283 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_R0012 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_R0012  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0123  tRNA-Thr  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000054481  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00059  tRNA-Thr  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0008  tRNA-Thr  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0075  tRNA-Thr  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.192269  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0113  tRNA-Thr  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0429315  hitchhiker  0.00021617 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0094  tRNA-Thr  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.115915  hitchhiker  0.00356557 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t101  tRNA-Thr  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0024  tRNA-Thr  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0720012  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0029  tRNA-Thr  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000467647 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0084  tRNA-Thr  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.193841 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4702  tRNA-Thr  97.37 
 
 		 78 bp  135  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00885482  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0010  tRNA-Thr  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.3598  normal  0.190518 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0631  tRNA-Thr  97.37 
 
 		 78 bp  135  1.9999999999999998e-30  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000484892  normal  0.0738312 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4025  tRNA-Thr  97.37 
 
 		 78 bp  135  1.9999999999999998e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3695  tRNA-Thr  97.37 
 
 		 78 bp  135  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0596681  normal  0.112328 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3758  tRNA-Thr  97.37 
 
 		 78 bp  135  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3588  tRNA-Thr  97.37 
 
 		 78 bp  135  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.25198  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4594  tRNA-Thr  97.37 
 
 		 78 bp  135  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.559283  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0006  tRNA-Thr  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000000680631  normal  0.388884 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0024  tRNA-Thr  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0145  tRNA-Thr  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0524672  hitchhiker  0.000341805 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3589  tRNA-Thr  97.37 
 
 		 78 bp  135  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.236614  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0133  tRNA-Thr  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000850923  normal  0.0129533 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0025  tRNA-Thr  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000750128  normal  0.0484618 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4207  tRNA-Thr  97.37 
 
 		 78 bp  135  1.9999999999999998e-30  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0107638  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna090  tRNA-Thr  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00922026  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5073  tRNA-Thr  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0168696  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0018  tRNA-Thr  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000105771  hitchhiker  0.00192537 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0131  tRNA-Thr  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000204709  normal  0.0765104 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0028  tRNA-Thr  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.851168  unclonable  0.00000739307 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2070  tRNA-Thr  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0074  tRNA-Thr  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3660  tRNA-Thr  97.37 
 
 		 78 bp  135  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0014  tRNA-Thr  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.796812  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0010  tRNA-Thr  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.138282  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0022  tRNA-Thr  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3568  tRNA-Thr  97.37 
 
 		 78 bp  135  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.607966  normal  0.920561 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0013  tRNA-Thr  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t064  tRNA-Thr  97.33 
 
 		 76 bp  133  6e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0492871  hitchhiker  0.000000924528 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03611  tRNA-Thr  97.26 
 
 		 73 bp  129  1.0000000000000001e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0010  tRNA-Thr  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.332364  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4781  tRNA-Thr  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0140933  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna051  tRNA-Thr  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000648525  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0075  tRNA-Thr  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00000000445566  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0013  tRNA-Thr  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000480722  hitchhiker  0.0000885703 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2722  tRNA-Thr  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000264941  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00234  tRNA-Thr  90.41 
 
 		 73 bp  89.7  9e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00077  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00000431752  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5444  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 78 bp  87.7  3e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000119489  hitchhiker  0.00131782 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t008  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4551  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 78 bp  87.7  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000359327  hitchhiker  0.00000000000130381 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4387  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 78 bp  87.7  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.0000000000000102716  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0008  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000889632  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0088  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00198921  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3095t  tRNA-Thr  94.64 
 
 		 74 bp  87.7  3e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0014  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000357359  normal  0.0207901 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2802  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 78 bp  87.7  3e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000000503689  normal  0.100014 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0106  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000000701517  hitchhiker  0.00222111 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0014  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000541259  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0008  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000148165  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4477  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 78 bp  87.7  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0000501815  hitchhiker  0.00000000000000791993 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4474  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 78 bp  87.7  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.000074305  hitchhiker  0.000220241 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4355  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 78 bp  87.7  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.0000000300865  normal  0.983555 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0015  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000257752  normal  0.024275 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0015  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000756567  hitchhiker  0.00969138 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4286  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 78 bp  87.7  3e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.21666e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5103  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.0000000000000647348  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4720  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 78 bp  87.7  3e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  1.2702999999999999e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0015  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000294168  normal  0.0837368 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0008  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000537274  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0016  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000937466  hitchhiker  0.000524679 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0124  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000133621  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0081  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000871845  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4696  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 78 bp  87.7  3e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  1.54682e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0130  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000480729  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4427  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 78 bp  87.7  3e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.0000000000793255  hitchhiker  0.0000458064 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t004  tRNA-Thr  89.33 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000000811739  normal  0.123776 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0091  tRNA-Thr  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  2.13219e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0018  tRNA-Thr  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0016  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.35256e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0039  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000296877  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0054  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000041401  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0054  tRNA-Thr  95.74 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0389191  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0020  tRNA-Thr  93.88 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000000441917  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0003  tRNA-Thr  93.88 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000292995  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0010  tRNA-Thr  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000114274  hitchhiker  0.00000872087 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tThr01  tRNA-Thr  93.75 
 
 		 79 bp  71.9  0.00000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000000000642788  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0070  tRNA-Thr  97.44 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0031  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.401044  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0076  tRNA-Thr  90.74 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.000000000693473  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0011  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000691484  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0070  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0012  tRNA-Ile  91.67 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000000468854  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0020  tRNA-Thr  91.49 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0148448 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0023  tRNA-Thr  91.49 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0034  tRNA-Thr  100 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.000000469918  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0027  tRNA-Thr  91.49 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0022  tRNA-Thr  94.87 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.0000255037  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0014  tRNA-Thr  94.87 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000000293663  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>