208 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_R0007 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_R0007  tRNA-Thr  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.237633  hitchhiker  0.00714084 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0011  tRNA-Thr  96 
 
 		 75 bp  125  2e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000137284  normal  0.0115711 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0014  tRNA-Thr  96 
 
 		 75 bp  125  2e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000000427945  normal  0.583386 
 
 
-
 
NC_003295  RS05587  tRNA-Thr  96 
 
 		 75 bp  125  2e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000149657  normal  0.0701364 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0014  tRNA-Thr  96 
 
 		 75 bp  125  2e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000116743  normal  0.141702 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Thr-4  tRNA-Thr  96 
 
 		 75 bp  125  2e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.000416702  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0005  tRNA-Thr  96 
 
 		 75 bp  125  2e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0012  tRNA-Thr  96 
 
 		 75 bp  125  2e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  4.11185e-23  normal  0.0771857 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0071  tRNA-Thr  96 
 
 		 75 bp  125  2e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0072869  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0056  tRNA-Thr  96 
 
 		 75 bp  125  2e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0111608  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_BR0069  tRNA-Thr  96 
 
 		 75 bp  125  2e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00993164  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0051  tRNA-Thr  96 
 
 		 75 bp  125  2e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.802043 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3795  tRNA-Thr  96 
 
 		 75 bp  125  2e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0000000128346  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0057  tRNA-Thr  96 
 
 		 75 bp  125  2e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000000145876  hitchhiker  0.000000719754 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0020  tRNA-Thr  97.18 
 
 		 75 bp  125  2e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3085  tRNA-Thr  96 
 
 		 75 bp  125  2e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000338041  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0077  tRNA-Thr  96 
 
 		 75 bp  125  2e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000000188112  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0057  tRNA-Thr  96 
 
 		 75 bp  125  2e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0059  tRNA-Thr  96 
 
 		 75 bp  125  2e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.0000000579728  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0048  tRNA-Thr  96 
 
 		 75 bp  125  2e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.623542  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0070  tRNA-Thr  96 
 
 		 75 bp  125  2e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000211747  normal  0.22692 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0014  tRNA-Thr  96 
 
 		 75 bp  125  2e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00000027785  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0013  tRNA-Thr  96 
 
 		 75 bp  125  2e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.000000441208  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3187  tRNA-Thr  96 
 
 		 75 bp  125  2e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000488058  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1905  tRNA-Thr  96 
 
 		 75 bp  125  2e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.0000000256586  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3763  tRNA-Thr  96 
 
 		 75 bp  125  2e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00000000152532  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3825  tRNA-Thr  96 
 
 		 75 bp  125  2e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.366335  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3460  tRNA-Thr  96 
 
 		 75 bp  125  2e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  decreased coverage  0.0000610299  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0009  tRNA-Thr  96 
 
 		 75 bp  125  2e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000238051  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0022  tRNA-Thr  95.83 
 
 		 72 bp  119  9e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000000327134  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0009  tRNA-Thr  94.67 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000259067  hitchhiker  0.000000000126402 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0021  tRNA-Thr  96.49 
 
 		 75 bp  97.6  3e-19  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0625627  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0046  tRNA-Thr  96.49 
 
 		 75 bp  97.6  3e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0468144  normal  0.358768 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0005  tRNA-Thr  96.43 
 
 		 75 bp  95.6  1e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA51  tRNA-Thr  96.43 
 
 		 75 bp  95.6  1e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0701295  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0052  tRNA-Thr  96.43 
 
 		 75 bp  95.6  1e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0198  tRNA-Thr  96.36 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0005  tRNA-Thr  94.55 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.63313  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t04  tRNA-Thr  94.55 
 
 		 72 bp  85.7  0.000000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.36184  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4335  tRNA-Thr  94.55 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0275  tRNA-Thr  94.55 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000205711  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0030  tRNA-Thr  94.55 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0037  tRNA-Thr  94.55 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0388732 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0038  tRNA-Thr  94.55 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.70785  normal  0.208879 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0007  tRNA-Thr  94.55 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0061  tRNA-Thr  97.78 
 
 		 75 bp  81.8  0.00000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0122342  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0061  tRNA-Thr  95.83 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0005    92.86 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0008  tRNA-Thr  95.83 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0016  tRNA-Thr  95.83 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000000236341  hitchhiker  0.00490505 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0005  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0056  tRNA-Thr  95.83 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0058  tRNA-Thr  95.83 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000341468  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0055  tRNA-Thr  95.83 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.872606 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0027  tRNA-Thr  95.83 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.557842  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0066  tRNA-Thr  95.83 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.380799  normal  0.1543 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0025  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0044  tRNA-Thr  92.73 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.000154669  normal  0.0727135 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0057  tRNA-Thr  92.73 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0046  tRNA-Thr  95.74 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00480232  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0072  tRNA-Thr  92.73 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.465958  hitchhiker  0.00803701 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0052  tRNA-Thr  93.22 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000639553  hitchhiker  0.00795761 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0056  tRNA-Thr  95.74 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.877587 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6021  tRNA-Thr  92.45 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.893316 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0070  tRNA-Thr  92.45 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0632642 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAThrVIMSS1309299  tRNA-Thr  95.56 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0668617 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAThrVIMSS1309354  tRNA-Thr  93.62 
 
 		 72 bp  69.9  0.00000000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0105  tRNA-Thr  92.73 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000288138  hitchhiker  0.0000019759 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0041  tRNA-Thr  93.62 
 
 		 72 bp  69.9  0.00000000008  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAThrVIMSS1309355  tRNA-Thr  93.62 
 
 		 72 bp  69.9  0.00000000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.824908  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0031  tRNA-Thr  93.62 
 
 		 72 bp  69.9  0.00000000008  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0975905  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0021  tRNA-Thr  93.62 
 
 		 72 bp  69.9  0.00000000008  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0696816  normal  0.1141 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0014  tRNA-Thr  93.62 
 
 		 72 bp  69.9  0.00000000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0032  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000144022  normal  0.819537 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0048  tRNA-Thr  97.44 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000219709  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0004  tRNA-Thr  97.44 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAThrVIMSS1309081  tRNA-Thr  93.62 
 
 		 72 bp  69.9  0.00000000008  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAThrVIMSS1309082  tRNA-Thr  93.62 
 
 		 72 bp  69.9  0.00000000008  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.248116  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAThrVIMSS1309113  tRNA-Thr  93.62 
 
 		 72 bp  69.9  0.00000000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAThrVIMSS1309202  tRNA-Thr  93.62 
 
 		 72 bp  69.9  0.00000000008  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.083443  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAThrVIMSS1309157  tRNA-Thr  93.62 
 
 		 72 bp  69.9  0.00000000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0004  tRNA-Thr  90.74 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0004  tRNA-Thr  90.74 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0032  tRNA-Thr  88.52 
 
 		 72 bp  65.9  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.387211 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0015  tRNA-Thr  95 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000088003  normal  0.408699 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0028  tRNA-Thr  89.29 
 
 		 72 bp  63.9  0.000000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0043  tRNA-Thr  95 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.757841  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0049  tRNA-Thr  95 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000255817  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0037  tRNA-Thr  89.29 
 
 		 72 bp  63.9  0.000000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.453842  normal  0.113649 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0016  tRNA-Thr  95 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Thr-2  tRNA-Thr  94.87 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.34848  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0057  tRNA-Val  88.14 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.700226  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1466  tRNA-Thr  94.87 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  decreased coverage  0.0000000857792  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0439  tRNA-Thr  94.87 
 
 		 72 bp  61.9  0.00000002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.000000182942  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1719  tRNA-Thr  94.87 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.0000000778292  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0004  tRNA-Thr  94.74 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0008  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000000961846  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0355  tRNA-Thr  94.74 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.337369  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4557  tRNA-Thr  94.74 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0013  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 72 bp  60  0.00000008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0369049  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>