34 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DehaBAV1_R0028 on replicon NC_009455
Organism: Dehalococcoides sp. BAV1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002936  DET_tRNA-Thr-2  tRNA-Thr  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.0000000811018  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_870  tRNA-Thr  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000136902  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0028  tRNA-Thr  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.000000000277136  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0007  tRNA-Thr  88.16 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.22668  hitchhiker  0.0000658151 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0065  tRNA-Thr  88.16 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00337548 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0026  tRNA-Thr  88.16 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0062  tRNA-Thr  86.84 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0310  tRNA-Thr  86.84 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  hitchhiker  0.00278593  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0006  tRNA-Thr  86.84 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.000288516  hitchhiker  0.0000067546 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Thr-2  tRNA-Thr  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0057  tRNA-Thr  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0001  tRNA-Thr  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0041  tRNA-Thr  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0014  tRNA-Thr  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0010  tRNA-Thr  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0535352  n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_R0081  tRNA-Thr  92.86 
 
 
73 bp  60  0.00000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0016  tRNA-Thr  84.21 
 
 
76 bp  56  0.000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.35256e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0006  tRNA-Thr  88.24 
 
 
76 bp  54  0.000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0000228394  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0013  tRNA-Thr  92.31 
 
 
76 bp  54  0.000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0563085  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0076  tRNA-Thr  84.51 
 
 
76 bp  54  0.000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.000000000693473  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0018  tRNA-Thr  92.31 
 
 
76 bp  54  0.000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000226987  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0034  tRNA-Thr  92.31 
 
 
77 bp  54  0.000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.88486  normal  0.49295 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0056  tRNA-Thr  92.86 
 
 
72 bp  52  0.00002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00644368 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0058  tRNA-Thr  92.86 
 
 
72 bp  52  0.00002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.05958  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0025  tRNA-Thr  82.89 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.821281  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0317  tRNA-Thr  82.89 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000144022  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1871  tRNA-Thr  82.89 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0184728  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0031  tRNA-Thr  82.89 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.401044  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0020  tRNA-Thr  89.74 
 
 
78 bp  46.1  0.001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000056123  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0070  tRNA-Thr  86.27 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt06  tRNA-Thr  89.74 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt06  tRNA-Thr  89.74 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0047  tRNA-Phe  96.15 
 
 
76 bp  44.1  0.005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000150278  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0030  tRNA-Thr  100 
 
 
76 bp  44.1  0.005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>