53 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_R0002 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010511  M446_R0053  tRNA-Thr  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0002  tRNA-Thr  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0189454  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0001  tRNA-Thr  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00463461  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0024  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 75 bp  99.6  9e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.9344  normal  0.172928 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0074  tRNA-Thr  91.43 
 
 		 75 bp  91.7  2e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.747725  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0078  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0021  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.404313  normal  0.107554 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0075  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.648131  normal  0.30015 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0001  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.710276 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0014  tRNA-Ala  91.38 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.580851  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0014  tRNA-Ala  91.38 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0016  tRNA-Thr  86.96 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Thr-2  tRNA-Thr  93.75 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.53423  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0051  tRNA-Thr  89.66 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0062  tRNA-Thr  90.57 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0027  tRNA-Thr  89.29 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.997139  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0020  tRNA-Thr  89.29 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0148448 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0023  tRNA-Thr  89.29 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0027  tRNA-Thr  89.29 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0005  tRNA-Thr  87.27 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0001  tRNA-Thr  89.09 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0023  tRNA-Thr  88.24 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0005    87.27 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0050  tRNA-Thr  87.27 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.111405  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0013  tRNA-Thr  87.27 
 
 		 72 bp  54  0.000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0369049  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0025  tRNA-Thr  87.27 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0072  tRNA-Thr  84.06 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.465958  hitchhiker  0.00803701 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0064  tRNA-Ala  87.72 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.805533 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4335  tRNA-Thr  84.06 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0057  tRNA-Thr  84.06 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0007  tRNA-Thr  84.06 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0038  tRNA-Thr  84.06 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.70785  normal  0.208879 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0056  tRNA-Thr  90 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00644368 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t04  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.36184  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0030  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0005  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.63313  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0136  tRNA-Thr  90 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0275  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000205711  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0037  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0388732 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0058  tRNA-Thr  90 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.05958  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0032  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000144022  normal  0.819537 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0047  tRNA-Thr  86.27 
 
 		 72 bp  46.1  0.001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0035  tRNA-Thr  86.27 
 
 		 72 bp  46.1  0.001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0006  tRNA-Thr  90.7 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0000228394  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0035  tRNA-Pro  100 
 
 		 72 bp  46.1  0.001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1361  tRNA-Thr  86.96 
 
 		 72 bp  44.1  0.004  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0007  tRNA-Thr  82.86 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.237633  hitchhiker  0.00714084 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0037  tRNA-Thr  84.48 
 
 		 72 bp  44.1  0.004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.453842  normal  0.113649 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0022  tRNA-Thr  86.21 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.0000255037  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0028  tRNA-Thr  84.48 
 
 		 72 bp  44.1  0.004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0046  tRNA-Thr  82.86 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0468144  normal  0.358768 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0031  tRNA-Thr  93.33 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0009  tRNA-Thr  83.33 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000259067  hitchhiker  0.000000000126402 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>