208 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_1361 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_1361  tRNA-Thr  100 
 
 		 72 bp  143  6e-33  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0047  tRNA-Thr  97.06 
 
 		 72 bp  119  9e-26  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0035  tRNA-Thr  97.06 
 
 		 72 bp  119  9e-26  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0050  tRNA-Thr  94.64 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.111405  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0013  tRNA-Thr  100 
 
 		 72 bp  85.7  0.000000000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0369049  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0009  tRNA-Thr  97.67 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.630653 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0057  tRNA-Thr  94.12 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0072  tRNA-Thr  94.12 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.465958  hitchhiker  0.00803701 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0035  tRNA-Thr  97.56 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.000000289059  normal  0.587643 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1326  tRNA-Thr  97.56 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  hitchhiker  0.00274987  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PGt07  tRNA-Thr  97.5 
 
 		 72 bp  71.9  0.00000000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0028  tRNA-Thr  97.5 
 
 		 72 bp  71.9  0.00000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0012  tRNA-Thr  97.5 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000603563  normal  0.0893983 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0017  tRNA-Thr  97.5 
 
 		 72 bp  71.9  0.00000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00199817  normal  0.0150591 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1673  tRNA-Thr  97.44 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000007  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.000000301806  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0046  tRNA-Thr  97.67 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000007  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.000000374178  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0061  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0012  tRNA-Thr  97.44 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000007  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.0000000512028  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0044  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.000154669  normal  0.0727135 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0015  tRNA-Thr  97.44 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000007  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  decreased coverage  0.00000000030839  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0009  tRNA-Thr  97.44 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000007  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000259067  hitchhiker  0.000000000126402 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0016  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000000236341  hitchhiker  0.00490505 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0048  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000219709  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2191  tRNA-Thr  97.44 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000007  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.0000534865  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0058  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000341468  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0055  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.872606 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0027  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.557842  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0004  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2233  tRNA-Thr  97.44 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000007  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.00000102912  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Thr-2  tRNA-Thr  97.62 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.00332161  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0025  tRNA-Thr  95.24 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  unclonable  0.00000000411074  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t04  tRNA-Thr  93.48 
 
 		 72 bp  67.9  0.0000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.36184  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0310  tRNA-Thr  97.62 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  hitchhiker  0.00278593  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0042  tRNA-Thr  97.62 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000011183  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4335  tRNA-Thr  93.48 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0007  tRNA-Thr  97.62 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.22668  hitchhiker  0.0000658151 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0021  tRNA-Thr  93.48 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.404313  normal  0.107554 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0065  tRNA-Thr  97.62 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00337548 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0035  tRNA-Thr  97.62 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0436953  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0026  tRNA-Thr  97.62 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0006  tRNA-Thr  97.62 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.000288516  hitchhiker  0.0000067546 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0021  tRNA-Thr  95.24 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0625627  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0005  tRNA-Thr  93.48 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.63313  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0017  tRNA-Thr  97.62 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000000115919  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0037  tRNA-Thr  93.48 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0388732 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0030  tRNA-Thr  93.48 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0038  tRNA-Thr  93.48 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.70785  normal  0.208879 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0007  tRNA-Thr  93.48 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0275  tRNA-Thr  93.48 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000205711  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt06  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt06  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0015  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000088003  normal  0.408699 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0046  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0468144  normal  0.358768 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0025  tRNA-Thr  97.56 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0054  tRNA-Thr  97.56 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000720671  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t10  tRNA-Thr  97.56 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.0000121578  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0048  tRNA-Thr  97.56 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.397818  normal  0.996159 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0008  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0016  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0052  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0005  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0005  tRNA-Thr  97.56 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.134807  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0014  tRNA-Thr  97.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0041  tRNA-Thr  97.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0016  tRNA-Thr  97.56 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.0000000825993  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0017  tRNA-Thr  97.56 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000663854  decreased coverage  0.0000968931 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0012  tRNA-Thr  97.56 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000200408  hitchhiker  0.00313302 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA51  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0701295  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0034  tRNA-Thr  97.5 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.88486  normal  0.49295 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0059  tRNA-Thr  95 
 
 		 72 bp  63.9  0.000000005  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Thr-2  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0051  tRNA-Thr  94.87 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.802043 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Thr-4  tRNA-Thr  94.87 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.000416702  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0071  tRNA-Thr  94.87 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0072869  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_BR0069  tRNA-Thr  94.87 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00993164  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6021  tRNA-Thr  89.09 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.893316 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3795  tRNA-Thr  94.87 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0000000128346  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0022  tRNA-Thr  94.87 
 
 		 72 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000000327134  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0070  tRNA-Thr  94.87 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000211747  normal  0.22692 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3085  tRNA-Thr  94.87 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000338041  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1871  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0184728  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0077  tRNA-Thr  94.87 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000000188112  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0057  tRNA-Thr  94.87 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000000145876  hitchhiker  0.000000719754 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0057  tRNA-Thr  94.87 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0070  tRNA-Thr  89.09 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0632642 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0059  tRNA-Thr  94.87 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.0000000579728  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0014  tRNA-Thr  94.87 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00000027785  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0013  tRNA-Thr  94.87 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.000000441208  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0014  tRNA-Thr  94.87 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000116743  normal  0.141702 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3187  tRNA-Thr  94.87 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000488058  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0025  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.821281  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0048  tRNA-Thr  94.87 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.623542  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0018  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000226987  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0066  tRNA-Thr  94.87 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.380799  normal  0.1543 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1905  tRNA-Thr  94.87 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.0000000256586  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3763  tRNA-Thr  94.87 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00000000152532  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3825  tRNA-Thr  94.87 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.366335  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3460  tRNA-Thr  94.87 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  decreased coverage  0.0000610299  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0009  tRNA-Thr  94.87 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000238051  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0013  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0563085  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>