219 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_R0037 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009523  RoseRS_R0037  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.386213  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0040  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0011  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0613646 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0031  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0035  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0034  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000924303  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0001  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1917  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 78 bp  87.7  3e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0022  tRNA-Ala  90 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.734931  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t40  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0057  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.328689 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0066  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0039  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0255364 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0046  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.137197 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0062  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.170997  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0034  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.884899  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0061  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.284612  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0063  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0038  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.59206  normal  0.592226 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0057  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0019  tRNA-Ala  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.189321  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0034  tRNA-Ala  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00540131 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0030  tRNA-Ala  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.546773  normal  0.473005 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0049  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.566617 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0019  tRNA-Ala  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000122889  normal  0.598483 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4339  tRNA-Ala  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.838936  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0068  tRNA-Ala  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.781599  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0015  tRNA-Ala  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0010  tRNA-Ala  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0964882  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0027  tRNA-Ala  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.987879  normal  0.104292 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0011  tRNA-Ala  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0046  tRNA-Ala  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0016  tRNA-Ala  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.703833  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0002  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0014  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000564752  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0036  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.274154  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0041  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0030  tRNA-Ala  85.51 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000491237  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0054  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0019  tRNA-Ala  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0037  tRNA-Ala  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0008  tRNA-Ala  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.52636  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0008  tRNA-Ala  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0607736  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0008  tRNA-Ala  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.142528  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0060  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0047  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00354694  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0035  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.221378 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0007  tRNA-Ala  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.682382  normal  0.836798 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0044  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.521013  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0038  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.559626  normal  0.321441 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0051  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0870511  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0114  tRNA-Ala  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000000837994  normal  0.210709 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ala-2  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ala-3  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.238742  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0023  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ala-2  tRNA-Ala  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0318084  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0010  tRNA-Ala  85.33 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.159849 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0013  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0119522  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0064  tRNA-Ala  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.805533 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0044  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.541664  hitchhiker  0.000000158432 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0052  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0085  tRNA-Ala  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000688408  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0023  tRNA-Ala  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0142272 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0103  tRNA-Ala  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0320244  normal  0.194371 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0007  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0028  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000264916  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0032  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0119257  normal  0.670174 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0049  tRNA-Ala  84 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0015  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0358184  normal  0.634668 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0049  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000677236  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0013  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0044  tRNA-Ala  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00000237327  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0013  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0071  tRNA-Ala  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000197346  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0047  tRNA-Ala  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.119582  normal  0.2002 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0035  tRNA-Ala  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000000225526  normal  0.205533 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0040  tRNA-Ala  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000000974841  normal  0.888378 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0048  tRNA-Ala  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00170622  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0051  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.128011  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0056  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0031  tRNA-Ala  86.21 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0170329  normal  0.236609 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0002  tRNA-Ala  84.29 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0045  tRNA-Ala  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0025  tRNA-Ala  84.29 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.03724  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0020  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0009  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.292395  normal  0.689631 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0071  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0014  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0213488  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0072  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.821542  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0061  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0056  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0034  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000978021  normal  0.113899 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0023  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00683735  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0034  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0822071  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0067  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00925323  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0035  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.304574  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0020  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.18478  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0017  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0394632  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0046  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0034  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>