152 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mrad2831_R0021 on replicon NC_010505
Organism: Methylobacterium radiotolerans JCM 2831



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010505  Mrad2831_R0021  tRNA-Thr  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.404313  normal  0.107554 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0078  tRNA-Thr  97.33 
 
 		 75 bp  133  6e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0001  tRNA-Thr  97.33 
 
 		 75 bp  133  6e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.710276 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0075  tRNA-Thr  97.33 
 
 		 75 bp  133  6e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.648131  normal  0.30015 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0025  tRNA-Thr  94.67 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0275  tRNA-Thr  94.67 
 
 		 77 bp  117  3.9999999999999997e-25  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000205711  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0005  tRNA-Thr  94.67 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.63313  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0030  tRNA-Thr  94.67 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t04  tRNA-Thr  94.44 
 
 		 72 bp  111  2.0000000000000002e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.36184  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0198  tRNA-Thr  93.33 
 
 		 75 bp  109  9.000000000000001e-23  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0005  tRNA-Thr  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0037  tRNA-Thr  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0388732 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0005    90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4335  tRNA-Thr  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0038  tRNA-Thr  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.70785  normal  0.208879 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0007  tRNA-Thr  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0044  tRNA-Thr  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.000154669  normal  0.0727135 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0032  tRNA-Thr  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000144022  normal  0.819537 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0024  tRNA-Thr  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.9344  normal  0.172928 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0002  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0189454  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0001  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00463461  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0053  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0046  tRNA-Thr  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0468144  normal  0.358768 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0070  tRNA-Thr  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0632642 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0005  tRNA-Thr  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0052  tRNA-Thr  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA51  tRNA-Thr  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0701295  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0013  tRNA-Thr  92.73 
 
 		 72 bp  77.8  0.0000000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0369049  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6021  tRNA-Thr  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.893316 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0047  tRNA-Thr  90 
 
 		 72 bp  71.9  0.00000000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0035  tRNA-Thr  90 
 
 		 72 bp  71.9  0.00000000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0050  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.111405  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0023  tRNA-Thr  88.24 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0057  tRNA-Thr  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0068  tRNA-Thr  93.62 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.496848  normal  0.955384 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0072  tRNA-Thr  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.465958  hitchhiker  0.00803701 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1361  tRNA-Thr  93.48 
 
 		 72 bp  67.9  0.0000000003  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0008  tRNA-Thr  90.74 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4557  tRNA-Thr  86.76 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0004  tRNA-Thr  86.76 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0012  tRNA-Thr  91.67 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.0000000512028  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0074  tRNA-Thr  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.747725  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0021  tRNA-Thr  89.09 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0625627  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0009  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.630653 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0028  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 72 bp  61.9  0.00000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0016  tRNA-Thr  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PGt07  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 72 bp  58  0.0000003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0012  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000603563  normal  0.0893983 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0017  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 72 bp  58  0.0000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00199817  normal  0.0150591 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0136  tRNA-Thr  92.5 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0017  tRNA-Thr  93.18 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000000115919  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0035  tRNA-Thr  92.5 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.000000289059  normal  0.587643 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1326  tRNA-Thr  89.58 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  hitchhiker  0.00274987  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1673  tRNA-Thr  89.58 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.000000301806  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2191  tRNA-Thr  89.58 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.0000534865  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2233  tRNA-Thr  89.58 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.00000102912  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0009  tRNA-Thr  88.46 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000259067  hitchhiker  0.000000000126402 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0007  tRNA-Thr  87.27 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.237633  hitchhiker  0.00714084 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0015  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  decreased coverage  0.00000000030839  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0020  tRNA-Thr  87.27 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0046  tRNA-Thr  93.02 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.000000374178  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0038  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.000000000920806  hitchhiker  0.00000030744 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09730  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  decreased coverage  0.0000000907355  hitchhiker  0.0000119481 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0054  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000720671  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0048  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.397818  normal  0.996159 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0025  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0017  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000663854  decreased coverage  0.0000968931 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t10  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.0000121578  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0005  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.134807  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0016  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.0000000825993  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0012  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000200408  hitchhiker  0.00313302 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Thr-2  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.00332161  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0042  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000011183  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0041  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0007  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.22668  hitchhiker  0.0000658151 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0025  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  unclonable  0.00000000411074  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0034  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.88486  normal  0.49295 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0014  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0310  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  hitchhiker  0.00278593  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0059  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 72 bp  50.1  0.00007  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0065  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00337548 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0035  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0436953  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0006  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.000288516  hitchhiker  0.0000067546 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0026  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS05587  tRNA-Thr  86.54 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000149657  normal  0.0701364 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0012  tRNA-Thr  86.54 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  4.11185e-23  normal  0.0771857 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0071  tRNA-Thr  86.54 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0072869  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0056  tRNA-Thr  86.54 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0111608  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_BR0069  tRNA-Thr  86.54 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00993164  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0048  tRNA-Thr  86.54 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.623542  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3085  tRNA-Thr  86.54 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000338041  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0059  tRNA-Thr  86.54 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.0000000579728  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0014  tRNA-Thr  86.54 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00000027785  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0013  tRNA-Thr  86.54 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.000000441208  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0032  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.387211 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3187  tRNA-Thr  86.54 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000488058  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0005  tRNA-Thr  86.54 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0011  tRNA-Thr  86.54 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000137284  normal  0.0115711 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0014  tRNA-Thr  86.54 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000116743  normal  0.141702 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0028  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>