168 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_R0025 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013501  Rmar_R0025  tRNA-Thr  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  unclonable  0.00000000411074  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_R22  tRNA-Thr  91.23 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  0.0247278  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0042  tRNA-Thr  92.98 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000011183  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0015  tRNA-Thr  92.45 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  decreased coverage  0.00000000030839  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0046  tRNA-Thr  92.98 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.000000374178  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0062  tRNA-Thr  87.67 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0011  tRNA-Thr  95.92 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0110448 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0013  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000145689  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0009  tRNA-Thr  92 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.630653 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0047  tRNA-Thr  95.24 
 
 		 72 bp  67.9  0.0000000003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0035  tRNA-Thr  95.24 
 
 		 72 bp  67.9  0.0000000003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1361  tRNA-Thr  95.24 
 
 		 72 bp  67.9  0.0000000003  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0042  tRNA-Thr  91.23 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000000280206  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0012  tRNA-Thr  91.23 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000200408  hitchhiker  0.00313302 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t10  tRNA-Thr  91.23 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.0000121578  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0017  tRNA-Thr  91.23 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000663854  decreased coverage  0.0000968931 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0005  tRNA-Thr  91.23 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.134807  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0016  tRNA-Thr  91.23 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.0000000825993  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0054  tRNA-Thr  91.23 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000720671  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0035  tRNA-Thr  91.07 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0436953  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1326  tRNA-Thr  91.67 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  hitchhiker  0.00274987  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0059  tRNA-Thr  95 
 
 		 72 bp  63.9  0.000000005  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0013  tRNA-Thr  95 
 
 		 72 bp  63.9  0.000000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0369049  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0029  tRNA-Thr  91.67 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.217954 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5648  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.0000000502297  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Thr-5  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00000000184905  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Thr-3  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000633532  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Thr-3  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000000222462  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Thr-1  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000186681  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0189  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.00000000579129  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5651  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.0000701056  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0033  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0168  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00852327 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0034  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000453984  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Thr-3  tRNA-Thr  90 
 
 		 72 bp  60  0.00000008  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  decreased coverage  0.0000131783  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0017  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 72 bp  60  0.00000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00199817  normal  0.0150591 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0021  tRNA-Thr  90 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0625627  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0012  tRNA-Thr  90 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000603563  normal  0.0893983 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0050  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.111405  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0030  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0399  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  decreased coverage  0.00000357697  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0025  tRNA-Thr  91.84 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tThr03  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 79 bp  58  0.0000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.739012 
 
 
-
 
NC_002950  PGt07  tRNA-Thr  92.5 
 
 		 72 bp  56  0.000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Thr-2  tRNA-Thr  89.29 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.00332161  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0006  tRNA-Thr  89.29 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.000288516  hitchhiker  0.0000067546 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0035  tRNA-Thr  92.5 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.000000289059  normal  0.587643 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0007  tRNA-Thr  89.29 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.22668  hitchhiker  0.0000658151 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0026  tRNA-Thr  89.29 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0048  tRNA-Thr  89.29 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.397818  normal  0.996159 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0310  tRNA-Thr  89.29 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  hitchhiker  0.00278593  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0065  tRNA-Thr  89.29 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00337548 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1673  tRNA-Thr  89.58 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.000000301806  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2191  tRNA-Thr  89.58 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.0000534865  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2233  tRNA-Thr  89.58 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.00000102912  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0028  tRNA-Thr  92.5 
 
 		 72 bp  56  0.000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0012  tRNA-Thr  89.58 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.0000000512028  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt06  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt06  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5147  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000000364084  normal  0.477803 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0093  tRNA-Val  87.27 
 
 		 72 bp  54  0.000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0034  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.175686  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0009  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000259067  hitchhiker  0.000000000126402 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0052  tRNA-Thr  88 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0057  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0072  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.465958  hitchhiker  0.00803701 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0046  tRNA-Thr  88 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0468144  normal  0.358768 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0005  tRNA-Thr  88 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0017  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000000115919  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA51  tRNA-Thr  88 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0701295  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0011  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.176514  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1871  tRNA-Thr  89.13 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0184728  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0317  tRNA-Thr  89.13 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000144022  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0071  tRNA-Thr  85.14 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t04  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 72 bp  50.1  0.00007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.36184  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4335  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0037  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0388732 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0038  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.70785  normal  0.208879 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0007  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0275  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000205711  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0005  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.63313  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0008  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0030  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0021  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.404313  normal  0.107554 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0044  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.000154669  normal  0.0727135 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0042  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0209686  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0158  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0019  tRNA-Thr  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.216458  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0034  tRNA-Thr  94.44 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.88486  normal  0.49295 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0055  tRNA-Thr  89.58 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000011398  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0009  tRNA-Thr  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000115295 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAThrVIMSS1309299  tRNA-Thr  93.75 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0668617 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0061  tRNA-Thr  93.75 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0122342  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0018  tRNA-Thr  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0038  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.000000000920806  hitchhiker  0.00000030744 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Thr-4  tRNA-Thr  89.74 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.000416702  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3085  tRNA-Thr  89.74 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000338041  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0027  tRNA-Thr  89.74 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.557842  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0025  tRNA-Thr  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.821281  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0066  tRNA-Thr  89.74 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.380799  normal  0.1543 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>