299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xfasm12_R0052 on replicon NC_010513
Organism: Xylella fastidiosa M12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010513  Xfasm12_R0052  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.00000000201025  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0052  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  decreased coverage  0.000000000609044  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna6  tRNA-Thr  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.349793  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0017  tRNA-Thr  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000000115919  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lppt06  tRNA-Thr  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt06  tRNA-Thr  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0048  tRNA-Thr  93.75 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.397818  normal  0.996159 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0006  tRNA-Thr  93.75 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0000228394  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0014  tRNA-Thr  93.75 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000000293663  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0046  tRNA-Thr  95.35 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.000000374178  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t10  tRNA-Thr  95.24 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.0000121578  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0054  tRNA-Thr  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000720671  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0012  tRNA-Thr  95.24 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000200408  hitchhiker  0.00313302 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0005  tRNA-Thr  95.24 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.134807  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0016  tRNA-Thr  95.24 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.0000000825993  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0017  tRNA-Thr  95.24 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000663854  decreased coverage  0.0000968931 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0035  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0436953  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Thr-2  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.00332161  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0006  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.000288516  hitchhiker  0.0000067546 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0042  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000011183  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0310  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  hitchhiker  0.00278593  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0017  tRNA-Lys  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0034  tRNA-Thr  93.18 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.88486  normal  0.49295 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0027  tRNA-Thr  93.02 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0023  tRNA-Thr  93.02 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0027  tRNA-Thr  93.02 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.997139  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0020  tRNA-Thr  93.02 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0148448 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0070  tRNA-Thr  94.87 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0025  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0013  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000480722  hitchhiker  0.0000885703 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0004  tRNA-Thr  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.166563  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0317  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000144022  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0007  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.22668  hitchhiker  0.0000658151 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0062  tRNA-Thr  91.11 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0065  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00337548 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0021  tRNA-Lys  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0026  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2731  tRNA-Thr  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.264397  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2417  tRNA-Thr  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000000618371  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0023  tRNA-Thr  91.11 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1871  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0184728  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0041  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0014  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0020  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000056123  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0041  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0075  tRNA-Thr  93.18 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.648131  normal  0.30015 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0028  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0418849 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0050  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.130847  hitchhiker  0.00000000426742 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0001  tRNA-Thr  93.18 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.710276 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60150  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0078  tRNA-Thr  93.18 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0021  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0225545  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0015  tRNA-Thr  87.27 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.664348  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t101  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0044  tRNA-Thr  87.27 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  0.0369335 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03510  tRNA-Thr  87.27 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.495838  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03611  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0009  tRNA-Thr  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.246442  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna090  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00922026  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_R0066  tRNA-Thr  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0641093  normal  0.577615 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0052  tRNA-Thr  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0017  tRNA-Thr  87.27 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0013  tRNA-Thr  94.29 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000145689  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0029  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000467647 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_21220  tRNA-Thr  87.27 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0054  tRNA-Thr  87.27 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.788475 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0014  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.796812  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0012  tRNA-Ile  88.14 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0475634  hitchhiker  0.00335239 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_R0072  tRNA-Ile  88.14 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000000363339  hitchhiker  0.000159334 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_R0080  tRNA-Ile  88.14 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000539724  normal  0.0299123 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0050  tRNA-Thr  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.92486  normal  0.023153 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0048  tRNA-Thr  87.27 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.528546 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0015  tRNA-Thr  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0053  tRNA-Ile  88.14 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000417582  hitchhiker  0.000449286 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0063  tRNA-Ile  88.14 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000000375232  hitchhiker  0.000000804387 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0053  tRNA-Thr  87.27 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.94917  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0015  tRNA-Thr  90.7 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000146334  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_21430  tRNA-Thr  87.27 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  hitchhiker  0.000055633  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0145  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0524672  hitchhiker  0.000341805 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0022  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2070  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0133  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000850923  normal  0.0129533 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0025  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000750128  normal  0.0484618 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0052  tRNA-Thr  87.27 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0113  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0429315  hitchhiker  0.00021617 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0009  tRNA-Thr  93.02 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.630653 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5158  tRNA-Thr  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.65124  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t064  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0492871  hitchhiker  0.000000924528 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58710  tRNA-Thr  87.27 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0410722  normal  0.504047 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t2373  tRNA-Thr  87.27 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0013  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0024  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_R0067  tRNA-Ile  88.14 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000429725  hitchhiker  0.000000544273 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0073  tRNA-Thr  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.714988  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0131  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000204709  normal  0.0765104 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0012  tRNA-Thr  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0009  tRNA-Thr  87.27 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.170305  normal  0.239694 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0018  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000105771  hitchhiker  0.00192537 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0013  tRNA-Thr  87.27 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0510336  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0028  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.851168  unclonable  0.00000739307 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>