More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xaut_R0007 on replicon NC_009720
Organism: Xanthobacter autotrophicus Py2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009720  Xaut_R0019  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.522587  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0007  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.367995  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0071  tRNA-Ile  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.207153  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0014  tRNA-Ile  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.712374 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0014  tRNA-Ile  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0036  tRNA-Ile  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0007  tRNA-Ile  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.32375  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0020  tRNA-Ile  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0022  tRNA-Ile  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.879931  normal  0.983676 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0035  tRNA-Ile  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0042  tRNA-Ile  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.359065  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0021  tRNA-Ile  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.383429  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0022  tRNA-Ile  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0028  tRNA-Ile  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0043  tRNA-Ile  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0053  tRNA-Ile  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0080  tRNA-Ile  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0012  tRNA-Ile  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.430923 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0067  tRNA-Ile  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0634109  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0027  tRNA-Ile  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0043  tRNA-Ile  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.333285 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0028  tRNA-Ile  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.404313  hitchhiker  0.002006 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0041  tRNA-Ile  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00126395 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0020  tRNA-Ile  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0060  tRNA-Ile  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0548087 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0050  tRNA-Ile  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.356265 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0052  tRNA-Ile  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.307306  normal  0.320522 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0033  tRNA-Ile  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.715295 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0028  tRNA-Ile  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0012  tRNA-Ile  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.181038  normal  0.23369 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0041  tRNA-Ile  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.018808 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0035  tRNA-Ile  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.695665 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ile-1  tRNA-Ile  94.52 
 
 
77 bp  113  6e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0697106  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ile-2  tRNA-Ile  94.52 
 
 
77 bp  113  6e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0142737  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0001  tRNA-Ile  93.24 
 
 
74 bp  107  4e-22  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0033  tRNA-Ile  92.21 
 
 
77 bp  105  1e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0005  tRNA-Ile  93.15 
 
 
77 bp  105  1e-21  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.000000168156  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0026  tRNA-Ile  92.21 
 
 
77 bp  105  1e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0532408 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0063  tRNA-Ile  92.21 
 
 
77 bp  105  1e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.809971 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0057  tRNA-Ile  92.21 
 
 
77 bp  105  1e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.926394 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0011  tRNA-Ile  93.15 
 
 
77 bp  105  1e-21  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.0000846583  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0011  tRNA-Ile  93.15 
 
 
77 bp  105  1e-21  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.0062166  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0005  tRNA-Ile  93.15 
 
 
77 bp  105  1e-21  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.000000353567  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0007  tRNA-Ile  91.78 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000589313  hitchhiker  0.000462971 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0096  tRNA-Ile  91.78 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0060738  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0088  tRNA-Ile  91.78 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000156507  normal  0.184684 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0012  tRNA-Ile  90.91 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0051  tRNA-Ile  91.78 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00938855  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna57  tRNA-Ile  91.78 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.000350129  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0005  tRNA-Ile  90.91 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0019  tRNA-Ile  90.91 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0045  tRNA-Ile  90.91 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.165882  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0063  tRNA-Ile  90.91 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0012  tRNA-Ile  91.78 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00686442  normal  0.0133226 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0046  tRNA-Ile  90.91 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0017  tRNA-Ile  91.78 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0043  tRNA-Ile  90.91 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0053  tRNA-Ile  90.91 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0018  tRNA-Ile  90.91 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0042  tRNA-Ile  90.91 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna50  tRNA-Ile  91.78 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.000949027  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0004  tRNA-Ile  91.78 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000767494  normal  0.0118778 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0083  tRNA-Ile  91.78 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000277539  normal  0.33634 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0009  tRNA-Ile  91.78 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.102248  normal  0.0119324 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0006  tRNA-Ile  90.91 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00293878 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0022  tRNA-Ile  90.91 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0029  tRNA-Ile  90.91 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.125391  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0077  tRNA-Ile  90.91 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.982522 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0084  tRNA-Ile  90.91 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0045  tRNA-Ile  90.79 
 
 
77 bp  95.6  1e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000457584  normal  0.0314224 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0008  tRNA-Ile  89.61 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0058  tRNA-Ile  89.61 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.102192  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t03  tRNA-Ile  90.41 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t09  tRNA-Ile  90.41 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0116209  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t15  tRNA-Ile  90.41 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.160114  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t42  tRNA-Ile  90.41 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.158841  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t63  tRNA-Ile  90.41 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.07883  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA14  tRNA-Ile  90.41 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0900551  normal  0.0100999 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA5  tRNA-Ile  90.41 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0174877  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA51  tRNA-Ile  90.41 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000929539  normal  0.303665 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA73  tRNA-Ile  90.41 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00020083  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA82  tRNA-Ile  90.41 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000191187  normal  0.0192687 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R13  tRNA-Ile  90.41 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000158888  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R59  tRNA-Ile  90.41 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000380652  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R80  tRNA-Ile  90.41 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000887019  hitchhiker  0.00768268 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R93  tRNA-Ile  90.41 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000022565  normal  0.756494 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0002  tRNA-Ile  89.61 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0021  tRNA-Ile  89.61 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0055  tRNA-Ile  89.61 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0078  tRNA-Ile  89.61 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0040  tRNA-Ile  89.61 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.443427  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0002  tRNA-Ile  90.41 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000811561  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0012  tRNA-Ile  90.41 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00000226616  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0056  tRNA-Ile  90.41 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00138336  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0078  tRNA-Ile  90.41 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000000836991  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0086  tRNA-Ile  90.41 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00068353  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1916  tRNA-Ile  90.41 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  unclonable  0.00000000828574  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0007  tRNA-Ile  90.41 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.000593812  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0017  tRNA-Ile  90.41 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00000136136  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0058  tRNA-Ile  90.41 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00171421  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>