More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_R0054 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_R0054  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000720671  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0025  tRNA-Thr  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t10  tRNA-Thr  97.26 
 
 		 73 bp  129  1.0000000000000001e-28  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.0000121578  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0016  tRNA-Thr  97.26 
 
 		 73 bp  129  1.0000000000000001e-28  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.0000000825993  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0012  tRNA-Thr  97.26 
 
 		 73 bp  129  1.0000000000000001e-28  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000200408  hitchhiker  0.00313302 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0005  tRNA-Thr  97.26 
 
 		 73 bp  129  1.0000000000000001e-28  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.134807  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0017  tRNA-Thr  97.26 
 
 		 73 bp  129  1.0000000000000001e-28  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000663854  decreased coverage  0.0000968931 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0048  tRNA-Thr  95.77 
 
 		 76 bp  117  3.9999999999999997e-25  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.397818  normal  0.996159 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0042  tRNA-Thr  98.28 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000011183  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0006  tRNA-Thr  98.21 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.000288516  hitchhiker  0.0000067546 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0310  tRNA-Thr  98.21 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  hitchhiker  0.00278593  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0046  tRNA-Thr  95.08 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.000000374178  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0026  tRNA-Thr  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0007  tRNA-Thr  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.22668  hitchhiker  0.0000658151 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0065  tRNA-Thr  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00337548 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0035  tRNA-Thr  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0436953  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0006  tRNA-Thr  91.55 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0000228394  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Thr-2  tRNA-Thr  97.96 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.00332161  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0013  tRNA-Thr  90.28 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000145689  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0014  tRNA-Thr  90.14 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000000293663  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0017  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000000115919  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0011  tRNA-Thr  93.1 
 
 		 73 bp  83.8  0.000000000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0110448 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1871  tRNA-Thr  95.92 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0184728  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0317  tRNA-Thr  95.92 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000144022  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Thr-2  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0010  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0535352  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0025  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.821281  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0030  tRNA-Thr  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt06  tRNA-Thr  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt06  tRNA-Thr  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0041  tRNA-Thr  97.67 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09730  tRNA-Thr  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  decreased coverage  0.0000000907355  hitchhiker  0.0000119481 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0014  tRNA-Thr  97.67 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0038  tRNA-Thr  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.000000000920806  hitchhiker  0.00000030744 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0033  tRNA-Thr  93.88 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0034  tRNA-Thr  97.56 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.88486  normal  0.49295 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0028  tRNA-Thr  95.92 
 
 		 72 bp  73.8  0.000000000005  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PGt07  tRNA-Thr  97.73 
 
 		 72 bp  71.9  0.00000000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0018  tRNA-Thr  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000226987  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0013  tRNA-Thr  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0563085  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0821  tRNA-Thr  87.32 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0929777  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0042  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0209686  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0012  tRNA-Thr  97.44 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000603563  normal  0.0893983 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t07  tRNA-Thr  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.222466  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0052  tRNA-Thr  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  decreased coverage  0.000000000609044  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0015  tRNA-Thr  93.48 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  decreased coverage  0.00000000030839  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna6  tRNA-Thr  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.349793  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0052  tRNA-Thr  93.48 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000639553  hitchhiker  0.00795761 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0009  tRNA-Thr  97.62 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.630653 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0052  tRNA-Thr  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.00000000201025  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5651  tRNA-Thr  91.84 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.0000701056  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5648  tRNA-Thr  91.84 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.0000000502297  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1361  tRNA-Thr  97.56 
 
 		 72 bp  65.9  0.000000001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Thr-5  tRNA-Thr  91.84 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00000000184905  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Thr-3  tRNA-Thr  91.84 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000633532  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Thr-3  tRNA-Thr  91.84 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000000222462  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0034  tRNA-Thr  91.84 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000453984  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0020  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 78 bp  65.9  0.000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000056123  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Thr-1  tRNA-Thr  91.84 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000186681  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0035  tRNA-Thr  97.56 
 
 		 72 bp  65.9  0.000000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0047  tRNA-Thr  97.56 
 
 		 72 bp  65.9  0.000000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0189  tRNA-Thr  91.84 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.00000000579129  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60040  tRNA-Thr  86.96 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.909692  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0017  tRNA-Thr  93.33 
 
 		 72 bp  65.9  0.000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00199817  normal  0.0150591 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0025  tRNA-Thr  91.23 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  unclonable  0.00000000411074  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08670  tRNA-Thr  86.96 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000482106  hitchhiker  0.000524894 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0042  tRNA-Thr  91.84 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000000280206  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0070  tRNA-Thr  93.33 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0035  tRNA-Thr  97.56 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.000000289059  normal  0.587643 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0013  tRNA-Thr  97.56 
 
 		 72 bp  65.9  0.000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0369049  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0168  tRNA-Thr  91.84 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00852327 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0054  tRNA-Thr  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000041401  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0016  tRNA-Thr  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.35256e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0050  tRNA-Thr  93.75 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.111405  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0017  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.79728  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0054  tRNA-Thr  89.29 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0013  tRNA-Thr  91.67 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000480722  hitchhiker  0.0000885703 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0039  tRNA-Thr  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000296877  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08630  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.000000480255  hitchhiker  0.000000163212 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0012  tRNA-Thr  100 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.0000000512028  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2233  tRNA-Thr  100 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.00000102912  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0067  tRNA-Thr  85.92 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.689375  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1326  tRNA-Thr  100 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  hitchhiker  0.00274987  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2191  tRNA-Thr  100 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.0000534865  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1673  tRNA-Thr  100 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.000000301806  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA67  tRNA-Thr  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.0000000105718  normal  0.63081 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0020  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0148448 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R87  tRNA-Thr  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000233692  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0023  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0059  tRNA-Thr  93.48 
 
 		 72 bp  60  0.00000008  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0027  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0027  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.997139  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0061  tRNA-Thr  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00680264  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0034  tRNA-Thr  89.8 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.175686  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5147  tRNA-Thr  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000000364084  normal  0.477803 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0018  tRNA-Thr  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000105771  hitchhiker  0.00192537 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0007  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.140228  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0022  tRNA-Thr  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0133  tRNA-Thr  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000850923  normal  0.0129533 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0022  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.0000255037  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>