129 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_R0018 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_R0018  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00221415  normal  0.014977 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0008  tRNA-Gly  98.65 
 
 		 76 bp  139  1e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.626696 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tGly02  tRNA-Gly  97.14 
 
 		 79 bp  123  6e-27  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.73255 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0049  tRNA-Gly  91.78 
 
 		 73 bp  97.6  4e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.119188  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0036  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.000000263314  normal  0.463641 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0001  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0654082  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0036  tRNA-Gly  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0027  tRNA-Gly  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0044  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000000615289  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0050  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0012  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000114825  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0012  tRNA-Gly  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000030086  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0012  tRNA-Gly  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0006  tRNA-Gly  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0048  tRNA-Gly  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.950011  normal  0.193267 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0019  tRNA-Gly  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000527729  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0015  tRNA-Gly  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000000209319  hitchhiker  0.00483772 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07725  tRNA-Gly  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0021  tRNA-Gly  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0033  tRNA-Gly  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.228268  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0010  tRNA-Gly  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00274853 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0041  tRNA-Gly  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.297349  decreased coverage  0.00434413 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0061  tRNA-Gly  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.677288 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0062  tRNA-Gly  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.669958  normal  0.100128 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0044  tRNA-Gly  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0036  tRNA-Gly  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0596569  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0032  tRNA-Gly  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0014  tRNA-Gly  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t44  tRNA-Gly  85.14 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0414415  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0035  tRNA-Gly  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.835014  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Gly-3  tRNA-Gly  96.97 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.0000000732945  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0021  tRNA-Gly  85.51 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0839387  normal  0.279946 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0006  tRNA-Gly  84.93 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0216519  normal  0.996112 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0043  tRNA-Gly  85.51 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0285317  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1222  tRNA-Gly  96.97 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0686417  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0042  tRNA-Gly  84.93 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.0000364982  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0012  tRNA-Gly  85.51 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.46554  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0036  tRNA-Gly  85.51 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0041  tRNA-Gly  96.97 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.202401  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0052  tRNA-Gly  84.93 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000000000202976  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0056  tRNA-Gly  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00797069  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0057  tRNA-Gly  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000972569  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0056  tRNA-Gly  84.72 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0032  tRNA-Gly  96.88 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.0192134 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0085  tRNA-Gly  96.88 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0038  tRNA-Gly  96.88 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0038  tRNA-Gly  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.236319  normal  0.351853 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0039  tRNA-Gly  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.169853  normal  0.361721 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0056  tRNA-Gly  96.88 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000000515386  normal  0.717167 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0040  tRNA-Gly  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000755503 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0042  tRNA-Gly  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00034055 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0059  tRNA-Gly  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000102319 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0048  tRNA-Gly  84 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000333522  normal  0.379894 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0019  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0053  tRNA-Gly  86.21 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  unclonable  0.00000000638306  hitchhiker  0.00279768 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_R0100  tRNA-Gly  85.14 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.682719 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0022  tRNA-Gly  84.06 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0025  tRNA-Gly  84.42 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.42192  normal  0.527647 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0039  tRNA-Gly  83.56 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0021  tRNA-Gly  84.06 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.713807  normal  0.0150575 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0028  tRNA-Gly  84.06 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0028  tRNA-Gly  84.06 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.763177  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0007  tRNA-Gly  84.42 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000198503  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_10740  tRNA-Gly  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  hitchhiker  0.0089339  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0041  tRNA-Gly  84.06 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.126738  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Gly-2  tRNA-Gly  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.051021  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Gly-3  tRNA-Gly  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0495451  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0038  tRNA-Gly  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_BR0068  tRNA-Gly  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00512241  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2881  tRNA-Gly  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2882  tRNA-Gly  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0005  tRNA-Gly  93.75 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.000151844  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1741  tRNA-Gly  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0350949  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1742  tRNA-Gly  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0559851  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0039  tRNA-Gly  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00658177  decreased coverage  0.00000286482 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0019  tRNA-Gly  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0732423  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0020  tRNA-Gly  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.112784  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0021  tRNA-Gly  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.168076  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0036  tRNA-Gly  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000574217  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0037  tRNA-Gly  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000566615  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0033  tRNA-Gly  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.100821  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0034  tRNA-Gly  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.205379  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2454  tRNA-Gly  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.880044  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2826  tRNA-Gly  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0217259  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2827  tRNA-Gly  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0128974  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2766  tRNA-Gly  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0786611  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2767  tRNA-Gly  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0513521  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2826  tRNA-Gly  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2827  tRNA-Gly  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1777  tRNA-Gly  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  decreased coverage  0.00314954  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0049  tRNA-Gly  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00162631  normal  0.347035 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0050  tRNA-Gly  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00077941  normal  0.344918 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0014  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0036  tRNA-Gly  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.279853  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0037  tRNA-Gly  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.211481  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0014  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.580851  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0062  tRNA-Gly  93.75 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0000000167826  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0005  tRNA-Gly  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0281079  normal  0.0361726 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0025  tRNA-Gly  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0068  tRNA-Gly  93.75 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00365529  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>