168 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rxyl_R0042 on replicon NC_008148
Organism: Rubrobacter xylanophilus DSM 9941



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008148  Rxyl_R0042  tRNA-Thr  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0209686  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0013  tRNA-Thr  95.08 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000145689  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Thr-2  tRNA-Thr  94.83 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.00332161  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0061  tRNA-Thr  94.83 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00680264  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09730  tRNA-Thr  90.41 
 
 		 76 bp  89.7  8e-17  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  decreased coverage  0.0000000907355  hitchhiker  0.0000119481 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t10  tRNA-Thr  93.1 
 
 		 73 bp  83.8  0.000000000000005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.0000121578  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0005  tRNA-Thr  93.1 
 
 		 73 bp  83.8  0.000000000000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.134807  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0035  tRNA-Thr  93.1 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0436953  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0033  tRNA-Thr  93.1 
 
 		 73 bp  83.8  0.000000000000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1871  tRNA-Thr  93.1 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0184728  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0317  tRNA-Thr  93.1 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000144022  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0016  tRNA-Thr  93.1 
 
 		 73 bp  83.8  0.000000000000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.0000000825993  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0017  tRNA-Thr  93.1 
 
 		 73 bp  83.8  0.000000000000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000663854  decreased coverage  0.0000968931 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0012  tRNA-Thr  93.1 
 
 		 73 bp  83.8  0.000000000000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000200408  hitchhiker  0.00313302 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0048  tRNA-Thr  91.8 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.397818  normal  0.996159 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5648  tRNA-Thr  91.38 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.0000000502297  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Thr-5  tRNA-Thr  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00000000184905  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Thr-3  tRNA-Thr  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000633532  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Thr-3  tRNA-Thr  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000000222462  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0168  tRNA-Thr  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00852327 
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Thr-1  tRNA-Thr  91.38 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000186681  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0310  tRNA-Thr  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  hitchhiker  0.00278593  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0007  tRNA-Thr  89.39 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.140228  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0006  tRNA-Thr  89.39 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0010  tRNA-Thr  89.39 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.376153 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0006  tRNA-Thr  89.39 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0046  tRNA-Thr  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.000000374178  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14006  tRNA-Thr  89.39 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0190792 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0034  tRNA-Thr  91.38 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000453984  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0020  tRNA-Thr  89.86 
 
 		 78 bp  75.8  0.000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000056123  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5651  tRNA-Thr  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.0000701056  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0030  tRNA-Thr  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0189  tRNA-Thr  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.00000000579129  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0006  tRNA-Thr  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.000288516  hitchhiker  0.0000067546 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0042  tRNA-Thr  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000000280206  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0014  tRNA-Thr  90.16 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000000293663  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0038  tRNA-Thr  87.67 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.000000000920806  hitchhiker  0.00000030744 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08630  tRNA-Thr  87.67 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.000000480255  hitchhiker  0.000000163212 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0042  tRNA-Thr  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000011183  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0034  tRNA-Thr  97.44 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.175686  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5147  tRNA-Thr  97.44 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000000364084  normal  0.477803 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0054  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000720671  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Thr-2  tRNA-Thr  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0016  tRNA-Thr  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.35256e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0025  tRNA-Thr  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0007  tRNA-Thr  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.22668  hitchhiker  0.0000658151 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0065  tRNA-Thr  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00337548 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0010  tRNA-Thr  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0535352  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0025  tRNA-Thr  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.821281  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0031  tRNA-Thr  87.88 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.401044  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0054  tRNA-Thr  87.88 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0054  tRNA-Thr  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000041401  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0039  tRNA-Thr  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000296877  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0026  tRNA-Thr  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0020  tRNA-Thr  91.84 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000000441917  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0012  tRNA-Thr  90.57 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000603563  normal  0.0893983 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0045  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0775671  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0007  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0009  tRNA-Thr  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.365782  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0014  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.099209  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0011  tRNA-Thr  89.29 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0110448 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0054  tRNA-Thr  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0389191  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0076  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.000000000693473  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0001  tRNA-Ile  92.86 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0001  tRNA-Ile  92.86 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_21220  tRNA-Thr  86.36 
 
 		 73 bp  60  0.00000007  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0017  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000000115919  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PGt07  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 72 bp  58  0.0000003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0069  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0052  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0003  tRNA-Thr  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000292995  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0015  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0073  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.714988  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0053  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.94917  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_R0066  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0641093  normal  0.577615 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0013  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0510336  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0009  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.170305  normal  0.239694 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0013  tRNA-Thr  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0563085  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03510  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.495838  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0054  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0048  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.528546 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0017  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0018  tRNA-Thr  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000226987  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0009  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.246442  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0023  tRNA-Thr  88.46 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0034  tRNA-Thr  86.76 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.88486  normal  0.49295 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0027  tRNA-Thr  88.46 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.997139  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0020  tRNA-Thr  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0148448 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0001  tRNA-Ile  89.29 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0015  tRNA-Thr  86.67 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000146334  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0027  tRNA-Thr  88.46 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0006  tRNA-Thr  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0000228394  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0023  tRNA-Thr  89.36 
 
 		 78 bp  54  0.000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000013952  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07727  tRNA-Thr  89.36 
 
 		 72 bp  54  0.000004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0041  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0014  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0022  tRNA-Thr  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.0000255037  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0050  tRNA-Thr  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.92486  normal  0.023153 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_21430  tRNA-Thr  94.12 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  hitchhiker  0.000055633  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0052  tRNA-Thr  94.12 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>