206 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_R0050 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_R0050  tRNA-Thr  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.111405  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0028  tRNA-Thr  91.67 
 
 		 72 bp  95.6  1e-18  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0035  tRNA-Thr  96.43 
 
 		 72 bp  95.6  1e-18  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0047  tRNA-Thr  96.43 
 
 		 72 bp  95.6  1e-18  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1361  tRNA-Thr  94.64 
 
 		 72 bp  87.7  3e-16  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0017  tRNA-Thr  100 
 
 		 72 bp  85.7  0.000000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00199817  normal  0.0150591 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0009  tRNA-Thr  96.08 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.630653 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6021  tRNA-Thr  91.94 
 
 		 75 bp  83.8  0.000000000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.893316 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0041  tRNA-Thr  94.83 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0070  tRNA-Thr  91.94 
 
 		 75 bp  83.8  0.000000000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0632642 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0014  tRNA-Thr  94.83 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0012  tRNA-Thr  100 
 
 		 75 bp  81.8  0.00000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000603563  normal  0.0893983 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0015  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000088003  normal  0.408699 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0016  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1326  tRNA-Thr  95.83 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  hitchhiker  0.00274987  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0012  tRNA-Thr  95.83 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.0000000512028  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0015  tRNA-Thr  100 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  decreased coverage  0.00000000030839  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0013  tRNA-Thr  94.12 
 
 		 72 bp  77.8  0.0000000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0369049  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PGt07  tRNA-Thr  97.62 
 
 		 72 bp  75.8  0.000000000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0021  tRNA-Thr  92.59 
 
 		 75 bp  75.8  0.000000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0625627  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0037  tRNA-Thr  91.38 
 
 		 75 bp  75.8  0.000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0388732 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0057  tRNA-Thr  93.88 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0072  tRNA-Thr  93.88 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.465958  hitchhiker  0.00803701 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t04  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 72 bp  71.9  0.00000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.36184  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0021  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.404313  normal  0.107554 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0030  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1673  tRNA-Thr  93.75 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.000000301806  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4335  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0035  tRNA-Thr  97.5 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.000000289059  normal  0.587643 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2233  tRNA-Thr  93.75 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.00000102912  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2191  tRNA-Thr  93.75 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.0000534865  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0275  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000205711  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0005  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.63313  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0038  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.70785  normal  0.208879 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0007  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4557  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt06  tRNA-Thr  97.67 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt06  tRNA-Thr  97.67 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0034  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.000000469918  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0049  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000255817  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0004  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07727  tRNA-Thr  90.74 
 
 		 72 bp  67.9  0.0000000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0031  tRNA-Thr  89.66 
 
 		 72 bp  67.9  0.0000000003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0975905  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0021  tRNA-Thr  89.66 
 
 		 72 bp  67.9  0.0000000003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0696816  normal  0.1141 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0043  tRNA-Thr  95.24 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0046  tRNA-Thr  89.66 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0468144  normal  0.358768 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0013  tRNA-Thr  97.56 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0563085  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Thr-2  tRNA-Thr  97.56 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0044  tRNA-Thr  91.84 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.000154669  normal  0.0727135 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0018  tRNA-Thr  97.56 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000226987  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0046  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.000000374178  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1871  tRNA-Thr  97.56 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0184728  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0317  tRNA-Thr  97.56 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000144022  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0010  tRNA-Thr  97.56 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0535352  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0016  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0017  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000000115919  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0052  tRNA-Thr  90.38 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0008  tRNA-Thr  90.38 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0025  tRNA-Thr  93.75 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t10  tRNA-Thr  93.75 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.0000121578  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0005  tRNA-Thr  90.38 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0005  tRNA-Thr  93.75 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.134807  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0016  tRNA-Thr  93.75 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.0000000825993  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA51  tRNA-Thr  90.38 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0701295  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0198  tRNA-Thr  90.38 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0017  tRNA-Thr  93.75 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000663854  decreased coverage  0.0000968931 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0054  tRNA-Thr  93.75 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000720671  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0012  tRNA-Thr  93.75 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000200408  hitchhiker  0.00313302 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Thr-2  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.00332161  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Thr-2  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.34848  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0009  tRNA-Thr  94.87 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000259067  hitchhiker  0.000000000126402 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0041  tRNA-Thr  93.02 
 
 		 72 bp  61.9  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0006  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.000288516  hitchhiker  0.0000067546 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0026  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0042  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000011183  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0007  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.22668  hitchhiker  0.0000658151 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0014  tRNA-Thr  93.02 
 
 		 72 bp  61.9  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0043  tRNA-Thr  89.09 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.757841  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAThrVIMSS1309354  tRNA-Thr  93.02 
 
 		 72 bp  61.9  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0065  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00337548 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0310  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  hitchhiker  0.00278593  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1466  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  decreased coverage  0.0000000857792  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0048  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.397818  normal  0.996159 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAThrVIMSS1309355  tRNA-Thr  93.02 
 
 		 72 bp  61.9  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.824908  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1719  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.0000000778292  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0025  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.821281  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAThrVIMSS1309081  tRNA-Thr  93.02 
 
 		 72 bp  61.9  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAThrVIMSS1309082  tRNA-Thr  93.02 
 
 		 72 bp  61.9  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.248116  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAThrVIMSS1309113  tRNA-Thr  93.02 
 
 		 72 bp  61.9  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAThrVIMSS1309202  tRNA-Thr  93.02 
 
 		 72 bp  61.9  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.083443  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0035  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0436953  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAThrVIMSS1309157  tRNA-Thr  93.02 
 
 		 72 bp  61.9  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0059  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 72 bp  60  0.00000008  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0074  tRNA-Thr  87.93 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.747725  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0032  tRNA-Thr  87.93 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000144022  normal  0.819537 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0025  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  unclonable  0.00000000411074  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0034  tRNA-Thr  100 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.88486  normal  0.49295 
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_R22  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  0.0247278  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0023  tRNA-Thr  88.68 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.0578997 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0011  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000691484  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>