051  tRNA-Thr  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.124425  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0046  tRNA-Thr  84.93 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.195569  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0047  tRNA-Lys  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.487247 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5634  tRNA-Thr  84.93 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.109335  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0213  tRNA-Thr  84.93 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.0000000000777909  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0560  tRNA-Thr  84.93 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t2171  tRNA-Thr  84.93 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.100326  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0001  tRNA-Thr  94.44 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0011  tRNA-Lys  86.67 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.0000000213973  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0033  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0587853  normal  0.374695 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0011  tRNA-Lys  86.67 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.00000000344573  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0016  tRNA-Lys  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0352775  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03880  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.0309562 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0026  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0427282  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t14  tRNA-Thr  90.7 
 
 		 73 bp  54  0.000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0042  tRNA-Thr  90.7 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0931  tRNA-Thr  90.7 
 
 		 78 bp  54  0.000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0008  tRNA-Lys  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0760  tRNA-Thr  90.7 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t0194  tRNA-Thr  86.44 
 
 		 73 bp  54  0.000004  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Pro-3  tRNA-Pro  100 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0493619  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0018  tRNA-Thr  87.93 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0037  tRNA-Ala  87.04 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0234109  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4784  tRNA-Thr  92.11 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.00018344  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0005  tRNA-Lys  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000194874  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0052  tRNA-Thr  92.11 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000260506  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0007  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0012  tRNA-Thr  92.11 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0002  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0047  tRNA-Lys  86.21 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000113586  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0004  tRNA-Ala  87.04 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0012  tRNA-Thr  92.11 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000406806  normal  0.414735 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0002  tRNA-Lys  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0021  tRNA-Thr  92.11 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.669964  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0041  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0041  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0248017  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0001  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0007  tRNA-Thr  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000227553  hitchhiker  0.00000895065 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0013  tRNA-Thr  92.11 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.476807  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0002  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.815773  normal  0.273413 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0078  tRNA-Thr  92.11 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000000857457  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>