68 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_6003 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_6003  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.126047  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0051  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA52  tRNA-Thr  91.67 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.927106 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0004  tRNA-Thr  90.28 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0108141  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0015  tRNA-Thr  90.28 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.131204  normal  0.298264 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0001  tRNA-Thr  90.28 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0028  tRNA-Thr  90.28 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0006  tRNA-Thr  90.28 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.572136 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0012  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.734226  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0010  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0017  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.395224  normal  0.856918 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0005  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.247084 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0053  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.986946  normal  0.702685 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0057  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0055  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4318  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0045  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0302111  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0042  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.535307  normal  0.22955 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0008  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0040  tRNA-Ala  89.66 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0421069 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0042  tRNA-Ala  89.66 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00000030299  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0044  tRNA-Thr  87.72 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  0.0369335 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0028  tRNA-Thr  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0418849 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0050  tRNA-Thr  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.130847  hitchhiker  0.00000000426742 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0041  tRNA-Thr  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58710  tRNA-Thr  88.24 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0410722  normal  0.504047 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0013  tRNA-Thr  88.24 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5158  tRNA-Thr  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.65124  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_R0022  tRNA-Thr  86.21 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_R0047  tRNA-Thr  92.11 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0053  tRNA-Thr  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.914408  normal  0.310755 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0009  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.175889 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0055  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.000633202  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0046  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.000132851  normal  0.102838 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0014  tRNA-Ala  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.580851  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0013  tRNA-Ala  91.43 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.00000441273  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0014  tRNA-Ala  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0014  tRNA-Thr  85.19 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0075  tRNA-Asn  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0047  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.67913  normal  0.0842935 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0039  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0051  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0856263  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0022  tRNA-Thr  84.48 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.0000000830353  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0025  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000303691 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0004  tRNA-Thr  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00188596  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_R0017  tRNA-Thr  84.48 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0721546  normal  0.333053 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0844  tRNA-Arg  100 
 
 		 79 bp  44.1  0.005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.998646  n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_R0086  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0024  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0064  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0064  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00190165  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0050  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0015  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.329575  decreased coverage  0.00000481165 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0061  tRNA-Thr  88.1 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0065  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0040  tRNA-Trp  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0487601  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0004  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000356411  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0020  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.732276  normal  0.397145 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0035  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.111651 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0016  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.625219  normal  0.104037 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0022  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.189189 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0017  tRNA-Thr  88.1 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.106055  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0032  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0005  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000127143  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0024  tRNA-Thr  88.1 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.226382 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0056  tRNA-Asn  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.880886  decreased coverage  0.00985409 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0067  tRNA-Asn  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.143044  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0040  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000753452  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>