More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_R0015 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_t008  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0015  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000294168  normal  0.0837368 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0124  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000133621  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0016  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000937466  hitchhiker  0.000524679 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0130  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000480729  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0014  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000541259  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0015  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000257752  normal  0.024275 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0015  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000756567  hitchhiker  0.00969138 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t004  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  149  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000000811739  normal  0.123776 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4781  tRNA-Thr  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0140933  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0075  tRNA-Thr  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00000000445566  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00077  tRNA-Thr  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00000431752  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4720  tRNA-Thr  97.37 
 
 		 78 bp  135  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  1.2702999999999999e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5103  tRNA-Thr  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.0000000000000647348  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5444  tRNA-Thr  97.37 
 
 		 78 bp  135  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000119489  hitchhiker  0.00131782 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0088  tRNA-Thr  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00198921  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0081  tRNA-Thr  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000871845  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4355  tRNA-Thr  97.37 
 
 		 78 bp  135  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.0000000300865  normal  0.983555 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0008  tRNA-Thr  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000889632  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0008  tRNA-Thr  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000537274  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0106  tRNA-Thr  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000000701517  hitchhiker  0.00222111 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0008  tRNA-Thr  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000148165  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0014  tRNA-Thr  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000357359  normal  0.0207901 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4477  tRNA-Thr  97.37 
 
 		 78 bp  135  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0000501815  hitchhiker  0.00000000000000791993 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4474  tRNA-Thr  97.37 
 
 		 78 bp  135  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.000074305  hitchhiker  0.000220241 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2802  tRNA-Thr  97.37 
 
 		 78 bp  135  1.9999999999999998e-30  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000000503689  normal  0.100014 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4387  tRNA-Thr  97.37 
 
 		 78 bp  135  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.0000000000000102716  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4286  tRNA-Thr  97.37 
 
 		 78 bp  135  1.9999999999999998e-30  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.21666e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4551  tRNA-Thr  97.37 
 
 		 78 bp  135  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000359327  hitchhiker  0.00000000000130381 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4696  tRNA-Thr  97.37 
 
 		 78 bp  135  1.9999999999999998e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  1.54682e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4427  tRNA-Thr  97.37 
 
 		 78 bp  135  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.0000000000793255  hitchhiker  0.0000458064 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0091  tRNA-Thr  97.26 
 
 		 76 bp  129  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  2.13219e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0018  tRNA-Thr  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0355  tRNA-Thr  98.36 
 
 		 78 bp  113  6e-24  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.337369  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tThr01  tRNA-Thr  93.42 
 
 		 79 bp  111  2.0000000000000002e-23  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000000000642788  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0012  tRNA-Ile  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000000468854  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00059  tRNA-Thr  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0008  tRNA-Thr  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5073  tRNA-Thr  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0168696  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0631  tRNA-Thr  92.11 
 
 		 78 bp  103  6e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000484892  normal  0.0738312 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3758  tRNA-Thr  92.11 
 
 		 78 bp  103  6e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna051  tRNA-Thr  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000648525  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3660  tRNA-Thr  92.11 
 
 		 78 bp  103  6e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0010  tRNA-Thr  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.138282  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2722  tRNA-Thr  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000264941  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0075  tRNA-Thr  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.192269  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0074  tRNA-Thr  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0094  tRNA-Thr  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.115915  hitchhiker  0.00356557 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0024  tRNA-Thr  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0720012  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4594  tRNA-Thr  92.11 
 
 		 78 bp  103  6e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.559283  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3589  tRNA-Thr  92.11 
 
 		 78 bp  103  6e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.236614  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3588  tRNA-Thr  92.11 
 
 		 78 bp  103  6e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.25198  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0010  tRNA-Thr  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.3598  normal  0.190518 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4025  tRNA-Thr  92.11 
 
 		 78 bp  103  6e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3568  tRNA-Thr  92.11 
 
 		 78 bp  103  6e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.607966  normal  0.920561 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4207  tRNA-Thr  92.11 
 
 		 78 bp  103  6e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0107638  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0013  tRNA-Thr  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000480722  hitchhiker  0.0000885703 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0006  tRNA-Thr  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000000680631  normal  0.388884 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0084  tRNA-Thr  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.193841 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4702  tRNA-Thr  92.11 
 
 		 78 bp  103  6e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00885482  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3695  tRNA-Thr  92.11 
 
 		 78 bp  103  6e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0596681  normal  0.112328 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0105  tRNA-Thr  98.18 
 
 		 76 bp  101  2e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000288138  hitchhiker  0.0000019759 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00234  tRNA-Thr  91.78 
 
 		 73 bp  97.6  4e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0010  tRNA-Thr  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.332364  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t07  tRNA-Thr  96.15 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.222466  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0012  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0123  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000054481  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0018  tRNA-Thr  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000105771  hitchhiker  0.00192537 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0013  tRNA-Thr  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0022  tRNA-Thr  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t101  tRNA-Thr  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna090  tRNA-Thr  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00922026  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA67  tRNA-Thr  94.23 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.0000000105718  normal  0.63081 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0145  tRNA-Thr  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0524672  hitchhiker  0.000341805 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0029  tRNA-Thr  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000467647 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60040  tRNA-Thr  94.23 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.909692  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R87  tRNA-Thr  94.23 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000233692  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0028  tRNA-Thr  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.851168  unclonable  0.00000739307 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0131  tRNA-Thr  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000204709  normal  0.0765104 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2070  tRNA-Thr  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0014  tRNA-Thr  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.796812  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0821  tRNA-Thr  94.23 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0929777  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0010  tRNA-Thr  97.73 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000114274  hitchhiker  0.00000872087 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08670  tRNA-Thr  94.23 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000482106  hitchhiker  0.000524894 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0024  tRNA-Thr  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0113  tRNA-Thr  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0429315  hitchhiker  0.00021617 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0133  tRNA-Thr  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000850923  normal  0.0129533 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0025  tRNA-Thr  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000750128  normal  0.0484618 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t07  tRNA-Thr  100 
 
 		 73 bp  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.000225857  unclonable  0.000000193462 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0019  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0144795  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t064  tRNA-Thr  88 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0492871  hitchhiker  0.000000924528 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0084  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.0000286992  normal  0.992402 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0016  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000237824  normal  0.0237533 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0017  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.79728  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA51  tRNA-Ile  92.98 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000929539  normal  0.303665 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA73  tRNA-Ile  92.98 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00020083  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA82  tRNA-Ile  92.98 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000191187  normal  0.0192687 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70900  tRNA-Ile  92.98 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.335626 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0812  tRNA-Ile  92.98 
 
 		 79 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.460941  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08580  tRNA-Ile  92.98 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000150356 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>