More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_1353 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_1353  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00031485 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0040  tRNA-Ile  98.65 
 
 		 74 bp  139  1e-31  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.22275  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0001  tRNA-Ile  94.67 
 
 		 77 bp  117  3.9999999999999997e-25  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.996709  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0001  tRNA-Ile  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ile-1  tRNA-Ile  95.08 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0697106  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ile-2  tRNA-Ile  95.08 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0142737  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0041  tRNA-Ile  90.67 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.018808 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0060  tRNA-Ile  90.67 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0548087 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0035  tRNA-Ile  90.67 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.695665 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0028  tRNA-Ile  90.67 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0007  tRNA-Ile  90.67 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.32375  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0080  tRNA-Ile  90.67 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0042  tRNA-Ile  90.67 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.359065  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0052  tRNA-Ile  90.67 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.307306  normal  0.320522 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0014  tRNA-Ile  90.67 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.712374 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0035  tRNA-Ile  90.67 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0012  tRNA-Ile  90.67 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.181038  normal  0.23369 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0021  tRNA-Ile  90.67 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.383429  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0036  tRNA-Ile  90.67 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0014  tRNA-Ile  90.67 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0028  tRNA-Ile  90.67 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.404313  hitchhiker  0.002006 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0043  tRNA-Ile  90.67 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.333285 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0050  tRNA-Ile  90.67 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.356265 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0020  tRNA-Ile  90.67 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0071  tRNA-Ile  90.67 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.207153  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0012  tRNA-Ile  90.67 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.430923 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0022  tRNA-Ile  90.67 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.879931  normal  0.983676 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0043  tRNA-Ile  90.67 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0027  tRNA-Ile  90.67 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0020  tRNA-Ile  90.67 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0033  tRNA-Ile  90.67 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.715295 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0041  tRNA-Ile  90.67 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00126395 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0028  tRNA-Ile  90.67 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0022  tRNA-Ile  90.67 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0053  tRNA-Ile  90.67 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0067  tRNA-Ile  90.67 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0634109  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00090  tRNA-Ile  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.609024  normal  0.459297 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00001  tRNA-Ile  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00294227  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00061  tRNA-Ile  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0509967  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00071  tRNA-Ile  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0100739  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0004  tRNA-Ile  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00111877  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0077  tRNA-Ile  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000248576  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0102  tRNA-Ile  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00845186  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0020  tRNA-Ile  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00394718  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4315  tRNA-Ile  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0699439  normal  0.201928 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0292  tRNA-Ile  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000120643  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0046  tRNA-Ile  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000007266  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0119  tRNA-Ile  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000630461  hitchhiker  0.0000581532 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0011  tRNA-Ile  93.44 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.0000846583  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0273  tRNA-Ile  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0036281  normal  0.436112 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4123  tRNA-Ile  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000989752  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0013  tRNA-Ile  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.111402  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4462  tRNA-Ile  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0397855  hitchhiker  0.000732879 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5077  tRNA-Ile  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000584569  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4714  tRNA-Ile  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000504108  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0005  tRNA-Ile  93.44 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.000000353567  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0006  tRNA-Ile  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0108839  normal  0.0634944 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0016  tRNA-Ile  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00171399  hitchhiker  0.0041284 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0213  tRNA-Ile  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000151155  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0103  tRNA-Ile  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00507683  decreased coverage  0.00339417 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4268  tRNA-Ile  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00604993  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0092  tRNA-Ile  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00539323  decreased coverage  0.00141538 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0085  tRNA-Ile  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0425046  normal  0.137972 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0104  tRNA-Ile  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000615074  normal  0.021037 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4344  tRNA-Ile  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0232585  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0059  tRNA-Ile  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000373197  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0468  tRNA-Ile  94.74 
 
 		 79 bp  89.7  9e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000056688  normal  0.0165845 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0273  tRNA-Ile  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.124539  normal  0.840677 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0016  tRNA-Ile  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.245905  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0006  tRNA-Ile  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000238221  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0002  tRNA-Ile  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.227542  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0094  tRNA-Ile  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00126026  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4293  tRNA-Ile  94.74 
 
 		 79 bp  89.7  9e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000401395  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4219  tRNA-Ile  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00450756  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4704  tRNA-Ile  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000142472  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5092  tRNA-Ile  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000866499  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5004  tRNA-Ile  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000283414  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4641  tRNA-Ile  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000032657  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4375  tRNA-Ile  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000507491  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0289  tRNA-Ile  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0256101  normal  0.468385 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0127  tRNA-Ile  94.74 
 
 		 79 bp  89.7  9e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000449492  normal  0.0406776 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tIle01  tRNA-Ile  94.74 
 
 		 80 bp  89.7  9e-17  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tIle02  tRNA-Ile  94.74 
 
 		 80 bp  89.7  9e-17  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5291  tRNA-Ile  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000449228  normal  0.256663 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4539  tRNA-Ile  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00250858  hitchhiker  0.00000000000409662 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0214  tRNA-Ile  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00923178  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3573  tRNA-Ile  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000468269  normal  0.424687 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0626  tRNA-Ile  94.74 
 
 		 79 bp  89.7  9e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000339545  normal  0.0175706 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0011  tRNA-Ile  93.44 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.0062166  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0196  tRNA-Ile  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000185404  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0090  tRNA-Ile  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000296834  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4458  tRNA-Ile  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000985365  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0007  tRNA-Ile  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.000593812  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0017  tRNA-Ile  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00000136136  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0058  tRNA-Ile  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00171421  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0003  tRNA-Ile  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000253245  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4204  tRNA-Ile  94.74 
 
 		 79 bp  89.7  9e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000054398  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4196  tRNA-Ile  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0226265  normal  0.767758 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0278  tRNA-Ile  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00714159  normal  0.415657 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4265  tRNA-Ile  94.74 
 
 		 79 bp  89.7  9e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000229393  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>