258 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dde_R0070 on replicon NC_007519
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007519  Dde_R0070  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0003  tRNA-Thr  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000292995  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0062  tRNA-Thr  96.55 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0070  tRNA-Thr  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0013  tRNA-Thr  94.83 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000480722  hitchhiker  0.0000885703 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0022  tRNA-Thr  94.83 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.0000255037  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0031  tRNA-Thr  90.41 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.401044  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0076  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.000000000693473  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0054  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0389191  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0001  tRNA-Thr  90.14 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2722  tRNA-Thr  93.1 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000264941  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0016  tRNA-Thr  94.34 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.35256e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0054  tRNA-Thr  94.23 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000041401  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0020  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000000441917  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0039  tRNA-Thr  94.23 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000296877  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t101  tRNA-Thr  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0051  tRNA-Thr  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna090  tRNA-Thr  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00922026  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0022  tRNA-Thr  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0018  tRNA-Thr  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000105771  hitchhiker  0.00192537 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t064  tRNA-Thr  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0492871  hitchhiker  0.000000924528 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0133  tRNA-Thr  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000850923  normal  0.0129533 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0025  tRNA-Thr  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000750128  normal  0.0484618 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0123  tRNA-Thr  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000054481  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0131  tRNA-Thr  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000204709  normal  0.0765104 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0028  tRNA-Thr  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.851168  unclonable  0.00000739307 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0014  tRNA-Thr  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000000293663  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03611  tRNA-Thr  92.59 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0013  tRNA-Thr  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0113  tRNA-Thr  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0429315  hitchhiker  0.00021617 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0014  tRNA-Thr  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.796812  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0029  tRNA-Thr  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000467647 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2070  tRNA-Thr  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00234  tRNA-Thr  94 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna051  tRNA-Thr  94 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000648525  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0145  tRNA-Thr  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0524672  hitchhiker  0.000341805 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0024  tRNA-Thr  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0025  tRNA-Thr  92.45 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000257059  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0088  tRNA-Thr  92.45 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000142546  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0015  tRNA-Thr  97.5 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.000000000141414  hitchhiker  0.00853262 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0061  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00680264  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0012  tRNA-Thr  97.44 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00077  tRNA-Thr  92 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00000431752  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0091  tRNA-Thr  92 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  2.13219e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0008  tRNA-Thr  92 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000537274  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4355  tRNA-Thr  92 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.0000000300865  normal  0.983555 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0008  tRNA-Thr  92 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000148165  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4474  tRNA-Thr  92 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.000074305  hitchhiker  0.000220241 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4427  tRNA-Thr  92 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.0000000000793255  hitchhiker  0.0000458064 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4696  tRNA-Thr  92 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  1.54682e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0010  tRNA-Thr  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000114274  hitchhiker  0.00000872087 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5103  tRNA-Thr  92 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.0000000000000647348  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0008  tRNA-Thr  92 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000889632  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4720  tRNA-Thr  92 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  1.2702999999999999e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0081  tRNA-Thr  92 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000871845  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0014  tRNA-Thr  92 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000357359  normal  0.0207901 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2802  tRNA-Thr  92 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000000503689  normal  0.100014 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4387  tRNA-Thr  92 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.0000000000000102716  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4551  tRNA-Thr  92 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000359327  hitchhiker  0.00000000000130381 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5444  tRNA-Thr  92 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000119489  hitchhiker  0.00131782 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0106  tRNA-Thr  92 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000000701517  hitchhiker  0.00222111 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4477  tRNA-Thr  92 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0000501815  hitchhiker  0.00000000000000791993 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0105  tRNA-Thr  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000288138  hitchhiker  0.0000019759 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0088  tRNA-Thr  92 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00198921  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4286  tRNA-Thr  92 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.21666e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA67  tRNA-Thr  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.0000000105718  normal  0.63081 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R87  tRNA-Thr  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000233692  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0084  tRNA-Thr  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.0000286992  normal  0.992402 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0019  tRNA-Thr  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0144795  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0016  tRNA-Thr  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000237824  normal  0.0237533 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0065  tRNA-Thr  93.18 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00337548 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0026  tRNA-Thr  93.18 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0020  tRNA-Thr  95 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000056123  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0007  tRNA-Thr  93.18 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.22668  hitchhiker  0.0000658151 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0023  tRNA-Thr  90.38 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0074  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.747725  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tThr01  tRNA-Thr  90.38 
 
 		 79 bp  63.9  0.000000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000000000642788  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0027  tRNA-Thr  90.38 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0027  tRNA-Thr  90.38 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.997139  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0020  tRNA-Thr  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0148448 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0010  tRNA-Thr  94.87 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.332364  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t07  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.000225857  unclonable  0.000000193462 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4781  tRNA-Thr  91.49 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0140933  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0045  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0775671  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0034  tRNA-Thr  100 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.000000469918  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0075  tRNA-Thr  91.49 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00000000445566  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60040  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.909692  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08670  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000482106  hitchhiker  0.000524894 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0011  tRNA-Thr  100 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000691484  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0821  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0929777  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Thr-3  tRNA-Thr  87.93 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.0000130207  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0031  tRNA-Thr  95.24 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0013  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00000000622484  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0042  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000000280206  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t07  tRNA-Thr  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.222466  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0006  tRNA-Thr  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0000228394  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0016  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Thr-2  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0034  tRNA-Thr  92.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.88486  normal  0.49295 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0010  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0535352  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>