More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tfu_R0001 on replicon NC_007333
Organism: Thermobifida fusca YX



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007333  Tfu_R0001  tRNA-Ile  100 
 
 
74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.429514  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0001  tRNA-Ile  97.3 
 
 
74 bp  131  2.0000000000000002e-29  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.0441602 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0001  tRNA-Ile  93.75 
 
 
74 bp  95.6  1e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0001  tRNA-Ile  93.33 
 
 
74 bp  87.7  3e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0001  tRNA-Ile  93.22 
 
 
77 bp  85.7  0.000000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.826373  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0001  tRNA-Ile  89.19 
 
 
74 bp  83.8  0.000000000000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000000000056497 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0001  tRNA-Ile  89.19 
 
 
74 bp  83.8  0.000000000000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0001  tRNA-Ile  89.19 
 
 
74 bp  83.8  0.000000000000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0001  tRNA-Ile  92.86 
 
 
77 bp  79.8  0.00000000000008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.996709  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0022  tRNA-Ile  91.53 
 
 
77 bp  77.8  0.0000000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.362568  normal  0.10266 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAIleVIMSS1309371  tRNA-Ile  91.53 
 
 
74 bp  77.8  0.0000000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.284723  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0001  tRNA-Ile  90.48 
 
 
74 bp  77.8  0.0000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0037  tRNA-Ile  91.53 
 
 
74 bp  77.8  0.0000000000003  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0042  tRNA-Ile  91.53 
 
 
77 bp  77.8  0.0000000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0006  tRNA-Ile  91.53 
 
 
74 bp  77.8  0.0000000000003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0033  tRNA-Ile  91.53 
 
 
74 bp  77.8  0.0000000000003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0017  tRNA-Ile  91.53 
 
 
74 bp  77.8  0.0000000000003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0314309  normal  0.837845 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0050  tRNA-Ile  91.53 
 
 
74 bp  77.8  0.0000000000003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0043  tRNA-Ile  91.53 
 
 
77 bp  77.8  0.0000000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0208406  normal  0.220068 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0010  tRNA-Ile  91.53 
 
 
74 bp  77.8  0.0000000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0022  tRNA-Ile  91.53 
 
 
77 bp  77.8  0.0000000000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.0000102931  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0033  tRNA-Ile  91.53 
 
 
77 bp  77.8  0.0000000000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00000000982153  normal  0.21977 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0001  tRNA-Ile  91.53 
 
 
74 bp  77.8  0.0000000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0015  tRNA-Ile  91.53 
 
 
77 bp  77.8  0.0000000000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  hitchhiker  0.000549591  normal  0.119153 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0028  tRNA-Ile  91.53 
 
 
77 bp  77.8  0.0000000000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  hitchhiker  0.000471614  decreased coverage  0.000367782 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0028  tRNA-Ile  91.53 
 
 
77 bp  77.8  0.0000000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.568304 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0023  tRNA-Ile  91.53 
 
 
77 bp  77.8  0.0000000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0012  tRNA-Ile  91.53 
 
 
77 bp  77.8  0.0000000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAIleVIMSS1309088  tRNA-Ile  91.53 
 
 
74 bp  77.8  0.0000000000003  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAIleVIMSS1309139  tRNA-Ile  91.53 
 
 
74 bp  77.8  0.0000000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAIleVIMSS1309203  tRNA-Ile  91.53 
 
 
74 bp  77.8  0.0000000000003  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.765225  normal  0.83434 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAIleVIMSS1309281  tRNA-Ile  91.53 
 
 
74 bp  77.8  0.0000000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.126115 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAIleVIMSS1309289  tRNA-Ile  91.53 
 
 
74 bp  77.8  0.0000000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAIleVIMSS1309162  tRNA-Ile  91.53 
 
 
74 bp  77.8  0.0000000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0007  tRNA-Ile  89.83 
 
 
77 bp  69.9  0.00000000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00808178  normal  0.792486 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0001  tRNA-Ile  88.89 
 
 
77 bp  69.9  0.00000000008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00699866 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0031  tRNA-Ile  89.83 
 
 
77 bp  69.9  0.00000000008  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0007  tRNA-Ile  89.83 
 
 
77 bp  69.9  0.00000000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0924996  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0036  tRNA-Ile  89.83 
 
 
77 bp  69.9  0.00000000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.432918  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0052  tRNA-Ile  89.83 
 
 
77 bp  69.9  0.00000000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0051  tRNA-Ile  89.83 
 
 
74 bp  69.9  0.00000000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0054  tRNA-Ile  89.83 
 
 
74 bp  69.9  0.00000000008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.467793  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0042  tRNA-Ile  89.83 
 
 
77 bp  69.9  0.00000000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00111432  normal  0.385328 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0001  tRNA-Ile  88.89 
 
 
74 bp  69.9  0.00000000008  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0026  tRNA-Ile  89.83 
 
 
74 bp  69.9  0.00000000008  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0180152  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0001  tRNA-Ile  88.89 
 
 
74 bp  69.9  0.00000000008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0057  tRNA-Ile  86.49 
 
 
77 bp  67.9  0.0000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00080  tRNA-Ile  86.49 
 
 
74 bp  67.9  0.0000000003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0040  tRNA-Ile  89.29 
 
 
74 bp  63.9  0.000000005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.22275  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1353  tRNA-Ile  89.29 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00031485 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0001  tRNA-Ile  87.3 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00090  tRNA-Ile  85.14 
 
 
77 bp  60  0.00000007  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00170  tRNA-Ile  85.14 
 
 
74 bp  60  0.00000007  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00061  tRNA-Ile  87.72 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0509967  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00071  tRNA-Ile  87.72 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0100739  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0077  tRNA-Ile  87.72 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000248576  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0102  tRNA-Ile  87.72 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00845186  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t003  tRNA-Ile  87.72 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t064  tRNA-Ile  87.72 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t096  tRNA-Ile  87.72 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0626  tRNA-Ile  87.72 
 
 
79 bp  58  0.0000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000339545  normal  0.0175706 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5092  tRNA-Ile  87.72 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000866499  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0092  tRNA-Ile  87.72 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00539323  decreased coverage  0.00141538 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0157  tRNA-Ile  87.72 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.131945  hitchhiker  0.00000102805 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0036  tRNA-Ile  87.72 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0271306  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0104  tRNA-Ile  87.72 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000615074  normal  0.021037 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0468  tRNA-Ile  87.72 
 
 
79 bp  58  0.0000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000056688  normal  0.0165845 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0011  tRNA-Ile  87.72 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00277001  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0025  tRNA-Ile  87.72 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0513291  unclonable  0.00000384252 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0037  tRNA-Ile  87.72 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000489104  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0044  tRNA-Ile  87.72 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0477159  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0052  tRNA-Ile  87.72 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000626175  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0008  tRNA-Ile  87.72 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0289136  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0118  tRNA-Ile  87.72 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000845195  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0127  tRNA-Ile  87.72 
 
 
79 bp  58  0.0000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000449492  normal  0.0406776 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0093  tRNA-Ile  87.72 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.879368  normal  0.134634 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0008  tRNA-Ile  87.72 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0314854  hitchhiker  0.00756038 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0175  tRNA-Ile  87.72 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0770081  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tIle01  tRNA-Ile  87.72 
 
 
80 bp  58  0.0000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tIle02  tRNA-Ile  87.72 
 
 
80 bp  58  0.0000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0008  tRNA-Ile  87.72 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000331872  normal  0.303515 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0072  tRNA-Ile  87.72 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0376486  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0008  tRNA-Ile  87.72 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.160787  hitchhiker  0.00984378 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0103  tRNA-Ile  87.72 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00507683  decreased coverage  0.00339417 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5077  tRNA-Ile  87.72 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000584569  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0070  tRNA-Ile  87.72 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000447214  normal  0.107395 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0135  tRNA-Ile  87.72 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000335927  normal  0.0144188 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0051  tRNA-Ile  87.72 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00698245  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0011  tRNA-Ile  87.72 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0129022  hitchhiker  0.000473278 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0085  tRNA-Ile  87.72 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0425046  normal  0.137972 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0016  tRNA-Ile  87.72 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00171399  hitchhiker  0.0041284 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0007  tRNA-Ile  87.72 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.000593812  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0017  tRNA-Ile  87.72 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00000136136  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0058  tRNA-Ile  87.72 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00171421  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0032  tRNA-Ile  87.72 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000441039  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0009  tRNA-Ile  87.72 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0154814  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0072  tRNA-Ile  87.72 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0761618  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0137  tRNA-Ile  87.72 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000306582  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0002  tRNA-Ile  87.72 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0365419  normal  0.118397 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0084  tRNA-Ile  87.72 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0017286  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>