105 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lreu_R0008 on replicon NC_009513
Organism: Lactobacillus reuteri DSM 20016



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009513  Lreu_R0008  tRNA-Thr  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00116073  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0055  tRNA-Thr  92.59 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000011398  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0003  tRNA-Thr  95.24 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000292995  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0011  tRNA-Thr  91.3 
 
 		 75 bp  60  0.00000007  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000691484  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0013  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000480722  hitchhiker  0.0000885703 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2722  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000264941  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00234  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0030  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna051  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000648525  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t07  tRNA-Thr  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.222466  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0015  tRNA-Thr  89.58 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  decreased coverage  0.00000000030839  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0018  tRNA-Thr  89.36 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0014  tRNA-Thr  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000000293663  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0070  tRNA-Thr  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0067  tRNA-Thr  88.14 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.689375  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0020  tRNA-Thr  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000000441917  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0054  tRNA-Thr  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0389191  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0029  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.217954 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5648  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.0000000502297  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t008  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Thr-5  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00000000184905  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Thr-3  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000633532  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Thr-3  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000000222462  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0070  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Thr-1  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000186681  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0015  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000257752  normal  0.024275 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0015  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000756567  hitchhiker  0.00969138 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0015  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000294168  normal  0.0837368 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0031  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.401044  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0130  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000480729  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0124  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000133621  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0014  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000541259  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0034  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000453984  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0016  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000937466  hitchhiker  0.000524679 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0013  tRNA-Thr  87.93 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00000000622484  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0045  tRNA-Thr  90 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000137446  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0040  tRNA-Ile  88 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.22275  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0189  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.00000000579129  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t004  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000000811739  normal  0.123776 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5651  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.0000701056  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0168  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00852327 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0076  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.000000000693473  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0045  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0775671  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0026  tRNA-Thr  90 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.000120513  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0007  tRNA-Thr  88.68 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.22668  hitchhiker  0.0000658151 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0023  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 78 bp  50.1  0.00007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000013952  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0026  tRNA-Thr  88.68 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0065  tRNA-Thr  88.68 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00337548 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA67  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.0000000105718  normal  0.63081 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R87  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000233692  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08670  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000482106  hitchhiker  0.000524894 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0025  tRNA-Thr  88.46 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.821281  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0821  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0929777  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0034  tRNA-Thr  93.75 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.000000469918  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_R0053  tRNA-Val  96.43 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.297714  normal  0.2473 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60040  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.909692  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0015  tRNA-Thr  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.000000000141414  hitchhiker  0.00853262 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t07  tRNA-Thr  89.74 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.000225857  unclonable  0.000000193462 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t101  tRNA-Thr  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0016  tRNA-Thr  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.35256e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0012  tRNA-Thr  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0008  tRNA-Thr  89.74 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000000961846  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0355  tRNA-Thr  89.74 
 
 		 78 bp  46.1  0.001  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.337369  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tThr01  tRNA-Thr  89.74 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000000000642788  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0133  tRNA-Thr  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000850923  normal  0.0129533 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0025  tRNA-Thr  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000750128  normal  0.0484618 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0123  tRNA-Thr  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000054481  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0131  tRNA-Thr  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000204709  normal  0.0765104 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0028  tRNA-Thr  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.851168  unclonable  0.00000739307 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0013  tRNA-Thr  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0113  tRNA-Thr  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0429315  hitchhiker  0.00021617 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0014  tRNA-Thr  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.796812  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2070  tRNA-Thr  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0016  tRNA-Thr  89.74 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000237824  normal  0.0237533 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0105  tRNA-Thr  89.74 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000288138  hitchhiker  0.0000019759 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0024  tRNA-Thr  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03611  tRNA-Thr  93.55 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0018  tRNA-Thr  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000105771  hitchhiker  0.00192537 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0022  tRNA-Thr  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0029  tRNA-Thr  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000467647 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0019  tRNA-Thr  89.74 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0144795  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0084  tRNA-Thr  89.74 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.0000286992  normal  0.992402 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0145  tRNA-Thr  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0524672  hitchhiker  0.000341805 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0015  tRNA-Thr  89.74 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000146334  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0014  tRNA-Val  86.44 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.328994 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0004  tRNA-Thr  89.74 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t064  tRNA-Thr  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0492871  hitchhiker  0.000000924528 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0039  tRNA-Thr  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000296877  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0054  tRNA-Thr  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000041401  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0033  tRNA-Thr  93.55 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0004  tRNA-Thr  89.74 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0042  tRNA-Thr  90.7 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000000280206  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna090  tRNA-Thr  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00922026  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0025  tRNA-Thr  89.74 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  unclonable  0.00000000411074  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Thr-2  tRNA-Thr  88.1 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0037  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000000412611  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0069  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0010  tRNA-Thr  88.1 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0535352  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0013  tRNA-Thr  88.1 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0563085  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0034  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.175686  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>