136 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_R0010 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_R0010  tRNA-Thr  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.332362  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0051  tRNA-Thr  97.62 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0001  tRNA-Thr  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0062  tRNA-Thr  95.35 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0023  tRNA-Thr  95.35 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0020  tRNA-Thr  95.35 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0148448 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0027  tRNA-Thr  95.35 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.997139  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0027  tRNA-Thr  95.35 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_AR0004  tRNA-Thr  94.74 
 
 		 72 bp  60  0.00000007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.359644  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0022  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.0000255037  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_R0038  tRNA-Thr  94.74 
 
 		 75 bp  60  0.00000007  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.418061  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0006  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0000228394  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0039  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000296877  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0016  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.35256e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0054  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000041401  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0025  tRNA-Thr  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0016  tRNA-Thr  89.29 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0054  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000720671  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0012  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0123  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000054481  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0033  tRNA-Gly  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.688616  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0013  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000480722  hitchhiker  0.0000885703 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0043  tRNA-Thr  89.13 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2722  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000264941  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00234  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0020  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000056123  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna051  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000648525  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0046  tRNA-Thr  88 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.000000374178  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0070  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_R0031  tRNA-Thr  96.55 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.0124047 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1326  tRNA-Thr  91.89 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  hitchhiker  0.00274987  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_R0011  tRNA-OTHER  100 
 
 		 119 bp  50.1  0.00007  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_R0026  tRNA-OTHER  100 
 
 		 101 bp  50.1  0.00007  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0018  tRNA-Thr  86.79 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_R0012  tRNA-Arg  100 
 
 		 78 bp  50.1  0.00007  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_R0025  tRNA-Arg  100 
 
 		 78 bp  50.1  0.00007  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.954082 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_R0027  tRNA-Lys  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.968088 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_R0034  tRNA-Lys  100 
 
 		 78 bp  50.1  0.00007  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_R0018  tRNA-Thr  93.94 
 
 		 72 bp  50.1  0.00007  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0225129  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_R0021  tRNA-Lys  100 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  0.360576 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_R0036  tRNA-Arg  100 
 
 		 78 bp  50.1  0.00007  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.633015  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0054  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0389191  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0052  tRNA-Thr  86.79 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.00000000201025  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_R0024  tRNA-OTHER  100 
 
 		 101 bp  50.1  0.00007  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_R0026  tRNA-Lys  100 
 
 		 101 bp  50.1  0.00007  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.371557  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_R0036  tRNA-OTHER  100 
 
 		 99 bp  50.1  0.00007  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0052  tRNA-Thr  86.79 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  decreased coverage  0.000000000609044  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna6  tRNA-Thr  86.79 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.349793  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0017  tRNA-Thr  86.79 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000000115919  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0006  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.572136 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0001  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_R0028  tRNA-Thr  100 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0015  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.131204  normal  0.298264 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_R0005  tRNA-Thr  100 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_R0022  tRNA-Thr  88.64 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0009  tRNA-Thr  100 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0009  tRNA-Thr  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.630653 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0028  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0029  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0004  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0108141  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0048  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.397818  normal  0.996159 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t101  tRNA-Thr  89.74 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt06  tRNA-Thr  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt06  tRNA-Thr  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_R0021  tRNA-Arg  100 
 
 		 104 bp  46.1  0.001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.212228 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0042  tRNA-Thr  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000011183  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t42  tRNA-Pro  87.23 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00000750468  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0007  tRNA-Thr  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.22668  hitchhiker  0.0000658151 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tThr01  tRNA-Thr  85.45 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000000000642788  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0133  tRNA-Thr  89.74 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000850923  normal  0.0129533 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0025  tRNA-Thr  89.74 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000750128  normal  0.0484618 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0047  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00129328  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0131  tRNA-Thr  89.74 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000204709  normal  0.0765104 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0028  tRNA-Thr  89.74 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.851168  unclonable  0.00000739307 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0013  tRNA-Thr  89.74 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0113  tRNA-Thr  89.74 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0429315  hitchhiker  0.00021617 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0014  tRNA-Thr  89.74 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.796812  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0079  tRNA-OTHER  100 
 
 		 121 bp  46.1  0.001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2070  tRNA-Thr  89.74 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0049  tRNA-Thr  89.74 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000532308  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0024  tRNA-Thr  89.74 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0310  tRNA-Thr  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  hitchhiker  0.00278593  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0031  tRNA-Thr  89.74 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.151605  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03611  tRNA-Thr  89.74 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0065  tRNA-Thr  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00337548 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0018  tRNA-Thr  89.74 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000105771  hitchhiker  0.00192537 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0022  tRNA-Thr  89.74 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0029  tRNA-Thr  89.74 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000467647 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0021  tRNA-Thr  88.37 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0225545  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0145  tRNA-Thr  89.74 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0524672  hitchhiker  0.000341805 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna090  tRNA-Thr  89.74 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00922026  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0034  tRNA-Thr  89.74 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.000000469918  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t064  tRNA-Thr  89.74 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0492871  hitchhiker  0.000000924528 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0006  tRNA-Thr  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.000288516  hitchhiker  0.0000067546 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0026  tRNA-Thr  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0091  tRNA-Thr  88.1 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  2.13219e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_006683  CNN01580  tRNA-Cys  100 
 
 		 88 bp  44.1  0.004  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0008  tRNA-Pro  100 
 
 		 79 bp  44.1  0.004  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0057  tRNA-Thr  86.21 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0014  tRNA-Thr  88.1 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000000293663  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>