127 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Afer_R0049 on replicon NC_013124
Organism: Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013124  Afer_R0049  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0016  tRNA-Ala  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  hitchhiker  0.000587124  normal  0.11774 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0027  tRNA-Ala  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  hitchhiker  0.000535173  decreased coverage  0.000361063 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0031  tRNA-Ala  85.33 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0047  tRNA-Pro  89.66 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0047  tRNA-Pro  89.66 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna13  tRNA-Pro  89.66 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0109171  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0062  tRNA-Pro  89.66 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000001951  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0063  tRNA-Pro  89.66 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000000171942  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RS00236  tRNA-Pro  86.96 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000000448409  normal  0.197612 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Pro-5  tRNA-Pro  86.96 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.110378  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0048  tRNA-Pro  86.96 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0424708  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3525  tRNA-Pro  86.96 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.824024  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0030  tRNA-Pro  86.96 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000000217063  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1138  tRNA-Pro  86.96 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0042  tRNA-Pro  86.96 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0325324  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0005  tRNA-Pro  86.96 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.3872  normal  0.797255 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0069  tRNA-Pro  86.96 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0515498  normal  0.451043 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0049  tRNA-Pro  86.96 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.27479  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0005  tRNA-Pro  86.96 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0000000494404  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0022  tRNA-Pro  86.96 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00000000372763  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0021  tRNA-Pro  86.96 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000673649  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0038  tRNA-Pro  86.96 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0047  tRNA-Pro  86.96 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0004  tRNA-Pro  86.96 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.640257 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0448  tRNA-Pro  86.96 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0052  tRNA-Pro  86.96 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0227827 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0031  tRNA-Pro  86.96 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0236365 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1307  tRNA-Pro  86.96 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.724115  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3492  tRNA-Pro  86.96 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3528  tRNA-Pro  86.96 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.561103  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3256  tRNA-Pro  86.96 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0087  tRNA-Pro  86.96 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.13531  normal  0.263782 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0064  tRNA-Pro  86.96 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00000117947  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0022  tRNA-Pro  86.96 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000000997774  normal  0.0266859 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0051  tRNA-Pro  86.96 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000728267 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0022  tRNA-Pro  86.96 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00000000810765  normal  0.522992 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0065  tRNA-Pro  86.96 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.0071534  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0049  tRNA-Pro  86.96 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00324423  hitchhiker  0.00377548 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0040  tRNA-Pro  86.96 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.438768  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0004  tRNA-Pro  86.96 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0031  tRNA-Ala  100 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.0723333  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0050  tRNA-Ala  84 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000486604  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0037  tRNA-Ala  84 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.386213  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0040  tRNA-Ala  84 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0011  tRNA-Ala  84 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0613646 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0040  tRNA-Val  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.184579  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0004  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0029  tRNA-Ala  87.04 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.978783  normal  0.786802 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t0282  tRNA-Pro  93.94 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000340373  hitchhiker  0.0000247007 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0010  tRNA-Pro  85.51 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0324459 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0033  tRNA-Ala  93.94 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0043  tRNA-His  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.925316 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0043  tRNA-Ala  91.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0035  tRNA-Pro  85.25 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000987265  normal  0.0118441 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0034  tRNA-Pro  85.25 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00129809  normal  0.24129 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0032  tRNA-OTHER  96.43 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0039  tRNA-Ala  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.980011 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0001  tRNA-Ala  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.599986  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0025  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00000151787  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0014  tRNA-Ala  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0014  tRNA-Ala  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.580851  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ala-2  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ala-3  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.238742  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0023  tRNA-His  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0064  tRNA-Ala  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0011    86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0013  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0119522  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0044  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.541664  hitchhiker  0.000000158432 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0052  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0021  tRNA-His  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.203803 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0001  tRNA-Ala  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.272552  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0002  tRNA-Ala  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0019  tRNA-Ala  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0012  tRNA-Ala  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0065  tRNA-Ala  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28660  tRNA-His  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.0457487 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0055  tRNA-Ala  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0015  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0358184  normal  0.634668 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0049  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000677236  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0024  tRNA-His  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_R0010  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 72 bp  46.1  0.001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  decreased coverage  0.000307763  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA3  tRNA-Ala  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0025  tRNA-Ala  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000185989  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0048  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000863907  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0074  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0047  tRNA-His  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.627276  normal  0.0396091 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_R0051  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 72 bp  46.1  0.001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0013  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0016  tRNA-Gly  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.867595  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0032  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0119257  normal  0.670174 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0013  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0048  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0106217  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0007  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0023  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0007  tRNA-Ala  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0054  tRNA-Ala  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.127331  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0028  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000264916  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0034  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0008  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>