225 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_R0017 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_R0017  tRNA-Thr  100 
 
 		 72 bp  143  6e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00199817  normal  0.0150591 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0028  tRNA-Thr  96.36 
 
 		 72 bp  93.7  5e-18  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0015  tRNA-Thr  96.15 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  decreased coverage  0.00000000030839  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0035  tRNA-Thr  94.64 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.000000289059  normal  0.587643 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0050  tRNA-Thr  100 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.111405  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0012  tRNA-Thr  96.08 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000603563  normal  0.0893983 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0043  tRNA-Thr  92.98 
 
 		 75 bp  81.8  0.00000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PGt07  tRNA-Thr  92.98 
 
 		 72 bp  81.8  0.00000000000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0012  tRNA-Thr  94.34 
 
 		 75 bp  81.8  0.00000000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.0000000512028  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07727  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 72 bp  79.8  0.00000000000008  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0009  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.630653 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2191  tRNA-Thr  92.45 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.0000534865  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0059  tRNA-Thr  91.23 
 
 		 72 bp  73.8  0.000000000005  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2233  tRNA-Thr  92.45 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.00000102912  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0042  tRNA-Thr  95.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000011183  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0035  tRNA-Thr  95.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0436953  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1326  tRNA-Thr  92.45 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  hitchhiker  0.00274987  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1673  tRNA-Thr  92.45 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.000000301806  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0013  tRNA-Thr  97.5 
 
 		 72 bp  71.9  0.00000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0369049  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1361  tRNA-Thr  97.5 
 
 		 72 bp  71.9  0.00000000002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0035  tRNA-Thr  97.5 
 
 		 72 bp  71.9  0.00000000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0047  tRNA-Thr  97.5 
 
 		 72 bp  71.9  0.00000000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0317  tRNA-Thr  94.12 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000007  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000144022  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1871  tRNA-Thr  94.12 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000007  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0184728  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0041  tRNA-Thr  94.12 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0031  tRNA-Val  89.83 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000007  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.057517  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0014  tRNA-Thr  94.12 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Thr-2  tRNA-Thr  97.62 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0041  tRNA-Thr  89.66 
 
 		 72 bp  67.9  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAThrVIMSS1309355  tRNA-Thr  89.66 
 
 		 72 bp  67.9  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.824908  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0014  tRNA-Thr  89.66 
 
 		 72 bp  67.9  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAThrVIMSS1309354  tRNA-Thr  89.66 
 
 		 72 bp  67.9  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0034  tRNA-Thr  88.71 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.000000469918  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAThrVIMSS1309157  tRNA-Thr  89.66 
 
 		 72 bp  67.9  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0010  tRNA-Thr  97.62 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0535352  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAThrVIMSS1309081  tRNA-Thr  89.66 
 
 		 72 bp  67.9  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAThrVIMSS1309082  tRNA-Thr  89.66 
 
 		 72 bp  67.9  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.248116  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAThrVIMSS1309113  tRNA-Thr  89.66 
 
 		 72 bp  67.9  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAThrVIMSS1309202  tRNA-Thr  89.66 
 
 		 72 bp  67.9  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.083443  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAThrVIMSS1309299  tRNA-Thr  89.66 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0668617 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0013  tRNA-Thr  97.56 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0563085  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Thr-2  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.00332161  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt06  tRNA-Thr  97.56 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt06  tRNA-Thr  97.56 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0012  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000200408  hitchhiker  0.00313302 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0026  tRNA-Thr  93.33 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t10  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.0000121578  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0007  tRNA-Thr  93.33 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.22668  hitchhiker  0.0000658151 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0054  tRNA-Thr  93.33 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000720671  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0310  tRNA-Thr  93.33 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  hitchhiker  0.00278593  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0065  tRNA-Thr  93.33 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00337548 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0016  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.0000000825993  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0018  tRNA-Thr  97.56 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000226987  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0005  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.134807  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0048  tRNA-Thr  93.33 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.397818  normal  0.996159 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0017  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000663854  decreased coverage  0.0000968931 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0006  tRNA-Thr  93.33 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.000288516  hitchhiker  0.0000067546 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0025  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0025  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.821281  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0031  tRNA-Thr  93.02 
 
 		 72 bp  61.9  0.00000002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0975905  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0021  tRNA-Thr  93.02 
 
 		 72 bp  61.9  0.00000002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0696816  normal  0.1141 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0021  tRNA-Thr  93.02 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0625627  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0046  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.000000374178  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0017  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000000115919  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0009  tRNA-Thr  94.74 
 
 		 75 bp  60  0.00000007  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000259067  hitchhiker  0.000000000126402 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6021  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 75 bp  60  0.00000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.893316 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4557  tRNA-Thr  94.74 
 
 		 75 bp  60  0.00000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0043  tRNA-Thr  90 
 
 		 75 bp  60  0.00000007  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.757841  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0004  tRNA-Thr  94.74 
 
 		 75 bp  60  0.00000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0025  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 75 bp  60  0.00000007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  unclonable  0.00000000411074  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0070  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 75 bp  60  0.00000007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0632642 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0046  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 75 bp  60  0.00000007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0468144  normal  0.358768 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0034  tRNA-Thr  100 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.88486  normal  0.49295 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5648  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.0000000502297  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Thr-2  tRNA-Thr  88.68 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.34848  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t04  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 72 bp  58  0.0000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.36184  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Thr-5  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00000000184905  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Thr-3  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000633532  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Thr-3  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000000222462  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA67  tRNA-Thr  86.96 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.0000000105718  normal  0.63081 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0033  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R87  tRNA-Thr  86.96 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000233692  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4335  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0005  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.63313  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Thr-1  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000186681  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1466  tRNA-Thr  88.68 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  decreased coverage  0.0000000857792  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0057  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0168  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00852327 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0072  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.465958  hitchhiker  0.00803701 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0038  tRNA-Thr  91.11 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.000000000920806  hitchhiker  0.00000030744 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0439  tRNA-Thr  88.68 
 
 		 72 bp  58  0.0000003  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.000000182942  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA51  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0701295  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0044  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.000154669  normal  0.0727135 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0037  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0388732 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0034  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000453984  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0008  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0052  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1719  tRNA-Thr  88.68 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.0000000778292  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0038  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.70785  normal  0.208879 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5651  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.0000701056  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>