160 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dde_R0062 on replicon NC_007519
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007519  Dde_R0062  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0001  tRNA-Thr  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0070  tRNA-Thr  96.55 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0051  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0070  tRNA-Thr  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0020  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0148448 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0023  tRNA-Thr  93.22 
 
 		 73 bp  85.7  0.000000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0027  tRNA-Thr  93.22 
 
 		 73 bp  85.7  0.000000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.997139  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0020  tRNA-Thr  89.74 
 
 		 78 bp  85.7  0.000000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000056123  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0027  tRNA-Thr  93.22 
 
 		 73 bp  85.7  0.000000000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0022  tRNA-Thr  90 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.0000255037  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0006  tRNA-Thr  94 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0000228394  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0013  tRNA-Thr  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000480722  hitchhiker  0.0000885703 
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Thr-2  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.0000000811018  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0016  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.35256e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_870  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000136902  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0028  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.000000000277136  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0045  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0775671  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0010  tRNA-Thr  95.35 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.332362  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0034  tRNA-Thr  93.62 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.88486  normal  0.49295 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0007  tRNA-Thr  91.84 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.22668  hitchhiker  0.0000658151 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0003  tRNA-Thr  91.84 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000292995  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0031  tRNA-Thr  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.401044  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0026  tRNA-Thr  91.84 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2722  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000264941  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0065  tRNA-Thr  91.84 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00337548 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0012  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000603563  normal  0.0893983 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0054  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000041401  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0039  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000296877  n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_R0081  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0014  tRNA-Thr  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000000293663  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna090  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00922026  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t101  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t064  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0492871  hitchhiker  0.000000924528 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0133  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000850923  normal  0.0129533 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0025  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000750128  normal  0.0484618 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0123  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000054481  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0131  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000204709  normal  0.0765104 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0028  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.851168  unclonable  0.00000739307 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0013  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0113  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0429315  hitchhiker  0.00021617 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0014  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.796812  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2070  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0105  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000288138  hitchhiker  0.0000019759 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0024  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03611  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0018  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000105771  hitchhiker  0.00192537 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0022  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0029  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000467647 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0042  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000000280206  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0145  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0524672  hitchhiker  0.000341805 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Thr-2  tRNA-Thr  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0310  tRNA-Thr  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  hitchhiker  0.00278593  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna051  tRNA-Thr  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000648525  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0021  tRNA-Thr  91.11 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0225545  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0024  tRNA-Thr  90.57 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.9344  normal  0.172928 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0017  tRNA-Thr  91.11 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000000115919  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0006  tRNA-Thr  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.000288516  hitchhiker  0.0000067546 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0010  tRNA-Thr  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0535352  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0002  tRNA-Thr  90.57 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0189454  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00234  tRNA-Thr  89.8 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0001  tRNA-Thr  90.57 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00463461  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0076  tRNA-Thr  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.000000000693473  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0028  tRNA-Thr  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.0000000000383633  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0015  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.000000000141414  hitchhiker  0.00853262 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0053  tRNA-Thr  90.57 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0052  tRNA-Thr  91.11 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.00000000201025  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0052  tRNA-Thr  91.11 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  decreased coverage  0.000000000609044  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna6  tRNA-Thr  91.11 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.349793  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0057  tRNA-Thr  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0018  tRNA-Thr  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000226987  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t10  tRNA-Thr  88.46 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.0000121578  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_R0031  tRNA-Thr  100 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.0124047 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0012  tRNA-Thr  88.46 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000200408  hitchhiker  0.00313302 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0005  tRNA-Thr  88.46 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.134807  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0014  tRNA-Thr  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0025  tRNA-Thr  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000257059  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0088  tRNA-Thr  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000142546  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0016  tRNA-Thr  88.46 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.0000000825993  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0013  tRNA-Thr  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0563085  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0017  tRNA-Thr  88.46 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000663854  decreased coverage  0.0000968931 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1871  tRNA-Thr  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0184728  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0317  tRNA-Thr  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000144022  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0041  tRNA-Thr  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0035  tRNA-Thr  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0436953  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Thr-2  tRNA-Thr  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.00332161  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0054  tRNA-Thr  90.7 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000720671  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_AR0004  tRNA-Thr  96.77 
 
 		 72 bp  54  0.000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.359644  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0042  tRNA-Thr  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000011183  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0025  tRNA-Thr  90.7 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0015  tRNA-Thr  86.44 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  decreased coverage  0.00000000030839  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_R0018  tRNA-Thr  96.77 
 
 		 72 bp  54  0.000005  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0225129  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0012  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_R0028  tRNA-Thr  96.77 
 
 		 72 bp  54  0.000005  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0061  tRNA-Thr  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00680264  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0048  tRNA-Thr  90.7 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.397818  normal  0.996159 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0030  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0058  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 72 bp  52  0.00002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.05958  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0025  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.821281  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_R0005  tRNA-Thr  100 
 
 		 72 bp  52  0.00002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>