171 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dret_R0039 on replicon NC_013223
Organism: Desulfohalobium retbaense DSM 5692



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013223  Dret_R0039  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.980011 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0080  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.190883 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_04940  tRNA-Ala  91.43 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.669042  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ala-1  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.285591  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0011  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0001  tRNA-Ala  90 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.599986  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0068  tRNA-Ala  94.23 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.240621  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3144  tRNA-Ala  91.53 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0034  tRNA-Ala  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000924303  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0035  tRNA-Ala  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.221378 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0015  tRNA-Ala  90.16 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0019  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.189321  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0029  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000441768  normal  0.0859577 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0007  tRNA-Ala  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA3  tRNA-Ala  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0064  tRNA-Ala  90.74 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna12  tRNA-Ala  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.562773  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0065  tRNA-Ala  90.74 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0061  tRNA-Ala  90.74 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0031  tRNA-Ala  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.488566  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0057  tRNA-Ala  90.74 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0054  tRNA-Ala  90.74 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.127331  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0049  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.695027  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4339  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.838936  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0050  tRNA-Ala  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000486604  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0003  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0068  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.781599  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0015  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0046  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0016  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.703833  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0029  tRNA-Ala  90.38 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.978783  normal  0.786802 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0060  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0002  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000366023  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1917  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t40  tRNA-Ala  87.72 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0019  tRNA-Ala  86.89 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0007  tRNA-Ala  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.110552  normal  0.490785 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0060  tRNA-Ala  86.89 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.367412  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0004  tRNA-Ala  86.89 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0049  tRNA-Ala  86.89 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0045  tRNA-Ala  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0027  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.987879  normal  0.104292 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0048  tRNA-Ala  88.46 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0025  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00000151787  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0025  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000185989  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0004  tRNA-Ala  96.88 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0022  tRNA-Ala  87.27 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0006  tRNA-Ala  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00470986 
 
 
-
 
NC_003295  RS02400  tRNA-Ala  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Ala-6  tRNA-Ala  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0958058  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0052  tRNA-Ala  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0011    87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0037  tRNA-Ala  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0003  tRNA-Ala  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.245807  unclonable  0.00000000000471702 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0014  tRNA-Ala  87.27 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0038  tRNA-Ala  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.644125  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0001  tRNA-Ala  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.272552  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0002  tRNA-Ala  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0006  tRNA-Ala  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.829579  hitchhiker  0.00518184 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0002  tRNA-Ala  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0019  tRNA-Ala  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0023  tRNA-Ala  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0012  tRNA-Ala  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0028  tRNA-Ala  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.324355 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0067  tRNA-Ala  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.840487  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0006  tRNA-Ala  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0006  tRNA-Ala  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0020  tRNA-Ala  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0587495  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1746  tRNA-Ala  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3815  tRNA-Ala  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.216793  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3896  tRNA-Ala  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.998129  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3180  tRNA-Ala  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2353  tRNA-Ala  87.27 
 
 		 78 bp  54  0.000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_R0012  tRNA-Ala  90.48 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.147828 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_R0033  tRNA-Ala  90.48 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_R0061  tRNA-Ala  90.48 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.060287  hitchhiker  0.000000000381707 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0003  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0022  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0054  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0077  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_R0002  tRNA-Ala  90.24 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_R0026  tRNA-Ala  90.24 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.789038  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_R0067  tRNA-Ala  90.24 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_R0071  tRNA-Ala  90.24 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0007  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00291536 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0023  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0030  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.284622  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0076  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.989277 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0083  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0035  tRNA-Pro  87.76 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000987265  normal  0.0118441 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0034  tRNA-Pro  87.76 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00129809  normal  0.24129 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0013  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.206331  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0033  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0027  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0066  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00138372  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Ala-3  tRNA-Ala  86.54 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.05432  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0003  tRNA-Gly  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0055  tRNA-Ala  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.105758  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0017  tRNA-Ala  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0011  tRNA-Ala  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>