121 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xfasm12_R0014 on replicon NC_010513
Organism: Xylella fastidiosa M12



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010513  Xfasm12_R0014  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0014  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.580851  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0064  tRNA-Ala  96.55 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.805533 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0015  tRNA-Ala  91.43 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0019  tRNA-Ala  91.43 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.189321  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1917  tRNA-Ala  91.43 
 
 		 78 bp  91.7  2e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t40  tRNA-Ala  93.33 
 
 		 73 bp  87.7  3e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0034  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000924303  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0011    94.44 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4339  tRNA-Ala  90 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.838936  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0001  tRNA-Ala  94.44 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.272552  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0015  tRNA-Ala  90 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0002  tRNA-Ala  94.44 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0019  tRNA-Ala  94.44 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0012  tRNA-Ala  94.44 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0046  tRNA-Ala  90 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0016  tRNA-Ala  90 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.703833  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0004  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0003  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0061  tRNA-Ala  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0011  tRNA-Ala  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0064  tRNA-Ala  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0019  tRNA-Ala  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0065  tRNA-Ala  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0060  tRNA-Ala  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.367412  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0049  tRNA-Ala  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0004  tRNA-Ala  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0057  tRNA-Ala  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0054  tRNA-Ala  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.127331  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0002  tRNA-Ala  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0029  tRNA-Ala  95.35 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000441768  normal  0.0859577 
 
 
-
 
NC_003295  RS02400  tRNA-Ala  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Ala-6  tRNA-Ala  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0958058  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0052  tRNA-Ala  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0037  tRNA-Ala  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0049  tRNA-Ala  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.695027  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0001  tRNA-Ala  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.599986  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0002  tRNA-Thr  91.38 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0189454  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0001  tRNA-Thr  91.38 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00463461  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0028  tRNA-Ala  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.324355 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0067  tRNA-Ala  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.840487  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0006  tRNA-Ala  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0006  tRNA-Ala  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0020  tRNA-Ala  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0587495  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1746  tRNA-Ala  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3815  tRNA-Ala  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.216793  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3896  tRNA-Ala  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.998129  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3180  tRNA-Ala  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA3  tRNA-Ala  90.74 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2353  tRNA-Ala  87.14 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0003  tRNA-Ala  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.245807  unclonable  0.00000000000471702 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0032  tRNA-Ala  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.201714 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0006  tRNA-Ala  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.829579  hitchhiker  0.00518184 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0053  tRNA-Thr  91.38 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0006  tRNA-Ala  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00470986 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0023  tRNA-Ala  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0007  tRNA-Ala  90.74 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0038  tRNA-Ala  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.644125  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0044  tRNA-Ala  91.84 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.331518  normal  0.880519 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0014  tRNA-Ala  88.33 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0080  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.190883 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0022  tRNA-Ala  88.33 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0006  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.572136 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0002  tRNA-Ala  88.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0001  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0015  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.131204  normal  0.298264 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA52  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.927106 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0004  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0108141  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0028  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0060  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0048  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0971605  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0051  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0870511  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0038  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.559626  normal  0.321441 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4318  tRNA-Thr  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0045  tRNA-Thr  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0302111  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0035  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.221378 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0008  tRNA-Thr  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0042  tRNA-Thr  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.535307  normal  0.22955 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0053  tRNA-Ala  88.24 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000600525 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0017  tRNA-Ala  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0049  tRNA-Ala  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0003  tRNA-Ala  86.54 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.10591  normal  0.264536 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0018  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00221415  normal  0.014977 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_R0012  tRNA-Asn  100 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.571236  normal  0.0197692 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0041  tRNA-Gly  100 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.126738  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0024  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.9344  normal  0.172928 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0019  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0068  tRNA-Ala  86.54 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.240621  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0056  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0055  tRNA-Ala  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0056  tRNA-Ala  86.27 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000000109894  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0776  tRNA-Val  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.522118  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0017  tRNA-Thr  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.395224  normal  0.856918 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0010  tRNA-Ala  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.172147  normal  0.574925 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0055  tRNA-Thr  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0054  tRNA-Ala  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  unclonable  0.00000000000000229051  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0043  tRNA-Ala  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0054  tRNA-Ala  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0049  tRNA-Ala  86.27 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.576972  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0058  tRNA-Ala  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000131227  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>