107 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_R0031 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009012  Cthe_R0031  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.401044  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0003  tRNA-Thr  94.52 
 
 		 76 bp  113  6e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000292995  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0076  tRNA-Thr  94.37 
 
 		 76 bp  109  9.000000000000001e-23  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.000000000693473  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0020  tRNA-Thr  92.96 
 
 		 76 bp  101  2e-20  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000000441917  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0054  tRNA-Thr  91.55 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0389191  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0070  tRNA-Thr  90.41 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0016  tRNA-Thr  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.35256e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0061  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00680264  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t101  tRNA-Thr  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0133  tRNA-Thr  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000850923  normal  0.0129533 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0025  tRNA-Thr  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000750128  normal  0.0484618 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0123  tRNA-Thr  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000054481  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0131  tRNA-Thr  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000204709  normal  0.0765104 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0028  tRNA-Thr  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.851168  unclonable  0.00000739307 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0013  tRNA-Thr  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0113  tRNA-Thr  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0429315  hitchhiker  0.00021617 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0014  tRNA-Thr  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.796812  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2070  tRNA-Thr  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0024  tRNA-Thr  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03611  tRNA-Thr  92.73 
 
 		 73 bp  77.8  0.0000000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0018  tRNA-Thr  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000105771  hitchhiker  0.00192537 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0022  tRNA-Thr  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0029  tRNA-Thr  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000467647 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0145  tRNA-Thr  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0524672  hitchhiker  0.000341805 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t064  tRNA-Thr  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0492871  hitchhiker  0.000000924528 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna090  tRNA-Thr  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00922026  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0013  tRNA-Thr  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000480722  hitchhiker  0.0000885703 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0007  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.22668  hitchhiker  0.0000658151 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0026  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0065  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00337548 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0012  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0042  tRNA-Thr  87.88 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0209686  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0039  tRNA-Thr  92 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000296877  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0054  tRNA-Thr  92 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000041401  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0062  tRNA-Thr  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2722  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000264941  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_21220  tRNA-Thr  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0030  tRNA-Thr  90.57 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0006  tRNA-Thr  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.000288516  hitchhiker  0.0000067546 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0310  tRNA-Thr  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  hitchhiker  0.00278593  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0009  tRNA-Thr  86.57 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.365782  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0014  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000000293663  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0070  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0025  tRNA-Thr  90 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000257059  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0088  tRNA-Thr  90 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000142546  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0013  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00000000622484  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00234  tRNA-Thr  87.72 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0022  tRNA-Thr  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.0000255037  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0042  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000000280206  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna051  tRNA-Thr  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000648525  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Thr-3  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.0000130207  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0010  tRNA-Thr  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000114274  hitchhiker  0.00000872087 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0001  tRNA-Thr  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0015  tRNA-Thr  92.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.000000000141414  hitchhiker  0.00853262 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0033  tRNA-Thr  88.24 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0055  tRNA-Thr  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000011398  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0007  tRNA-Thr  87.04 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.140228  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0006  tRNA-Thr  87.04 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0010  tRNA-Thr  87.04 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.376153 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0006  tRNA-Thr  87.04 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0008  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00116073  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14006  tRNA-Thr  87.04 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0190792 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0011  tRNA-Thr  92.11 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000691484  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1552  tRNA-Thr  85.96 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_21430  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  hitchhiker  0.000055633  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0045  tRNA-Thr  87.76 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0775671  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0057  tRNA-Thr  84.06 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Thr-2  tRNA-Thr  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.0000000811018  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0028  tRNA-Thr  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.000000000277136  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0020  tRNA-Thr  90 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000056123  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0034  tRNA-Thr  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.000000469918  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0023  tRNA-Thr  91.67 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000013952  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_870  tRNA-Thr  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000136902  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5648  tRNA-Thr  86.27 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.0000000502297  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Thr-5  tRNA-Thr  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00000000184905  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Thr-3  tRNA-Thr  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000633532  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Thr-3  tRNA-Thr  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000000222462  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Thr-1  tRNA-Thr  86.27 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000186681  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0034  tRNA-Thr  86.27 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000453984  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0189  tRNA-Thr  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.00000000579129  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5651  tRNA-Thr  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.0000701056  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0168  tRNA-Thr  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00852327 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0050  tRNA-Thr  91.43 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.92486  normal  0.023153 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0015  tRNA-Thr  91.43 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.664348  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0045  tRNA-Thr  91.43 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0052  tRNA-Thr  91.18 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0015  tRNA-Thr  91.18 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0034  tRNA-Thr  84.29 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.88486  normal  0.49295 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0012  tRNA-Thr  91.18 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0013  tRNA-Thr  91.18 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0510336  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0054  tRNA-Thr  85.19 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0052  tRNA-Thr  91.18 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0048  tRNA-Thr  91.18 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.528546 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0054  tRNA-Thr  91.18 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.788475 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_R0066  tRNA-Thr  91.18 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0641093  normal  0.577615 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0073  tRNA-Thr  91.18 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.714988  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0009  tRNA-Thr  91.18 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.170305  normal  0.239694 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03510  tRNA-Thr  91.18 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.495838  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0017  tRNA-Thr  91.18 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0069  tRNA-Thr  91.18 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>