39 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TDE_tRNA-Thr-3 on replicon NC_002967
Organism: Treponema denticola ATCC 35405



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002967  TDE_tRNA-Thr-3  tRNA-Thr  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.0000130207  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0070  tRNA-Thr  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0070  tRNA-Thr  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0105  tRNA-Thr  86.36 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000288138  hitchhiker  0.0000019759 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0011  tRNA-Thr  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.176514  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0022  tRNA-Thr  86.89 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.0000255037  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0014  tRNA-Thr  86.89 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000000293663  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0031  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.401044  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0019  tRNA-Thr  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0144795  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60040  tRNA-Thr  86.21 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.909692  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0076  tRNA-Thr  84.85 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.000000000693473  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0008  tRNA-Thr  94.12 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000079978  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0084  tRNA-Thr  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.0000286992  normal  0.992402 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t07  tRNA-Thr  86.21 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.000225857  unclonable  0.000000193462 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0821  tRNA-Thr  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0929777  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0016  tRNA-Thr  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000237824  normal  0.0237533 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA67  tRNA-Thr  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.0000000105718  normal  0.63081 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08670  tRNA-Thr  86.21 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000482106  hitchhiker  0.000524894 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R87  tRNA-Thr  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000233692  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0013  tRNA-Thr  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000480722  hitchhiker  0.0000885703 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0020  tRNA-Thr  87.76 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000000441917  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0013  tRNA-Thr  86.79 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000145689  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0062  tRNA-Thr  85.25 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0399  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  decreased coverage  0.00000357697  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0042  tRNA-Thr  91.89 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0209686  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0005  tRNA-His  100 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000112235  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0003  tRNA-Thr  88.64 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00291494  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0012  tRNA-Ile  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.021618  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0048  tRNA-Ile  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.884933  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0054  tRNA-Ile  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t07  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.222466  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t2373  tRNA-Thr  91.67 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0061  tRNA-Thr  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00680264  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0036  tRNA-Ile  96.3 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0216959 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0054  tRNA-Thr  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0389191  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0015  tRNA-Thr  91.18 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000146334  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0022  tRNA-His  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0008  tRNA-Gly  88.1 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.142347  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0054  tRNA-Gly  88.1 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0271354  normal  0.903317 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>