223 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Suden_R0015 on replicon NC_007575
Organism: Sulfurimonas denitrificans DSM 1251



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007575  Suden_R0015  tRNA-Thr  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  decreased coverage  0.00000000030839  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0017  tRNA-Thr  96.15 
 
 		 72 bp  87.7  3e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00199817  normal  0.0150591 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0012  tRNA-Thr  96 
 
 		 75 bp  83.8  0.000000000000005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.0000000512028  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0012  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 75 bp  83.8  0.000000000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000603563  normal  0.0893983 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0048  tRNA-Thr  91.53 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.397818  normal  0.996159 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0050  tRNA-Thr  100 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.111405  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1673  tRNA-Thr  94 
 
 		 75 bp  75.8  0.000000000001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.000000301806  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0028  tRNA-Thr  100 
 
 		 72 bp  75.8  0.000000000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2191  tRNA-Thr  94 
 
 		 75 bp  75.8  0.000000000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.0000534865  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0042  tRNA-Thr  95.65 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000011183  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2233  tRNA-Thr  94 
 
 		 75 bp  75.8  0.000000000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.00000102912  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0035  tRNA-Thr  95.65 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0436953  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1326  tRNA-Thr  94 
 
 		 75 bp  75.8  0.000000000001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  hitchhiker  0.00274987  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0046  tRNA-Thr  95.65 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.000000374178  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0025  tRNA-Thr  92.45 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  unclonable  0.00000000411074  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0009  tRNA-Thr  93.88 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000259067  hitchhiker  0.000000000126402 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0009  tRNA-Thr  93.75 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.630653 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0035  tRNA-Thr  93.75 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.000000289059  normal  0.587643 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1871  tRNA-Thr  89.83 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0184728  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1361  tRNA-Thr  97.44 
 
 		 72 bp  69.9  0.00000000008  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0026  tRNA-Thr  89.83 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0007  tRNA-Thr  89.83 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.22668  hitchhiker  0.0000658151 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0065  tRNA-Thr  89.83 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00337548 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0035  tRNA-Thr  97.44 
 
 		 72 bp  69.9  0.00000000008  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0006  tRNA-Thr  89.83 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0000228394  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0006  tRNA-Thr  89.83 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.000288516  hitchhiker  0.0000067546 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0310  tRNA-Thr  89.83 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  hitchhiker  0.00278593  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0067  tRNA-Thr  89.83 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.689375  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0821  tRNA-Thr  89.83 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0929777  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0047  tRNA-Thr  97.44 
 
 		 72 bp  69.9  0.00000000008  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0317  tRNA-Thr  89.83 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000144022  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PGt07  tRNA-Thr  97.37 
 
 		 72 bp  67.9  0.0000000003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Thr-2  tRNA-Thr  93.48 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.00332161  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0017  tRNA-Thr  93.48 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000663854  decreased coverage  0.0000968931 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t10  tRNA-Thr  93.48 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.0000121578  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0013  tRNA-Thr  97.37 
 
 		 72 bp  67.9  0.0000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0369049  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0008  tRNA-Thr  87.88 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000000961846  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0012  tRNA-Thr  93.48 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000200408  hitchhiker  0.00313302 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0005  tRNA-Thr  93.48 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.134807  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0016  tRNA-Thr  93.48 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.0000000825993  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0054  tRNA-Thr  93.48 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000720671  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS05587  tRNA-Thr  91.84 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000149657  normal  0.0701364 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0070  tRNA-Thr  91.84 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000211747  normal  0.22692 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Thr-4  tRNA-Thr  91.84 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.000416702  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0012  tRNA-Thr  91.84 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  4.11185e-23  normal  0.0771857 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0071  tRNA-Thr  91.84 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0072869  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0056  tRNA-Thr  91.84 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0111608  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_BR0069  tRNA-Thr  91.84 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00993164  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3795  tRNA-Thr  91.84 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0000000128346  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0022  tRNA-Thr  91.84 
 
 		 72 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000000327134  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0048  tRNA-Thr  91.84 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.623542  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0014  tRNA-Thr  91.84 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000116743  normal  0.141702 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0009  tRNA-Thr  91.84 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000238051  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3085  tRNA-Thr  91.84 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000338041  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0077  tRNA-Thr  91.84 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000000188112  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3460  tRNA-Thr  91.84 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  decreased coverage  0.0000610299  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0057  tRNA-Thr  91.84 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0059  tRNA-Thr  91.84 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.0000000579728  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0051  tRNA-Thr  91.84 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.802043 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0014  tRNA-Thr  91.84 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000000427945  normal  0.583386 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0014  tRNA-Thr  91.84 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00000027785  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0013  tRNA-Thr  91.84 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.000000441208  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0057  tRNA-Thr  91.84 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000000145876  hitchhiker  0.000000719754 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3187  tRNA-Thr  91.84 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000488058  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0011  tRNA-Thr  91.84 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000137284  normal  0.0115711 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0005  tRNA-Thr  91.84 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1905  tRNA-Thr  91.84 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.0000000256586  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3763  tRNA-Thr  91.84 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00000000152532  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3825  tRNA-Thr  91.84 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.366335  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0029  tRNA-Thr  90.38 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.217954 
 
 
-
 
NC_006368  lppt06  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt06  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60040  tRNA-Thr  89.29 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.909692  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0043  tRNA-Thr  90.38 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08670  tRNA-Thr  89.29 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000482106  hitchhiker  0.000524894 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0017  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000000115919  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Thr-2  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA67  tRNA-Thr  88.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.0000000105718  normal  0.63081 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R87  tRNA-Thr  88.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000233692  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0025  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0018  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000226987  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0041  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0038  tRNA-Thr  88.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.000000000920806  hitchhiker  0.00000030744 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0013  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0563085  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0010  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0535352  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0105  tRNA-Thr  88.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000288138  hitchhiker  0.0000019759 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0014  tRNA-Thr  88.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000000293663  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0014  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0025  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.821281  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0011  tRNA-Thr  91.3 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000691484  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Thr-2  tRNA-Thr  90 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.34848  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0439  tRNA-Thr  90 
 
 		 72 bp  60  0.00000008  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.000000182942  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0016  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000000236341  hitchhiker  0.00490505 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07727  tRNA-Thr  94.74 
 
 		 72 bp  60  0.00000008  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0061  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0034  tRNA-Thr  100 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.88486  normal  0.49295 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0058  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000341468  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0055  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.872606 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0027  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.557842  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1719  tRNA-Thr  90 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.0000000778292  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>