281 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Saro_R0074 on replicon NC_007794
Organism: Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007794  Saro_R0074  tRNA-Thr  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.747725  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0016  tRNA-Thr  94.67 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0053  tRNA-Thr  91.43 
 
 		 75 bp  91.7  2e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0002  tRNA-Thr  91.43 
 
 		 75 bp  91.7  2e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0189454  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0001  tRNA-Thr  91.43 
 
 		 75 bp  91.7  2e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00463461  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0031  tRNA-Thr  100 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0032  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000144022  normal  0.819537 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0007  tRNA-Thr  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4335  tRNA-Thr  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0046  tRNA-Thr  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0468144  normal  0.358768 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0057  tRNA-Thr  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0072  tRNA-Thr  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.465958  hitchhiker  0.00803701 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0070  tRNA-Thr  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0632642 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0024  tRNA-Thr  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.9344  normal  0.172928 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0038  tRNA-Thr  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.70785  normal  0.208879 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6021  tRNA-Thr  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.893316 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0034  tRNA-Thr  92.59 
 
 		 75 bp  75.8  0.000000000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.000000469918  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0032  tRNA-Thr  91.23 
 
 		 72 bp  73.8  0.000000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.387211 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0028  tRNA-Thr  91.23 
 
 		 72 bp  73.8  0.000000000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0037  tRNA-Thr  91.23 
 
 		 72 bp  73.8  0.000000000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.453842  normal  0.113649 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0004  tRNA-Thr  90 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0004  tRNA-Thr  90 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0275  tRNA-Thr  86.67 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000205711  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0005  tRNA-Thr  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.63313  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0030  tRNA-Thr  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t04  tRNA-Thr  88.71 
 
 		 72 bp  67.9  0.0000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.36184  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00234  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2722  tRNA-Thr  93.88 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000264941  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna051  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000648525  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0061  tRNA-Thr  90.57 
 
 		 72 bp  65.9  0.000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000296073  normal  0.403996 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0034  tRNA-Thr  90.57 
 
 		 72 bp  65.9  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.952764  normal  0.863091 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0022  tRNA-Thr  91.23 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.0000255037  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0047  tRNA-Thr  90.57 
 
 		 72 bp  65.9  0.000000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  unclonable  0.000000841137  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0011  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000691484  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0039  tRNA-Thr  90.57 
 
 		 72 bp  65.9  0.000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.103551 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0013  tRNA-Thr  93.88 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000480722  hitchhiker  0.0000885703 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0070  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0037  tRNA-Thr  89.29 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0388732 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0075  tRNA-Thr  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.648131  normal  0.30015 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0044  tRNA-Thr  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.000154669  normal  0.0727135 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0013  tRNA-Thr  89.09 
 
 		 72 bp  61.9  0.00000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0369049  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0078  tRNA-Thr  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA51  tRNA-Thr  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0701295  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0198  tRNA-Thr  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0001  tRNA-Thr  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.710276 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0021  tRNA-Thr  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.404313  normal  0.107554 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0052  tRNA-Thr  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0005  tRNA-Thr  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0050  tRNA-Thr  87.93 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.111405  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0009  tRNA-Thr  87.72 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000259067  hitchhiker  0.000000000126402 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00077  tRNA-Thr  91.84 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00000431752  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0091  tRNA-Thr  91.84 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  2.13219e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5103  tRNA-Thr  91.84 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.0000000000000647348  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0106  tRNA-Thr  91.84 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000000701517  hitchhiker  0.00222111 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4696  tRNA-Thr  91.84 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  1.54682e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4477  tRNA-Thr  91.84 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0000501815  hitchhiker  0.00000000000000791993 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4720  tRNA-Thr  91.84 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  1.2702999999999999e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0054  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000041401  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0088  tRNA-Thr  91.84 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00198921  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0008  tRNA-Thr  91.84 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000148165  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0007  tRNA-Thr  86.89 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.237633  hitchhiker  0.00714084 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0016  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.35256e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4355  tRNA-Thr  91.84 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.0000000300865  normal  0.983555 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4474  tRNA-Thr  91.84 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.000074305  hitchhiker  0.000220241 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0008  tRNA-Thr  91.84 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000889632  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0081  tRNA-Thr  91.84 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000871845  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0105  tRNA-Thr  90.57 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000288138  hitchhiker  0.0000019759 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4551  tRNA-Thr  91.84 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000359327  hitchhiker  0.00000000000130381 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4387  tRNA-Thr  91.84 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.0000000000000102716  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2802  tRNA-Thr  91.84 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000000503689  normal  0.100014 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0014  tRNA-Thr  91.84 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000357359  normal  0.0207901 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4427  tRNA-Thr  91.84 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.0000000000793255  hitchhiker  0.0000458064 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5444  tRNA-Thr  91.84 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000119489  hitchhiker  0.00131782 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4286  tRNA-Thr  91.84 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.21666e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0008  tRNA-Thr  91.84 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000537274  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0039  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000296877  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_07650  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 72 bp  58  0.0000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.0406963 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4781  tRNA-Thr  92.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0140933  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0012  tRNA-Thr  96.88 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0021  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0625627  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0075  tRNA-Thr  92.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00000000445566  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0123  tRNA-Thr  96.88 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000054481  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0015  tRNA-Thr  93.18 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.000000000141414  hitchhiker  0.00853262 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0022  tRNA-Thr  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t101  tRNA-Thr  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0113  tRNA-Thr  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0429315  hitchhiker  0.00021617 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0047  tRNA-Thr  88.24 
 
 		 72 bp  54  0.000005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0035  tRNA-Thr  88.24 
 
 		 72 bp  54  0.000005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0029  tRNA-Thr  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000467647 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03611  tRNA-Thr  96.77 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2070  tRNA-Thr  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0008  tRNA-Thr  90.7 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000000961846  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0014  tRNA-Thr  93.02 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000000293663  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tThr01  tRNA-Thr  93.02 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000000000642788  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0014  tRNA-Thr  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.796812  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0133  tRNA-Thr  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000850923  normal  0.0129533 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0025  tRNA-Thr  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000750128  normal  0.0484618 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t064  tRNA-Thr  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0492871  hitchhiker  0.000000924528 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0145  tRNA-Thr  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0524672  hitchhiker  0.000341805 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0131  tRNA-Thr  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000204709  normal  0.0765104 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>