119 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daud_R0013 on replicon NC_010424
Organism: Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010424  Daud_R0013  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00000000622484  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0025  tRNA-Thr  93.1 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000257059  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0088  tRNA-Thr  93.1 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000142546  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0011  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000691484  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0013  tRNA-Thr  89.06 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000480722  hitchhiker  0.0000885703 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0043  tRNA-Thr  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00000000011951  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0061  tRNA-Thr  91.67 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00680264  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2722  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000264941  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0009  tRNA-Thr  88.14 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.365782  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0088  tRNA-Thr  85.33 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000140728  hitchhiker  0.00708611 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna051  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000648525  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0076  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.000000000693473  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0070  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0031  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.401044  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00234  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0016  tRNA-Thr  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.35256e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tThr01  tRNA-Thr  88.46 
 
 		 79 bp  56  0.000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000000000642788  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0018  tRNA-Thr  85.94 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0003  tRNA-Thr  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000292995  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0054  tRNA-Thr  90.7 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000041401  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0039  tRNA-Thr  90.7 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000296877  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00077  tRNA-Thr  87.04 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00000431752  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0091  tRNA-Thr  87.04 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  2.13219e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0008  tRNA-Thr  87.04 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000148165  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0008  tRNA-Thr  87.04 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000537274  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0088  tRNA-Thr  87.04 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00198921  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0008  tRNA-Thr  87.93 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00116073  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4286  tRNA-Thr  87.04 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.21666e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4720  tRNA-Thr  87.04 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  1.2702999999999999e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5103  tRNA-Thr  87.04 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.0000000000000647348  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0014  tRNA-Thr  87.04 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000357359  normal  0.0207901 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0081  tRNA-Thr  87.04 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000871845  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2802  tRNA-Thr  87.04 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000000503689  normal  0.100014 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0008  tRNA-Thr  87.04 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000889632  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0106  tRNA-Thr  87.04 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000000701517  hitchhiker  0.00222111 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4427  tRNA-Thr  87.04 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.0000000000793255  hitchhiker  0.0000458064 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4696  tRNA-Thr  87.04 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  1.54682e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4477  tRNA-Thr  87.04 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0000501815  hitchhiker  0.00000000000000791993 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4474  tRNA-Thr  87.04 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.000074305  hitchhiker  0.000220241 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4355  tRNA-Thr  87.04 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.0000000300865  normal  0.983555 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4387  tRNA-Thr  87.04 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.0000000000000102716  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4551  tRNA-Thr  87.04 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000359327  hitchhiker  0.00000000000130381 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5444  tRNA-Thr  87.04 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000119489  hitchhiker  0.00131782 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t101  tRNA-Thr  88.64 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt28  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt28  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0015  tRNA-Thr  90 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.000000000141414  hitchhiker  0.00853262 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna090  tRNA-Thr  88.64 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00922026  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0028  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000000248442  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0012  tRNA-Thr  88.64 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2731  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.264397  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2417  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000000618371  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0133  tRNA-Thr  88.64 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000850923  normal  0.0129533 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0025  tRNA-Thr  88.64 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000750128  normal  0.0484618 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0123  tRNA-Thr  88.64 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000054481  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0131  tRNA-Thr  88.64 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000204709  normal  0.0765104 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0028  tRNA-Thr  88.64 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.851168  unclonable  0.00000739307 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0025  tRNA-Thr  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.821281  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0013  tRNA-Thr  88.64 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0113  tRNA-Thr  88.64 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0429315  hitchhiker  0.00021617 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0014  tRNA-Thr  88.64 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.796812  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2070  tRNA-Thr  88.64 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA3  tRNA-Ala  85 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0024  tRNA-Thr  88.64 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03611  tRNA-Thr  88.64 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0018  tRNA-Thr  88.64 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000105771  hitchhiker  0.00192537 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0022  tRNA-Thr  88.64 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0029  tRNA-Thr  88.64 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000467647 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0028  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.0000000000383633  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0145  tRNA-Thr  88.64 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0524672  hitchhiker  0.000341805 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0007  tRNA-Ala  85 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t064  tRNA-Thr  88.64 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0492871  hitchhiker  0.000000924528 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0025  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.114499  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0025  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.678312  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0004    100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.887473 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0011    100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0029  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4330  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0001  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.272552  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0010  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.100058 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0002  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0005  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0004  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0019  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0002  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.778996  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0012  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0056  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000000003137  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0035  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0036  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0016  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000104891  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0039  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0043  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0640693  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0001  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA1  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.586426 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14013  tRNA-Phe  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  2.4351199999999998e-39  hitchhiker  0.00000351067 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna15  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.888051  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna17  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0002  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.381422  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0038  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00000224976  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0994  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0502689  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>