137 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dred_R0025 on replicon NC_009253
Organism: Desulfotomaculum reducens MI-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009253  Dred_R0025  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000257059  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0088  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000142546  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0039  tRNA-Thr  90.14 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000296877  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0054  tRNA-Thr  90.14 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000041401  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0088  tRNA-Thr  91.94 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000140728  hitchhiker  0.00708611 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0013  tRNA-Thr  93.1 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00000000622484  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0016  tRNA-Thr  94.23 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.35256e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0061  tRNA-Thr  90.32 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00680264  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0014  tRNA-Thr  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000000293663  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0043  tRNA-Thr  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00000000011951  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0070  tRNA-Thr  92.45 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0003  tRNA-Thr  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000292995  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0015  tRNA-Thr  91.53 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.000000000141414  hitchhiker  0.00853262 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0028  tRNA-Thr  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.0000000000383633  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0013  tRNA-Thr  91.67 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000480722  hitchhiker  0.0000885703 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0045  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0775671  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Thr-2  tRNA-Thr  87.1 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.00332161  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0007  tRNA-Thr  90 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.22668  hitchhiker  0.0000658151 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0022  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.0000255037  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0030  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0031  tRNA-Thr  90 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.401044  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0035  tRNA-Thr  87.1 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0436953  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0065  tRNA-Thr  90 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00337548 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0026  tRNA-Thr  90 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0012  tRNA-Thr  94.59 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000603563  normal  0.0893983 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0020  tRNA-Thr  88.33 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000056123  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t101  tRNA-Thr  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna090  tRNA-Thr  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00922026  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0062  tRNA-Thr  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0012  tRNA-Thr  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0133  tRNA-Thr  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000850923  normal  0.0129533 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0025  tRNA-Thr  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000750128  normal  0.0484618 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0123  tRNA-Thr  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000054481  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0131  tRNA-Thr  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000204709  normal  0.0765104 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0028  tRNA-Thr  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.851168  unclonable  0.00000739307 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0013  tRNA-Thr  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0113  tRNA-Thr  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0429315  hitchhiker  0.00021617 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0014  tRNA-Thr  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.796812  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2070  tRNA-Thr  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2722  tRNA-Thr  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000264941  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0024  tRNA-Thr  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00234  tRNA-Thr  89.58 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03611  tRNA-Thr  89.58 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna051  tRNA-Thr  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000648525  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0018  tRNA-Thr  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000105771  hitchhiker  0.00192537 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0009  tRNA-Thr  88.46 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.365782  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0022  tRNA-Thr  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0029  tRNA-Thr  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000467647 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0033  tRNA-Thr  86.67 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0145  tRNA-Thr  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0524672  hitchhiker  0.000341805 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0011  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000691484  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0017  tRNA-Thr  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.79728  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0034  tRNA-Thr  88.14 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.88486  normal  0.49295 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0025  tRNA-Thr  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.821281  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0076  tRNA-Thr  90.7 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.000000000693473  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08630  tRNA-Thr  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.000000480255  hitchhiker  0.000000163212 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0029  tRNA-Thr  89.36 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.217954 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0023  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 78 bp  54  0.000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000013952  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t064  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0492871  hitchhiker  0.000000924528 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07727  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 72 bp  52  0.00002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Thr-2  tRNA-Thr  88 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0027  tRNA-Thr  87.04 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.997139  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0023  tRNA-Thr  87.04 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tThr01  tRNA-Thr  86.21 
 
 		 79 bp  52  0.00002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000000000642788  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0010  tRNA-Thr  88 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0535352  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0070  tRNA-Thr  88 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0310  tRNA-Thr  88 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  hitchhiker  0.00278593  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0020  tRNA-Thr  87.04 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0148448 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0034  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.000000469918  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0027  tRNA-Thr  87.04 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0006  tRNA-Thr  88 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.000288516  hitchhiker  0.0000067546 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0057  tRNA-Thr  87.76 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0042  tRNA-Thr  86.79 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000011183  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0042  tRNA-Thr  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000000280206  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0010  tRNA-Thr  86.79 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000114274  hitchhiker  0.00000872087 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0048  tRNA-Thr  87.76 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.397818  normal  0.996159 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0045  tRNA-Thr  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000137446  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5648  tRNA-Thr  85 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.0000000502297  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Thr-3  tRNA-Thr  85 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000633532  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Thr-3  tRNA-Thr  85 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000000222462  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Thr-1  tRNA-Thr  85 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000186681  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0074  tRNA-Thr  92.5 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.747725  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0010  tRNA-Thr  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.332364  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0034  tRNA-Thr  85 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000453984  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4286  tRNA-Thr  90 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.21666e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1871  tRNA-Thr  86.54 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0184728  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0168  tRNA-Thr  85 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00852327 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5651  tRNA-Thr  85 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.0000701056  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0008  tRNA-Thr  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000889632  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0106  tRNA-Thr  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000000701517  hitchhiker  0.00222111 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4427  tRNA-Thr  90 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.0000000000793255  hitchhiker  0.0000458064 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4696  tRNA-Thr  90 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  1.54682e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0088  tRNA-Thr  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00198921  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4477  tRNA-Thr  90 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0000501815  hitchhiker  0.00000000000000791993 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4474  tRNA-Thr  90 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.000074305  hitchhiker  0.000220241 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4355  tRNA-Thr  90 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.0000000300865  normal  0.983555 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0081  tRNA-Thr  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000871845  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4387  tRNA-Thr  90 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.0000000000000102716  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4551  tRNA-Thr  90 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000359327  hitchhiker  0.00000000000130381 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5444  tRNA-Thr  90 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000119489  hitchhiker  0.00131782 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>