More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpet_R0048 on replicon NC_009486
Organism: Thermotoga petrophila RKU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010483  TRQ2_R0048  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0106217  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0048  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000863907  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0010  tRNA-Gly  97.37 
 
 		 75 bp  127  4.0000000000000003e-28  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0030  tRNA-Gly  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.121021  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0064  tRNA-Gly  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000325658  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0010  tRNA-Gly  97.37 
 
 		 75 bp  127  4.0000000000000003e-28  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0003  tRNA-Gly  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000160282  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0026  tRNA-Gly  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.223483  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0055  tRNA-Gly  92.11 
 
 		 75 bp  95.6  1e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0000000930206  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0002  tRNA-Gly  94.92 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00924229  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0002  tRNA-Gly  92.54 
 
 		 73 bp  93.7  5e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.14234  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0007  tRNA-Gly  90.91 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000198503  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0050  tRNA-Gly  91.3 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.0000158922  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0005  tRNA-Gly  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0045  tRNA-Gly  90.79 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.102714  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0003  tRNA-Gly  90.79 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0015  tRNA-Gly  90.79 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000158444  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0002  tRNA-Gly  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.367155  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11980  tRNA-Gly  91.04 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.0000114191  normal  0.102019 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0024  tRNA-Gly  89.33 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  unclonable  0.00000000390894  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11950  tRNA-Gly  91.04 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.0000172827  normal  0.0993064 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0034  tRNA-Gly  90.77 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0003  tRNA-Gly  89.86 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0025  tRNA-Gly  89.61 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.42192  normal  0.527647 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0003  tRNA-Gly  89.86 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0003  tRNA-Gly  89.86 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0035  tRNA-Gly  90.62 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0028  tRNA-Gly  89.47 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00000319369  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0008  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.142347  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0004  tRNA-Gly  89.47 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.679327 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0030  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.218808 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0021  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000020571  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0024  tRNA-Gly  90.62 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.129235  normal  0.301569 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0054  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0271354  normal  0.903317 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0021  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.00000000000904393  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0019  tRNA-Gly  89.55 
 
 		 73 bp  77.8  0.0000000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0028  tRNA-Gly  89.55 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.000000469989  normal  0.0212427 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0026  tRNA-Gly  89.55 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000000390133  normal  0.0221224 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07190  tRNA-Gly  89.55 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  decreased coverage  0.00000170104  normal  0.886703 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0050  tRNA-Gly  91.38 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07693  tRNA-Gly  91.38 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0027  tRNA-Gly  89.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0011  tRNA-Gly  88.31 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.0000000446743  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0039  tRNA-Gly  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.936837  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0058  tRNA-Gly  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0027  tRNA-Gly  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00000174629  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0034  tRNA-Gly  89.06 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.793072  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0060  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.312952  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Gly-1  tRNA-Gly  90 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.0000588237  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Gly-4  tRNA-Gly  90 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0040  tRNA-Gly  89.06 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0053459  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAt08  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.711822  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAt09  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.745225  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0040  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0471615  normal  0.863144 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0039  tRNA-Gly  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.265352  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0008  tRNA-Gly  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0024  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.113773  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0028  tRNA-Gly  89.06 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0030  tRNA-Gly  89.06 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0001    88.16 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0451223 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0043  tRNA-Gly  89.06 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00050261  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0005  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.118248  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0052  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.165358 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0028  tRNA-Gly  89.06 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.179764  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0004  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.54255  normal  0.0153905 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0058  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0014  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.854137  normal  0.0928806 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0001  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0015  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.409791  hitchhiker  0.00133566 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0036  tRNA-Gly  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0596569  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0059  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.07343  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0063  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.333603 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0055  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.9646 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0052  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0037  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0045  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.471231 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0046  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0054  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0060  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.18005  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0031  tRNA-Gly  89.06 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000337509 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0054  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.290496  normal  0.747562 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0060  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.766632 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0033  tRNA-Gly  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.228268  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0061  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.638683  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA4  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.489059 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0959  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0024  tRNA-Gly  88.06 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000411365 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0037  tRNA-Gly  88.06 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.434121  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0032  tRNA-Gly  88.06 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000809268 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0083  tRNA-Gly  91.53 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00487262  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0027  tRNA-Gly  88.06 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000425018 
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0028  tRNA-Gly  92.16 
 
 		 72 bp  69.9  0.00000000008  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  decreased coverage  0.000877648  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0177  tRNA-Gly  92.16 
 
 		 72 bp  69.9  0.00000000008  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0034  tRNA-Gly  88.06 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.371143  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0037  tRNA-Gly  88.06 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.382457  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0035  tRNA-Gly  88.06 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000926277 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0025  tRNA-Gly  88.06 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.627551 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0028  tRNA-Gly  88.06 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.584066 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13850  tRNA-Gly  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.15127  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0038  tRNA-Gly  87.88 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0499148  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>