53 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_R0046 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009767  Rcas_R0055  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.000633202  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0046  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.000132851  normal  0.102838 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0021  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0225545  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0025  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.821281  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0045  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0775671  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tThr03  tRNA-Thr  87.14 
 
 		 79 bp  67.9  0.0000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.739012 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0048  tRNA-Thr  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.397818  normal  0.996159 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Thr-2  tRNA-Thr  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0006  tRNA-Thr  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0000228394  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0010  tRNA-Thr  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0535352  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0057  tRNA-Thr  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PGt07  tRNA-Thr  86.96 
 
 		 72 bp  58  0.0000003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0065  tRNA-Thr  85.51 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00337548 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0026  tRNA-Thr  85.51 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0014  tRNA-Thr  84.93 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000000293663  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0007  tRNA-Thr  85.51 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.22668  hitchhiker  0.0000658151 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0017  tRNA-Thr  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.79728  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0038  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.000000000920806  hitchhiker  0.00000030744 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA52  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.927106 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0013  tRNA-Thr  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0563085  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0018  tRNA-Thr  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000226987  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0042  tRNA-Thr  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.535307  normal  0.22955 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0008  tRNA-Thr  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4318  tRNA-Thr  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0025  tRNA-Thr  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0045  tRNA-Thr  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0302111  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0034  tRNA-Thr  84.42 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.88486  normal  0.49295 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0059  tRNA-Thr  85.51 
 
 		 72 bp  50.1  0.00007  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0051  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0030  tRNA-Thr  86.54 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0015  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.131204  normal  0.298264 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0013  tRNA-Thr  83.33 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000145689  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0028  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0004  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0108141  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0001  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0006  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.572136 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1673  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.000000301806  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2191  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.0000534865  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2233  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.00000102912  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6003  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.126047  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0055  tRNA-Thr  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000011398  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0002  tRNA-His  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.07426 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0011  tRNA-Thr  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.264873  normal  1 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_R0081  tRNA-Thr  85.19 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0005  tRNA-Thr  84.48 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.134807  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0016  tRNA-Thr  84.48 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.0000000825993  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t10  tRNA-Thr  84.48 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.0000121578  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0025  tRNA-Asp  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0357766  normal  0.112448 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0054  tRNA-Thr  85.19 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000720671  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0012  tRNA-Thr  84.48 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000200408  hitchhiker  0.00313302 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0026  tRNA-Asp  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0364321  normal  0.064648 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0017  tRNA-Thr  84.48 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000663854  decreased coverage  0.0000968931 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0027  tRNA-Asp  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0556629  normal  0.064648 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>