149 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shel_08630 on replicon NC_013165
Organism: Slackia heliotrinireducens DSM 20476



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013165  Shel_08630  tRNA-Thr  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.000000480255  hitchhiker  0.000000163212 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09730  tRNA-Thr  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  decreased coverage  0.0000000907355  hitchhiker  0.0000119481 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0038  tRNA-Thr  94.74 
 
 
76 bp  119  9.999999999999999e-26  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.000000000920806  hitchhiker  0.00000030744 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0014  tRNA-Thr  95.08 
 
 
76 bp  97.6  4e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000000293663  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0045  tRNA-Thr  91.43 
 
 
76 bp  91.7  2e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0775671  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Thr-2  tRNA-Thr  93.1 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.00332161  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0061  tRNA-Thr  93.1 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00680264  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0016  tRNA-Thr  89.86 
 
 
76 bp  81.8  0.00000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.35256e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1871  tRNA-Thr  89.86 
 
 
76 bp  81.8  0.00000000000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0184728  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0317  tRNA-Thr  89.86 
 
 
76 bp  81.8  0.00000000000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000144022  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0017  tRNA-Thr  88.16 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.79728  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0046  tRNA-Thr  88.89 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.000000374178  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0015  tRNA-Thr  91.67 
 
 
73 bp  79.8  0.00000000000008  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000146334  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t10  tRNA-Thr  91.38 
 
 
73 bp  75.8  0.000000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.0000121578  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0005  tRNA-Thr  91.38 
 
 
73 bp  75.8  0.000000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.134807  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0021  tRNA-Thr  88.57 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0225545  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0054  tRNA-Thr  91.38 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000041401  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0035  tRNA-Thr  91.38 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0436953  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0039  tRNA-Thr  91.38 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000296877  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0016  tRNA-Thr  91.38 
 
 
73 bp  75.8  0.000000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.0000000825993  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0017  tRNA-Thr  91.38 
 
 
73 bp  75.8  0.000000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000663854  decreased coverage  0.0000968931 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0012  tRNA-Thr  91.38 
 
 
73 bp  75.8  0.000000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000200408  hitchhiker  0.00313302 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0057  tRNA-Thr  88.57 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0310  tRNA-Thr  88.41 
 
 
76 bp  73.8  0.000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  hitchhiker  0.00278593  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0048  tRNA-Thr  90.16 
 
 
76 bp  73.8  0.000000000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.397818  normal  0.996159 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0042  tRNA-Thr  87.67 
 
 
73 bp  73.8  0.000000000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0209686  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0013  tRNA-Thr  90.16 
 
 
76 bp  73.8  0.000000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000145689  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0006  tRNA-Thr  88.41 
 
 
76 bp  73.8  0.000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.000288516  hitchhiker  0.0000067546 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t07  tRNA-Thr  89.66 
 
 
73 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.000225857  unclonable  0.000000193462 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0070  tRNA-Thr  89.66 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0016  tRNA-Thr  89.66 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000237824  normal  0.0237533 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0019  tRNA-Thr  89.66 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0144795  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0084  tRNA-Thr  89.66 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.0000286992  normal  0.992402 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Thr-2  tRNA-Thr  86.96 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0007  tRNA-Thr  86.96 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.22668  hitchhiker  0.0000658151 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0065  tRNA-Thr  86.96 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00337548 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0010  tRNA-Thr  86.96 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0535352  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0026  tRNA-Thr  86.96 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0042  tRNA-Thr  89.29 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000011183  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0012  tRNA-Thr  88.14 
 
 
75 bp  61.9  0.00000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000603563  normal  0.0893983 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0006  tRNA-Thr  90.2 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0000228394  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0054  tRNA-Thr  90.2 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000720671  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA67  tRNA-Thr  87.93 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.0000000105718  normal  0.63081 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R87  tRNA-Thr  87.93 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000233692  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0025  tRNA-Thr  87.93 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0022  tRNA-Thr  87.93 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.0000255037  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08670  tRNA-Thr  87.93 
 
 
73 bp  60  0.00000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000482106  hitchhiker  0.000524894 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0033  tRNA-Thr  87.93 
 
 
73 bp  60  0.00000008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60040  tRNA-Thr  87.93 
 
 
73 bp  60  0.00000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.909692  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0025  tRNA-Thr  87.93 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.821281  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0821  tRNA-Thr  87.93 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0929777  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0020  tRNA-Thr  89.8 
 
 
76 bp  58  0.0000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000000441917  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0013  tRNA-Thr  92.68 
 
 
76 bp  58  0.0000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000480722  hitchhiker  0.0000885703 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0020  tRNA-Thr  86.11 
 
 
78 bp  58  0.0000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000056123  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0023  tRNA-Thr  87.72 
 
 
78 bp  58  0.0000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000013952  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0054  tRNA-Thr  88.46 
 
 
76 bp  56  0.000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0389191  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0008  tRNA-Thr  87.5 
 
 
73 bp  56  0.000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000079978  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t101  tRNA-Thr  92.31 
 
 
76 bp  54  0.000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t07  tRNA-Thr  88.24 
 
 
76 bp  54  0.000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.222466  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0010  tRNA-Thr  88.24 
 
 
76 bp  54  0.000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000114274  hitchhiker  0.00000872087 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0133  tRNA-Thr  92.31 
 
 
76 bp  54  0.000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000850923  normal  0.0129533 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0025  tRNA-Thr  92.31 
 
 
76 bp  54  0.000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000750128  normal  0.0484618 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0131  tRNA-Thr  92.31 
 
 
76 bp  54  0.000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000204709  normal  0.0765104 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0028  tRNA-Thr  92.31 
 
 
76 bp  54  0.000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.851168  unclonable  0.00000739307 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0013  tRNA-Thr  92.31 
 
 
76 bp  54  0.000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0113  tRNA-Thr  92.31 
 
 
76 bp  54  0.000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0429315  hitchhiker  0.00021617 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0025  tRNA-Thr  88.24 
 
 
76 bp  54  0.000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000257059  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0088  tRNA-Thr  88.24 
 
 
76 bp  54  0.000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000142546  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0014  tRNA-Thr  92.31 
 
 
76 bp  54  0.000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.796812  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0029  tRNA-Thr  86.44 
 
 
75 bp  54  0.000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.217954 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2070  tRNA-Thr  92.31 
 
 
76 bp  54  0.000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t064  tRNA-Thr  92.31 
 
 
76 bp  54  0.000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0492871  hitchhiker  0.000000924528 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0002  tRNA-Thr  90.7 
 
 
76 bp  54  0.000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.397812 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0024  tRNA-Thr  92.31 
 
 
76 bp  54  0.000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna090  tRNA-Thr  92.31 
 
 
76 bp  54  0.000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00922026  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03611  tRNA-Thr  92.31 
 
 
73 bp  54  0.000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0018  tRNA-Thr  92.31 
 
 
76 bp  54  0.000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000105771  hitchhiker  0.00192537 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0022  tRNA-Thr  92.31 
 
 
76 bp  54  0.000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0029  tRNA-Thr  92.31 
 
 
76 bp  54  0.000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000467647 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0145  tRNA-Thr  92.31 
 
 
76 bp  54  0.000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0524672  hitchhiker  0.000341805 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0032  tRNA-Thr  90 
 
 
72 bp  52  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.387211 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5648  tRNA-Thr  86.21 
 
 
73 bp  52  0.00002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.0000000502297  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Thr-5  tRNA-Thr  86.21 
 
 
76 bp  52  0.00002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00000000184905  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Thr-3  tRNA-Thr  86.21 
 
 
76 bp  52  0.00002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000633532  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Thr-3  tRNA-Thr  86.21 
 
 
76 bp  52  0.00002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000000222462  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Thr-1  tRNA-Thr  86.21 
 
 
73 bp  52  0.00002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000186681  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0019  tRNA-Thr  90.48 
 
 
76 bp  52  0.00002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0030  tRNA-Thr  86.21 
 
 
76 bp  52  0.00002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5651  tRNA-Thr  86.21 
 
 
76 bp  52  0.00002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.0000701056  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0168  tRNA-Thr  86.21 
 
 
76 bp  52  0.00002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00852327 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0067  tRNA-Thr  86.21 
 
 
76 bp  52  0.00002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.689375  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0034  tRNA-Thr  86.21 
 
 
73 bp  52  0.00002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000453984  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0052  tRNA-Thr  90.48 
 
 
76 bp  52  0.00002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.00000000201025  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0052  tRNA-Thr  90.48 
 
 
76 bp  52  0.00002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  decreased coverage  0.000000000609044  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna6  tRNA-Thr  90.48 
 
 
76 bp  52  0.00002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.349793  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0189  tRNA-Thr  86.21 
 
 
76 bp  52  0.00002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.00000000579129  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0017  tRNA-Thr  90.48 
 
 
76 bp  52  0.00002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000000115919  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0003  tRNA-Thr  87.76 
 
 
76 bp  50.1  0.00007  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000292995  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1198  tRNA-Thr  90.24 
 
 
76 bp  50.1  0.00007  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0055  tRNA-Thr  85.96 
 
 
76 bp  50.1  0.00007  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000011398  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>