298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_R0016 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007498  Pcar_R0016  tRNA-Thr  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.35256e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0039  tRNA-Thr  100 
 
 
76 bp  119  9.999999999999999e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000296877  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0054  tRNA-Thr  100 
 
 
76 bp  119  9.999999999999999e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000041401  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0310  tRNA-Thr  93.42 
 
 
76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  hitchhiker  0.00278593  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0026  tRNA-Thr  93.42 
 
 
76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0065  tRNA-Thr  93.42 
 
 
76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00337548 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0007  tRNA-Thr  93.42 
 
 
76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.22668  hitchhiker  0.0000658151 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0006  tRNA-Thr  93.42 
 
 
76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.000288516  hitchhiker  0.0000067546 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1871  tRNA-Thr  92.11 
 
 
76 bp  103  6e-21  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0184728  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0317  tRNA-Thr  92.11 
 
 
76 bp  103  6e-21  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000144022  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0035  tRNA-Thr  92.11 
 
 
76 bp  103  6e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0436953  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0061  tRNA-Thr  92.86 
 
 
76 bp  99.6  9e-20  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00680264  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0017  tRNA-Thr  92.75 
 
 
76 bp  97.6  4e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.79728  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0045  tRNA-Thr  90.79 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0775671  normal 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Thr-2  tRNA-Thr  90.79 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Thr-2  tRNA-Thr  90.79 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.00332161  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0010  tRNA-Thr  90.79 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0535352  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0014  tRNA-Thr  94.83 
 
 
76 bp  91.7  2e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000000293663  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0054  tRNA-Thr  96.23 
 
 
76 bp  89.7  9e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0389191  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0023  tRNA-Thr  94.74 
 
 
78 bp  89.7  9e-17  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000013952  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0042  tRNA-Thr  89.47 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000011183  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0020  tRNA-Thr  89.74 
 
 
78 bp  85.7  0.000000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000056123  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0070  tRNA-Thr  94.34 
 
 
76 bp  81.8  0.00000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tThr01  tRNA-Thr  92.98 
 
 
79 bp  81.8  0.00000000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000000000642788  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08630  tRNA-Thr  89.86 
 
 
76 bp  81.8  0.00000000000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.000000480255  hitchhiker  0.000000163212 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA67  tRNA-Thr  92.86 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.0000000105718  normal  0.63081 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R87  tRNA-Thr  92.86 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000233692  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60040  tRNA-Thr  92.86 
 
 
73 bp  79.8  0.00000000000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.909692  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08670  tRNA-Thr  92.86 
 
 
73 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000482106  hitchhiker  0.000524894 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0821  tRNA-Thr  92.86 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0929777  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0057  tRNA-Thr  88.16 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0013  tRNA-Thr  88.16 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0563085  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0025  tRNA-Thr  88.16 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.821281  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0031  tRNA-Thr  88.16 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.401044  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0018  tRNA-Thr  88.16 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000226987  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0025  tRNA-Thr  94.23 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000257059  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0088  tRNA-Thr  94.23 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000142546  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0020  tRNA-Thr  94.12 
 
 
76 bp  77.8  0.0000000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000000441917  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0003  tRNA-Thr  94.12 
 
 
76 bp  77.8  0.0000000000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000292995  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0012  tRNA-Thr  100 
 
 
76 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0123  tRNA-Thr  100 
 
 
76 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000054481  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0048  tRNA-Thr  91.38 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.397818  normal  0.996159 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0033  tRNA-Thr  90.32 
 
 
73 bp  75.8  0.000000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0010  tRNA-Thr  88.57 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000114274  hitchhiker  0.00000872087 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00234  tRNA-Thr  97.62 
 
 
73 bp  75.8  0.000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna051  tRNA-Thr  97.62 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000648525  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0013  tRNA-Thr  97.62 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000480722  hitchhiker  0.0000885703 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2722  tRNA-Thr  97.62 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000264941  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0038  tRNA-Thr  88.41 
 
 
76 bp  73.8  0.000000000005  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.000000000920806  hitchhiker  0.00000030744 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0084  tRNA-Thr  91.07 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.0000286992  normal  0.992402 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t07  tRNA-Thr  91.07 
 
 
73 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.000225857  unclonable  0.000000193462 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t07  tRNA-Thr  91.07 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.222466  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0011  tRNA-Thr  92.86 
 
 
75 bp  71.9  0.00000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000691484  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0062  tRNA-Thr  86.84 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0012  tRNA-Thr  88.16 
 
 
75 bp  71.9  0.00000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000603563  normal  0.0893983 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0001  tRNA-Thr  86.84 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0016  tRNA-Thr  91.07 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000237824  normal  0.0237533 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0019  tRNA-Thr  91.07 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0144795  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0067  tRNA-Thr  91.07 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.689375  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0043  tRNA-Thr  86.84 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00000000011951  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t101  tRNA-Thr  97.44 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0145  tRNA-Thr  97.44 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0524672  hitchhiker  0.000341805 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0088  tRNA-Thr  86.67 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000140728  hitchhiker  0.00708611 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0018  tRNA-Thr  97.44 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000105771  hitchhiker  0.00192537 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03611  tRNA-Thr  97.44 
 
 
73 bp  69.9  0.00000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0029  tRNA-Thr  97.44 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000467647 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0133  tRNA-Thr  97.44 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000850923  normal  0.0129533 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0025  tRNA-Thr  97.44 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000750128  normal  0.0484618 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0024  tRNA-Thr  97.44 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0131  tRNA-Thr  97.44 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000204709  normal  0.0765104 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0022  tRNA-Thr  92.16 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.0000255037  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0028  tRNA-Thr  97.44 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.851168  unclonable  0.00000739307 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna090  tRNA-Thr  97.44 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00922026  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0022  tRNA-Thr  97.44 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0013  tRNA-Thr  97.44 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2070  tRNA-Thr  97.44 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0113  tRNA-Thr  97.44 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0429315  hitchhiker  0.00021617 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t064  tRNA-Thr  97.44 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0492871  hitchhiker  0.000000924528 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0014  tRNA-Thr  97.44 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.796812  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0091  tRNA-Thr  95.24 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  2.13219e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4286  tRNA-Thr  95.24 
 
 
78 bp  67.9  0.0000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.21666e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5648  tRNA-Thr  88.71 
 
 
73 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.0000000502297  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5651  tRNA-Thr  88.71 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.0000701056  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Thr-1  tRNA-Thr  88.71 
 
 
73 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000186681  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4387  tRNA-Thr  95.24 
 
 
78 bp  67.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.0000000000000102716  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4477  tRNA-Thr  95.24 
 
 
78 bp  67.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0000501815  hitchhiker  0.00000000000000791993 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4355  tRNA-Thr  95.24 
 
 
78 bp  67.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.0000000300865  normal  0.983555 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5444  tRNA-Thr  95.24 
 
 
78 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000119489  hitchhiker  0.00131782 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0042  tRNA-Thr  89.66 
 
 
73 bp  67.9  0.0000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0209686  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0008  tRNA-Thr  95.24 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000889632  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0189  tRNA-Thr  88.71 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.00000000579129  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0034  tRNA-Thr  88.71 
 
 
73 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000453984  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0015  tRNA-Thr  89.66 
 
 
73 bp  67.9  0.0000000003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000146334  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4427  tRNA-Thr  95.24 
 
 
78 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.0000000000793255  hitchhiker  0.0000458064 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0008  tRNA-Thr  95.24 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000148165  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0014  tRNA-Thr  95.24 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000357359  normal  0.0207901 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4551  tRNA-Thr  95.24 
 
 
78 bp  67.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000359327  hitchhiker  0.00000000000130381 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2802  tRNA-Thr  95.24 
 
 
78 bp  67.9  0.0000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000000503689  normal  0.100014 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5103  tRNA-Thr  95.24 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.0000000000000647348  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4720  tRNA-Thr  95.24 
 
 
78 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  1.2702999999999999e-22  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>