More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_R0059 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009512  Pput_R0092  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000368423  hitchhiker  0.00436649 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0063  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000331537  normal  0.777832 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0014  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00192391  hitchhiker  0.00313386 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0073  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.0000465984  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0005  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000179229  normal  0.648072 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0009  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0460221  hitchhiker  0.00205125 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0035  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000956793  normal  0.185983 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0081  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00202745  normal  0.185006 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0032  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000276963  normal  0.450139 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0010  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000315774  hitchhiker  0.000925503 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0022  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000998833  hitchhiker  0.000594977 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0007  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00099613  hitchhiker  0.000158126 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0079  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000309524  normal  0.0982951 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0055  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00629084  normal  0.290237 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0059  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000552358  normal  0.693628 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0098  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000369381  normal  0.163162 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t09  tRNA-Ile  100 
 
 
74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.630661  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t48  tRNA-Ile  100 
 
 
74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t70  tRNA-Ile  100 
 
 
74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.619158  hitchhiker  0.00932375 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0035  tRNA-Ile  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1610  tRNA-Ile  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5402  tRNA-Ile  97.37 
 
 
79 bp  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0831781  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6152  tRNA-Ile  97.37 
 
 
79 bp  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0718757  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t03  tRNA-Ile  97.37 
 
 
77 bp  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t09  tRNA-Ile  97.37 
 
 
77 bp  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0116209  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t15  tRNA-Ile  97.37 
 
 
77 bp  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.160114  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t42  tRNA-Ile  97.37 
 
 
77 bp  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.158841  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t63  tRNA-Ile  97.37 
 
 
77 bp  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.07883  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA14  tRNA-Ile  97.37 
 
 
77 bp  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0900551  normal  0.0100999 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA5  tRNA-Ile  97.37 
 
 
77 bp  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0174877  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA51  tRNA-Ile  97.37 
 
 
77 bp  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000929539  normal  0.303665 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA73  tRNA-Ile  97.37 
 
 
77 bp  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00020083  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA82  tRNA-Ile  97.37 
 
 
77 bp  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000191187  normal  0.0192687 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R13  tRNA-Ile  97.37 
 
 
77 bp  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000158888  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R2  tRNA-Ile  97.37 
 
 
77 bp  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00567165  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R42  tRNA-Ile  97.37 
 
 
77 bp  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000533032  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R59  tRNA-Ile  97.37 
 
 
77 bp  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000380652  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R80  tRNA-Ile  97.37 
 
 
77 bp  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000887019  hitchhiker  0.00768268 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R93  tRNA-Ile  97.37 
 
 
77 bp  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000022565  normal  0.756494 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0002  tRNA-Ile  97.37 
 
 
77 bp  135  1.9999999999999998e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000811561  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0012  tRNA-Ile  97.37 
 
 
77 bp  135  1.9999999999999998e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00000226616  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0056  tRNA-Ile  97.37 
 
 
77 bp  135  1.9999999999999998e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00138336  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0078  tRNA-Ile  97.37 
 
 
77 bp  135  1.9999999999999998e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000000836991  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0086  tRNA-Ile  97.37 
 
 
77 bp  135  1.9999999999999998e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00068353  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0812  tRNA-Ile  97.37 
 
 
79 bp  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.460941  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4845  tRNA-Ile  97.37 
 
 
79 bp  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0555625  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60090  tRNA-Ile  98.59 
 
 
74 bp  133  6e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.270982  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60000  tRNA-Ile  98.59 
 
 
74 bp  133  6e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0181661  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08580  tRNA-Ile  98.59 
 
 
74 bp  133  6e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000150356 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55635  tRNA-Ile  98.59 
 
 
74 bp  133  6e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.269622 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62080  tRNA-Ile  98.59 
 
 
74 bp  133  6e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0500428 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70900  tRNA-Ile  98.59 
 
 
74 bp  133  6e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.335626 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60160  tRNA-Ile  98.59 
 
 
74 bp  133  6e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.000736838  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60380  tRNA-Ile  98.59 
 
 
74 bp  133  6e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0553441  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60340  tRNA-Ile  98.59 
 
 
74 bp  133  6e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0530046  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60550  tRNA-Ile  98.59 
 
 
74 bp  133  6e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.000429447  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0096  tRNA-Ile  96.05 
 
 
77 bp  127  4.0000000000000003e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0060738  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0007  tRNA-Ile  96.05 
 
 
77 bp  127  4.0000000000000003e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000589313  hitchhiker  0.000462971 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0051  tRNA-Ile  96.05 
 
 
77 bp  127  4.0000000000000003e-28  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00938855  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0012  tRNA-Ile  96.05 
 
 
77 bp  127  4.0000000000000003e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00686442  normal  0.0133226 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0017  tRNA-Ile  96.05 
 
 
77 bp  127  4.0000000000000003e-28  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0045  tRNA-Ile  95.89 
 
 
77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000457584  normal  0.0314224 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1916  tRNA-Ile  94.74 
 
 
77 bp  119  9.999999999999999e-26  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  unclonable  0.00000000828574  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0276  tRNA-Ile  94.74 
 
 
77 bp  119  9.999999999999999e-26  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  unclonable  2.66107e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0002  tRNA-Ile  94.74 
 
 
77 bp  119  9.999999999999999e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.961834  normal  0.0827717 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0014  tRNA-Ile  94.74 
 
 
77 bp  119  9.999999999999999e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0031  tRNA-Ile  94.74 
 
 
77 bp  119  9.999999999999999e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0054  tRNA-Ile  94.44 
 
 
77 bp  111  2.0000000000000002e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00000202607  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0011  tRNA-Ile  93.42 
 
 
77 bp  111  2.0000000000000002e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00277001  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0037  tRNA-Ile  93.42 
 
 
77 bp  111  2.0000000000000002e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000489104  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0044  tRNA-Ile  93.42 
 
 
77 bp  111  2.0000000000000002e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0477159  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0052  tRNA-Ile  93.42 
 
 
77 bp  111  2.0000000000000002e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000626175  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0016  tRNA-Ile  94.44 
 
 
77 bp  111  2.0000000000000002e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.165023  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0003  tRNA-Ile  94.44 
 
 
77 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00141383  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0010  tRNA-Ile  94.44 
 
 
77 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0680971  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0018  tRNA-Ile  94.44 
 
 
77 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0178227  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0025  tRNA-Ile  94.44 
 
 
77 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0236183  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0081  tRNA-Ile  94.44 
 
 
77 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000149599  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0042  tRNA-Ile  93.42 
 
 
77 bp  111  2.0000000000000002e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0171814  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0008  tRNA-Ile  93.42 
 
 
77 bp  111  2.0000000000000002e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  hitchhiker  0.0000696824  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3075t  tRNA-Ile  96.72 
 
 
74 bp  105  1e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000646764  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3111t  tRNA-Ile  96.72 
 
 
74 bp  105  1e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.893532  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0083  tRNA-Ile  92.11 
 
 
77 bp  103  6e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000277539  normal  0.33634 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna57  tRNA-Ile  92.11 
 
 
77 bp  103  6e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.000350129  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna50  tRNA-Ile  92.11 
 
 
77 bp  103  6e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.000949027  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0009  tRNA-Ile  92.11 
 
 
77 bp  103  6e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.102248  normal  0.0119324 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0088  tRNA-Ile  92.11 
 
 
77 bp  103  6e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000156507  normal  0.184684 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0004  tRNA-Ile  92.11 
 
 
77 bp  103  6e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000767494  normal  0.0118778 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0005  tRNA-Ile  90.79 
 
 
77 bp  95.6  1e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0474299  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0010  tRNA-Ile  90.79 
 
 
77 bp  95.6  1e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.121367  normal  0.0933113 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0007  tRNA-Ile  90.79 
 
 
77 bp  95.6  1e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.000593812  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0017  tRNA-Ile  90.79 
 
 
77 bp  95.6  1e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00000136136  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0058  tRNA-Ile  90.79 
 
 
77 bp  95.6  1e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00171421  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0032  tRNA-Ile  90.79 
 
 
77 bp  95.6  1e-18  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000441039  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0114  tRNA-Ile  98 
 
 
77 bp  91.7  2e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000347317  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ile-2  tRNA-Ile  98 
 
 
77 bp  91.7  2e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0142737  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0007  tRNA-Ile  98 
 
 
77 bp  91.7  2e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000911687  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0020  tRNA-Ile  98 
 
 
77 bp  91.7  2e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0504823  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0008  tRNA-Ile  98 
 
 
77 bp  91.7  2e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0289136  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0118  tRNA-Ile  98 
 
 
77 bp  91.7  2e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000845195  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>