223 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnec_R0009 on replicon NC_010531
Organism: Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010531  Pnec_R0009  tRNA-Thr  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000259067  hitchhiker  0.000000000126402 
 
 
-
 
NC_003295  RS05587  tRNA-Thr  98.67 
 
 		 75 bp  141  3e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000149657  normal  0.0701364 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0048  tRNA-Thr  98.67 
 
 		 75 bp  141  3e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.623542  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Thr-4  tRNA-Thr  98.67 
 
 		 75 bp  141  3e-32  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.000416702  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0005  tRNA-Thr  98.67 
 
 		 75 bp  141  3e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0011  tRNA-Thr  98.67 
 
 		 75 bp  141  3e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000137284  normal  0.0115711 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0012  tRNA-Thr  98.67 
 
 		 75 bp  141  3e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  4.11185e-23  normal  0.0771857 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0071  tRNA-Thr  98.67 
 
 		 75 bp  141  3e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0072869  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0056  tRNA-Thr  98.67 
 
 		 75 bp  141  3e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0111608  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_BR0069  tRNA-Thr  98.67 
 
 		 75 bp  141  3e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00993164  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3795  tRNA-Thr  98.67 
 
 		 75 bp  141  3e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0000000128346  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0057  tRNA-Thr  98.67 
 
 		 75 bp  141  3e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000000145876  hitchhiker  0.000000719754 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3085  tRNA-Thr  98.67 
 
 		 75 bp  141  3e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000338041  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0014  tRNA-Thr  98.67 
 
 		 75 bp  141  3e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000000427945  normal  0.583386 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0077  tRNA-Thr  98.67 
 
 		 75 bp  141  3e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000000188112  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0057  tRNA-Thr  98.67 
 
 		 75 bp  141  3e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0070  tRNA-Thr  98.67 
 
 		 75 bp  141  3e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000211747  normal  0.22692 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0059  tRNA-Thr  98.67 
 
 		 75 bp  141  3e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.0000000579728  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0051  tRNA-Thr  98.67 
 
 		 75 bp  141  3e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.802043 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3825  tRNA-Thr  98.67 
 
 		 75 bp  141  3e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.366335  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0014  tRNA-Thr  98.67 
 
 		 75 bp  141  3e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00000027785  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0013  tRNA-Thr  98.67 
 
 		 75 bp  141  3e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.000000441208  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0009  tRNA-Thr  98.67 
 
 		 75 bp  141  3e-32  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000238051  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0014  tRNA-Thr  98.67 
 
 		 75 bp  141  3e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000116743  normal  0.141702 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3460  tRNA-Thr  98.67 
 
 		 75 bp  141  3e-32  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  decreased coverage  0.0000610299  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3763  tRNA-Thr  98.67 
 
 		 75 bp  141  3e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00000000152532  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3187  tRNA-Thr  98.67 
 
 		 75 bp  141  3e-32  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000488058  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1905  tRNA-Thr  98.67 
 
 		 75 bp  141  3e-32  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.0000000256586  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0022  tRNA-Thr  98.61 
 
 		 72 bp  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000000327134  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0007  tRNA-Thr  94.67 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.237633  hitchhiker  0.00714084 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0056  tRNA-Thr  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0020  tRNA-Thr  91.55 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0066  tRNA-Thr  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.380799  normal  0.1543 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0016  tRNA-Thr  97.92 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000000236341  hitchhiker  0.00490505 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0061  tRNA-Thr  97.92 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0058  tRNA-Thr  97.92 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000341468  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0055  tRNA-Thr  97.92 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.872606 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0027  tRNA-Thr  97.92 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.557842  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0052  tRNA-Thr  94.34 
 
 		 75 bp  81.8  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA51  tRNA-Thr  94.34 
 
 		 75 bp  81.8  0.00000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0701295  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0046  tRNA-Thr  94.34 
 
 		 75 bp  81.8  0.00000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0468144  normal  0.358768 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0021  tRNA-Thr  94.34 
 
 		 75 bp  81.8  0.00000000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0625627  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0005  tRNA-Thr  94.34 
 
 		 75 bp  81.8  0.00000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0044  tRNA-Thr  94.23 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.000154669  normal  0.0727135 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0057  tRNA-Thr  94.23 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0072  tRNA-Thr  94.23 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.465958  hitchhiker  0.00803701 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0015  tRNA-Thr  93.88 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  decreased coverage  0.00000000030839  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0061  tRNA-Thr  95.56 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0122342  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0048  tRNA-Thr  97.56 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000219709  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0004  tRNA-Thr  97.56 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0005  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.63313  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t04  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 72 bp  71.9  0.00000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.36184  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0038  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.70785  normal  0.208879 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0275  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000205711  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4335  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0008  tRNA-Thr  93.75 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0037  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0388732 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0007  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0030  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0070  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1361  tRNA-Thr  97.44 
 
 		 72 bp  69.9  0.00000000008  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0035  tRNA-Thr  97.44 
 
 		 72 bp  69.9  0.00000000008  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0046  tRNA-Thr  93.62 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00480232  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0047  tRNA-Thr  97.44 
 
 		 72 bp  69.9  0.00000000008  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0056  tRNA-Thr  93.62 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.877587 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0013  tRNA-Thr  97.37 
 
 		 72 bp  67.9  0.0000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0369049  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0012  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.0000000512028  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1466  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  decreased coverage  0.0000000857792  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Thr-2  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.34848  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0005    90.57 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0005  tRNA-Thr  90.57 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0025  tRNA-Thr  90.57 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0439  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 72 bp  65.9  0.000000001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.000000182942  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1673  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.000000301806  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1326  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  hitchhiker  0.00274987  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2191  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.0000534865  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1719  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.0000000778292  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2233  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.00000102912  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAThrVIMSS1309299  tRNA-Thr  93.33 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0668617 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0198  tRNA-Thr  90.38 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PGt07  tRNA-Thr  93.02 
 
 		 72 bp  61.9  0.00000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t008  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t004  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000000811739  normal  0.123776 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0041  tRNA-Thr  91.49 
 
 		 72 bp  61.9  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0061  tRNA-Thr  91.49 
 
 		 72 bp  61.9  0.00000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000296073  normal  0.403996 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAThrVIMSS1309355  tRNA-Thr  91.49 
 
 		 72 bp  61.9  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.824908  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0016  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000937466  hitchhiker  0.000524679 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0047  tRNA-Thr  91.49 
 
 		 72 bp  61.9  0.00000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  unclonable  0.000000841137  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0124  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000133621  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0014  tRNA-Thr  91.49 
 
 		 72 bp  61.9  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAThrVIMSS1309354  tRNA-Thr  91.49 
 
 		 72 bp  61.9  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0052  tRNA-Thr  91.49 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000639553  hitchhiker  0.00795761 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0070  tRNA-Thr  94.87 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0632642 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0014  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000541259  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0012  tRNA-Thr  91.49 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000603563  normal  0.0893983 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0015  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000294168  normal  0.0837368 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAThrVIMSS1309157  tRNA-Thr  91.49 
 
 		 72 bp  61.9  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAThrVIMSS1309081  tRNA-Thr  91.49 
 
 		 72 bp  61.9  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAThrVIMSS1309082  tRNA-Thr  91.49 
 
 		 72 bp  61.9  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.248116  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAThrVIMSS1309113  tRNA-Thr  91.49 
 
 		 72 bp  61.9  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>