More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gobs_R0001 on replicon NC_013757
Organism: Geodermatophilus obscurus DSM 43160



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013757  Gobs_R0001  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.996709  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0001  tRNA-Ile  95.95 
 
 		 74 bp  123  6e-27  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1353  tRNA-Ile  94.67 
 
 		 77 bp  117  3.9999999999999997e-25  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00031485 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0040  tRNA-Ile  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.22275  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0001  tRNA-Ile  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0001  tRNA-Ile  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00699866 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0001  tRNA-Ile  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0067  tRNA-Ile  90.79 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0634109  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0007  tRNA-Ile  90.79 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.32375  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ile-1  tRNA-Ile  91.67 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0697106  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ile-2  tRNA-Ile  91.67 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0142737  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0028  tRNA-Ile  90.79 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0014  tRNA-Ile  90.79 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0020  tRNA-Ile  90.79 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0036  tRNA-Ile  90.79 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0028  tRNA-Ile  90.79 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0014  tRNA-Ile  90.79 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.712374 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0022  tRNA-Ile  90.79 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.879931  normal  0.983676 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0071  tRNA-Ile  90.79 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.207153  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0080  tRNA-Ile  90.79 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0001  tRNA-Ile  90.79 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.522467  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0043  tRNA-Ile  90.79 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0012  tRNA-Ile  90.79 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.181038  normal  0.23369 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0041  tRNA-Ile  90.79 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00126395 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0027  tRNA-Ile  90.79 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0060  tRNA-Ile  90.79 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0548087 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0042  tRNA-Ile  90.79 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.359065  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0043  tRNA-Ile  90.79 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.333285 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0028  tRNA-Ile  90.79 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.404313  hitchhiker  0.002006 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0052  tRNA-Ile  90.79 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.307306  normal  0.320522 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0050  tRNA-Ile  90.79 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.356265 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0022  tRNA-Ile  90.79 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0053  tRNA-Ile  90.79 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0035  tRNA-Ile  90.79 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0020  tRNA-Ile  90.79 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0012  tRNA-Ile  90.79 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.430923 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0035  tRNA-Ile  90.79 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.695665 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0021  tRNA-Ile  90.79 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.383429  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0041  tRNA-Ile  90.79 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.018808 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0033  tRNA-Ile  90.79 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.715295 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0001  tRNA-Ile  90.79 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.269179  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00090  tRNA-Ile  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.387136  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0001  tRNA-Ile  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0001  tRNA-Ile  94.74 
 
 		 74 bp  89.7  9e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0441602 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0005  tRNA-Ile  90.28 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.000000353567  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0057  tRNA-Ile  89.47 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.926394 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0019  tRNA-Ile  89.47 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.522587  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0007  tRNA-Ile  89.47 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.367995  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0011  tRNA-Ile  90.28 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.0062166  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0033  tRNA-Ile  89.47 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0026  tRNA-Ile  89.47 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0532408 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0063  tRNA-Ile  89.47 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.809971 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0011  tRNA-Ile  90.28 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.0000846583  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0005  tRNA-Ile  90.28 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.000000168156  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0007  tRNA-Ile  90.28 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.000593812  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0017  tRNA-Ile  90.28 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00000136136  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0058  tRNA-Ile  90.28 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00171421  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14001  tRNA-Ile  89.33 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0001  tRNA-Ile  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0001  tRNA-Ile  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.484512  normal  0.062918 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0001  tRNA-Ile  90 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.826373  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0001  tRNA-Ile  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.226648  normal  0.0173253 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0626  tRNA-Ile  88.89 
 
 		 79 bp  79.8  0.00000000000008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000339545  normal  0.0175706 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0012  tRNA-Ile  88.16 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0001  tRNA-Ile  92.86 
 
 		 74 bp  79.8  0.00000000000008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.429514  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4293  tRNA-Ile  88.89 
 
 		 79 bp  79.8  0.00000000000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000401395  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4265  tRNA-Ile  88.89 
 
 		 79 bp  79.8  0.00000000000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000229393  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0059  tRNA-Ile  88.89 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000373197  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0046  tRNA-Ile  88.89 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000007266  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4204  tRNA-Ile  88.89 
 
 		 79 bp  79.8  0.00000000000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000054398  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tIle01  tRNA-Ile  88.89 
 
 		 80 bp  79.8  0.00000000000008  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tIle02  tRNA-Ile  88.89 
 
 		 80 bp  79.8  0.00000000000008  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0104  tRNA-Ile  88.89 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000615074  normal  0.021037 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0127  tRNA-Ile  88.89 
 
 		 79 bp  79.8  0.00000000000008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000449492  normal  0.0406776 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0468  tRNA-Ile  88.89 
 
 		 79 bp  79.8  0.00000000000008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000056688  normal  0.0165845 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0018  tRNA-Ile  88.16 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0042  tRNA-Ile  88.16 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0003  tRNA-Ile  88.89 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000253245  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0006  tRNA-Ile  88.16 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00293878 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0022  tRNA-Ile  88.16 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0029  tRNA-Ile  88.16 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.125391  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0077  tRNA-Ile  88.16 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.982522 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0084  tRNA-Ile  88.16 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0077  tRNA-Ile  89.55 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000248576  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3573  tRNA-Ile  89.55 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000468269  normal  0.424687 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0289  tRNA-Ile  89.55 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0256101  normal  0.468385 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5291  tRNA-Ile  89.55 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000449228  normal  0.256663 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0273  tRNA-Ile  89.55 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.124539  normal  0.840677 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4344  tRNA-Ile  89.55 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0232585  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0119  tRNA-Ile  89.55 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000630461  hitchhiker  0.0000581532 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0278  tRNA-Ile  89.55 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00714159  normal  0.415657 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4539  tRNA-Ile  89.55 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00250858  hitchhiker  0.00000000000409662 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4375  tRNA-Ile  89.55 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.120949  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4600  tRNA-Ile  89.55 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000666504  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0214  tRNA-Ile  89.55 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00923178  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4268  tRNA-Ile  89.55 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00604993  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0292  tRNA-Ile  89.55 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000120643  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4196  tRNA-Ile  89.55 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0226265  normal  0.767758 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4315  tRNA-Ile  89.55 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0699439  normal  0.201928 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4219  tRNA-Ile  89.55 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00450756  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>