167 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_R0001 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014151  Cfla_R0001  tRNA-Ile  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0001  tRNA-Ile  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0001  tRNA-Ile  94.59 
 
 		 77 bp  115  1.0000000000000001e-24  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0001  tRNA-Ile  95.71 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0001  tRNA-Ile  93.24 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.48782 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0001  tRNA-Ile  93.24 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00699866 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0001  tRNA-Ile  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0001  tRNA-Ile  94.92 
 
 		 74 bp  93.7  5e-18  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00090  tRNA-Ile  90.54 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0001  tRNA-Ile  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0001  tRNA-Ile  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0001  tRNA-Ile  90.54 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.269179  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0001  tRNA-Ile  90.54 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.522467  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0001  tRNA-Ile  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000000000056497 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0001  tRNA-Ile  93.33 
 
 		 74 bp  87.7  3e-16  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0001  tRNA-Ile  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0001  tRNA-Ile  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0441602 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0001  tRNA-Ile  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.226648  normal  0.0173253 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0001  tRNA-Ile  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.484512  normal  0.062918 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14001  tRNA-Ile  89.19 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00090  tRNA-Ile  90.62 
 
 		 74 bp  79.8  0.00000000000008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.609024  normal  0.459297 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0001  tRNA-Ile  91.67 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00090  tRNA-Ile  90.62 
 
 		 74 bp  79.8  0.00000000000008  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.387136  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0001  tRNA-Ile  91.67 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.826373  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0054  tRNA-Ile  90.48 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.467793  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0001  tRNA-Ile  90.48 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0519  tRNA-Ile  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0462  tRNA-Ile  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.81468  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Ile-1  tRNA-Ile  87.84 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Ile-2  tRNA-Ile  87.84 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Ile-3  tRNA-Ile  87.84 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00170  tRNA-Ile  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1463  tRNA-Ile  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0593  tRNA-Ile  87.84 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.234986  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1706  tRNA-Ile  87.84 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1713  tRNA-Ile  87.84 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1726  tRNA-Ile  87.84 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.826241  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0034  tRNA-Ile  87.84 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1273  tRNA-Ile  87.84 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1522  tRNA-Ile  87.84 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2158  tRNA-Ile  87.84 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2187  tRNA-Ile  87.84 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00080  tRNA-Ile  90.32 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2230  tRNA-Ile  87.84 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2237  tRNA-Ile  87.84 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2258  tRNA-Ile  87.84 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.127435  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2322  tRNA-Ile  87.84 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0001  tRNA-Ile  89.06 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.996709  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0001  tRNA-Ile  90 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.531061 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0004  tRNA-Ile  90 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0654807  normal  0.562233 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0001  tRNA-Ile  88.89 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.429514  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0051  tRNA-Ile  95.24 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1353  tRNA-Ile  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00031485 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0040  tRNA-Ile  89.47 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.22275  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0001  tRNA-Ile  87.5 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Thr-2  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.00332161  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0039  tRNA-Val  94.74 
 
 		 72 bp  60  0.00000007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00107403  hitchhiker  0.00887894 
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Ile-1  tRNA-Ile  90 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00665402  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0042  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 73 bp  60  0.00000007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0209686  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0043  tRNA-Val  94.74 
 
 		 75 bp  60  0.00000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0177605  normal  0.590974 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0040  tRNA-Val  94.74 
 
 		 75 bp  60  0.00000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.288253  hitchhiker  0.000507453 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0047  tRNA-Val  94.74 
 
 		 75 bp  60  0.00000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00873766  hitchhiker  0.00896999 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1871  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0184728  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0317  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000144022  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0035  tRNA-Thr  87.3 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0436953  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0036  tRNA-Val  92.11 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0258762  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0021  tRNA-Val  92.11 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0058  tRNA-Ile  84.29 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.124982  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0015  tRNA-Val  92.11 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0817161  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0038  tRNA-Val  92.11 
 
 		 72 bp  52  0.00002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00268365  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0026  tRNA-Val  92.11 
 
 		 72 bp  52  0.00002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0265977  hitchhiker  0.000432959 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0014  tRNA-Val  92.11 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.591193  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0018  tRNA-Val  92.11 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0014  tRNA-Val  92.11 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0046  tRNA-Val  92.11 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.467185  normal  0.202309 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14034  tRNA-Val  92.11 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000622318  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0078  tRNA-Ile  85.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.236946  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0457  tRNA-Ile  85.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.0382527  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1509  tRNA-Ile  85.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0025  tRNA-Val  88.89 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.962727  normal  0.312894 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0095  tRNA-Ile  84.62 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0007  tRNA-Ile  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.367995  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0019  tRNA-Ile  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.522587  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0038  tRNA-Ile  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.00492352  normal  0.805671 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0017  tRNA-Ile  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0599655  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0028  tRNA-Ile  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.897252  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Thr-5  tRNA-Thr  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00000000184905  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Thr-3  tRNA-Thr  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000633532  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Thr-3  tRNA-Thr  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000000222462  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0010  tRNA-Ile  85.71 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0022  tRNA-Ile  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.0000102931  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0033  tRNA-Ile  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00000000982153  normal  0.21977 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0005  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.134807  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0025  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.821281  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAIleVIMSS1309088  tRNA-Ile  85.71 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAIleVIMSS1309139  tRNA-Ile  85.71 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAIleVIMSS1309203  tRNA-Ile  85.71 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.765225  normal  0.83434 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAIleVIMSS1309281  tRNA-Ile  85.71 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.126115 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAIleVIMSS1309289  tRNA-Ile  85.71 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAIleVIMSS1309371  tRNA-Ile  85.71 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.284723  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>