More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spea_R0071 on replicon NC_009901
Organism: Shewanella pealeana ATCC 700345



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009901  Spea_R0071  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000197346  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0035  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000000225526  normal  0.205533 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0047  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.119582  normal  0.2002 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0023  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0142272 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0085  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000688408  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0048  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00170622  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0114  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000000837994  normal  0.210709 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0040  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000000974841  normal  0.888378 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0103  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0320244  normal  0.194371 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0044  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00000237327  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0037  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000000412611  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0069  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0030  tRNA-Ala  97.1 
 
 		 76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000491237  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0076  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0810771  normal  0.223627 
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Ala-4  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2090  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.864431  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1766  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Ala-1  tRNA-Ala  92.54 
 
 		 73 bp  93.7  5e-18  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0045  tRNA-Ala  91.43 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0041  tRNA-Ala  91.3 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0036  tRNA-Ala  91.3 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.274154  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0057  tRNA-Ala  90.41 
 
 		 73 bp  89.7  9e-17  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.000000000121136  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0048  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.152542 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08330  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0848374 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0065  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.485715 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0010  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0605022 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6015  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6008  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.458315 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0024  tRNA-Ala  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00134353 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ala-2  tRNA-Ala  90.16 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0318084  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0047  tRNA-Ala  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00354694  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0103  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00163997  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0029  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0055  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.623624  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0051  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5641  tRNA-Ile  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5644  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5618  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0269583  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5641  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.105844  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5287  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.231328  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0008  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5311  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.124894  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6047  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0009  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0348385  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0007  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0026  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0540884  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Ala-2  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 79 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Ala-4  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 79 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.511469  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Ala-1  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 79 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Ala-3  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 79 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Ala-5  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 79 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Ala-1  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 79 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.520164  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Ala-4  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 79 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0026  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0248198  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0010  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0068  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0550455 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0067  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0193127 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0003  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0053  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0033  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.362537  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0010  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_04600  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Ala-1  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.00147071  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Ala-2  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.132549  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0018  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.00619278  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0008  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.224087 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0049  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.306832 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA3  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0003  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0062  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.259721  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5625  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0342896  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0019  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.218874 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0001  tRNA-Ala  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5026  tRNA-Ala  86.49 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000587824  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5811  tRNA-Ala  86.49 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00210274  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5734  tRNA-Ala  86.49 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000108147  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0220  tRNA-Ala  86.49 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000245454  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Ala-3  tRNA-Ala  86.49 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000677485  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Ala-5  tRNA-Ala  86.49 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000396068  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Ala-4  tRNA-Ala  86.49 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.265738  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Ala-6  tRNA-Ala  86.49 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000288872  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Ala-2  tRNA-Ala  86.49 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000494003  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Ala-3  tRNA-Ala  86.49 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00200718  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0787  tRNA-Ala  86.49 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.3879199999999999e-31 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4995  tRNA-Ala  86.49 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4569  tRNA-Ala  86.49 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.0000000000675831  normal  0.111562 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0862  tRNA-Ala  86.49 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000000933142  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5140  tRNA-Ala  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00011996  normal  0.803313 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0196  tRNA-Ala  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000704358  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5724  tRNA-Ala  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000745652  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0102  tRNA-Ala  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00179656  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Ala-1  tRNA-Ala  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000729752  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Ala-2  tRNA-Ala  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000114514  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Ala-5  tRNA-Ala  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000442244  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0106  tRNA-Ala  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000506231  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0041  tRNA-Ala  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.66128  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3137t  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00236079  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Ala-5  tRNA-Ala  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000357086  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5658  tRNA-Ala  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.0000863381  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0175  tRNA-Ala  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0809338 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>