More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mmwyl1_R0105 on replicon NC_009654
Organism: Marinomonas sp. MWYL1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009654  Mmwyl1_R0105  tRNA-Thr  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000288138  hitchhiker  0.0000019759 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0821  tRNA-Thr  96.05 
 
 
76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0929777  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60040  tRNA-Thr  95.89 
 
 
73 bp  121  1.9999999999999998e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.909692  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08670  tRNA-Thr  95.89 
 
 
73 bp  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000482106  hitchhiker  0.000524894 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0067  tRNA-Thr  94.74 
 
 
76 bp  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.689375  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA67  tRNA-Thr  93.42 
 
 
76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.0000000105718  normal  0.63081 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R87  tRNA-Thr  93.42 
 
 
76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000233692  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t07  tRNA-Thr  92.11 
 
 
76 bp  103  6e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.222466  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0019  tRNA-Thr  92.11 
 
 
76 bp  103  6e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0144795  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0084  tRNA-Thr  92.11 
 
 
76 bp  103  6e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.0000286992  normal  0.992402 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0010  tRNA-Thr  92.11 
 
 
76 bp  103  6e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000114274  hitchhiker  0.00000872087 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0016  tRNA-Thr  92.11 
 
 
76 bp  103  6e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000237824  normal  0.0237533 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t008  tRNA-Thr  98.18 
 
 
76 bp  101  2e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0014  tRNA-Thr  98.18 
 
 
76 bp  101  2e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000541259  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0130  tRNA-Thr  98.18 
 
 
76 bp  101  2e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000480729  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t004  tRNA-Thr  98.18 
 
 
76 bp  101  2e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000000811739  normal  0.123776 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0124  tRNA-Thr  98.18 
 
 
76 bp  101  2e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000133621  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0015  tRNA-Thr  98.18 
 
 
76 bp  101  2e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000294168  normal  0.0837368 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0015  tRNA-Thr  98.18 
 
 
76 bp  101  2e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000257752  normal  0.024275 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0015  tRNA-Thr  98.18 
 
 
76 bp  101  2e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000756567  hitchhiker  0.00969138 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0016  tRNA-Thr  98.18 
 
 
76 bp  101  2e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000937466  hitchhiker  0.000524679 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4551  tRNA-Thr  96.49 
 
 
78 bp  97.6  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000359327  hitchhiker  0.00000000000130381 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00077  tRNA-Thr  96.49 
 
 
76 bp  97.6  4e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00000431752  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4696  tRNA-Thr  96.49 
 
 
78 bp  97.6  4e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  1.54682e-17  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0091  tRNA-Thr  96.49 
 
 
76 bp  97.6  4e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  2.13219e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t07  tRNA-Thr  91.78 
 
 
73 bp  97.6  4e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.000225857  unclonable  0.000000193462 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0088  tRNA-Thr  96.49 
 
 
76 bp  97.6  4e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00198921  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5103  tRNA-Thr  96.49 
 
 
76 bp  97.6  4e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.0000000000000647348  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0008  tRNA-Thr  96.49 
 
 
76 bp  97.6  4e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000889632  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4474  tRNA-Thr  96.49 
 
 
78 bp  97.6  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.000074305  hitchhiker  0.000220241 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2802  tRNA-Thr  96.49 
 
 
78 bp  97.6  4e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000000503689  normal  0.100014 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4427  tRNA-Thr  96.49 
 
 
78 bp  97.6  4e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.0000000000793255  hitchhiker  0.0000458064 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4355  tRNA-Thr  96.49 
 
 
78 bp  97.6  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.0000000300865  normal  0.983555 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0081  tRNA-Thr  96.49 
 
 
76 bp  97.6  4e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000871845  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5444  tRNA-Thr  96.49 
 
 
78 bp  97.6  4e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000119489  hitchhiker  0.00131782 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0008  tRNA-Thr  96.49 
 
 
76 bp  97.6  4e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000148165  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0008  tRNA-Thr  96.49 
 
 
76 bp  97.6  4e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000537274  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0355  tRNA-Thr  100 
 
 
78 bp  97.6  4e-19  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.337369  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0014  tRNA-Thr  96.49 
 
 
76 bp  97.6  4e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000357359  normal  0.0207901 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0106  tRNA-Thr  96.49 
 
 
76 bp  97.6  4e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000000701517  hitchhiker  0.00222111 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4477  tRNA-Thr  96.49 
 
 
78 bp  97.6  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0000501815  hitchhiker  0.00000000000000791993 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4720  tRNA-Thr  96.49 
 
 
78 bp  97.6  4e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  1.2702999999999999e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4286  tRNA-Thr  96.49 
 
 
78 bp  97.6  4e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.21666e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0017  tRNA-Thr  91.78 
 
 
76 bp  97.6  4e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.79728  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4387  tRNA-Thr  96.49 
 
 
78 bp  97.6  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.0000000000000102716  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4781  tRNA-Thr  96.36 
 
 
76 bp  93.7  5e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0140933  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0075  tRNA-Thr  96.36 
 
 
76 bp  93.7  5e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00000000445566  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tThr01  tRNA-Thr  96.3 
 
 
79 bp  91.7  2e-17  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000000000642788  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0070  tRNA-Thr  90.41 
 
 
76 bp  89.7  9e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0008  tRNA-Thr  90.79 
 
 
75 bp  87.7  3e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000000961846  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t09  tRNA-Ile  93.33 
 
 
74 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.630661  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t48  tRNA-Ile  93.33 
 
 
74 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t70  tRNA-Ile  93.33 
 
 
74 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.619158  hitchhiker  0.00932375 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0014  tRNA-Ile  93.33 
 
 
77 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00192391  hitchhiker  0.00313386 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0010  tRNA-Ile  93.33 
 
 
77 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000315774  hitchhiker  0.000925503 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0022  tRNA-Ile  93.33 
 
 
77 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000998833  hitchhiker  0.000594977 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0007  tRNA-Ile  93.33 
 
 
77 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00099613  hitchhiker  0.000158126 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0079  tRNA-Ile  93.33 
 
 
77 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000309524  normal  0.0982951 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0045  tRNA-Thr  94.23 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000137446  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0009  tRNA-Ile  93.33 
 
 
77 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0460221  hitchhiker  0.00205125 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0014  tRNA-Thr  88.16 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000000293663  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0035  tRNA-Ile  93.33 
 
 
77 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000956793  normal  0.185983 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0081  tRNA-Ile  93.33 
 
 
77 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00202745  normal  0.185006 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0073  tRNA-Ile  93.33 
 
 
77 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.0000465984  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0015  tRNA-Thr  94.23 
 
 
73 bp  79.8  0.00000000000008  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000146334  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0059  tRNA-Ile  93.33 
 
 
77 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000552358  normal  0.693628 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0055  tRNA-Ile  93.33 
 
 
77 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00629084  normal  0.290237 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0026  tRNA-Thr  94.23 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.000120513  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0098  tRNA-Ile  93.33 
 
 
77 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000369381  normal  0.163162 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0032  tRNA-Ile  93.33 
 
 
77 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000276963  normal  0.450139 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0092  tRNA-Ile  93.33 
 
 
77 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000368423  hitchhiker  0.00436649 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0063  tRNA-Ile  93.33 
 
 
77 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000331537  normal  0.777832 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0005  tRNA-Ile  93.33 
 
 
77 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000179229  normal  0.648072 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0018  tRNA-Thr  94.23 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0003  tRNA-Thr  97.67 
 
 
76 bp  77.8  0.0000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00291494  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0276  tRNA-Ile  93.1 
 
 
77 bp  75.8  0.000000000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  unclonable  2.66107e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0052  tRNA-Thr  92.59 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000639553  hitchhiker  0.00795761 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0004  tRNA-Thr  97.73 
 
 
75 bp  71.9  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t03  tRNA-Ile  91.67 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t09  tRNA-Ile  91.67 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0116209  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t42  tRNA-Ile  91.67 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.158841  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t63  tRNA-Ile  91.67 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.07883  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA14  tRNA-Ile  91.67 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0900551  normal  0.0100999 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA5  tRNA-Ile  91.67 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0174877  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA51  tRNA-Ile  91.67 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000929539  normal  0.303665 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA73  tRNA-Ile  91.67 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00020083  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA82  tRNA-Ile  91.67 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000191187  normal  0.0192687 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R2  tRNA-Ile  91.67 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00567165  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R42  tRNA-Ile  91.67 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000533032  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R59  tRNA-Ile  91.67 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000380652  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R80  tRNA-Ile  91.67 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000887019  hitchhiker  0.00768268 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R93  tRNA-Ile  91.67 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000022565  normal  0.756494 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0032  tRNA-Thr  94.23 
 
 
75 bp  71.9  0.00000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000144022  normal  0.819537 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5402  tRNA-Ile  91.67 
 
 
79 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0831781  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6152  tRNA-Ile  91.67 
 
 
79 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0718757  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0078  tRNA-Ile  91.67 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000000836991  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70900  tRNA-Ile  91.67 
 
 
74 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.335626 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62080  tRNA-Ile  91.67 
 
 
74 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0500428 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08580  tRNA-Ile  91.67 
 
 
74 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000150356 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55635  tRNA-Ile  91.67 
 
 
74 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.269622 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>