More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_R0051 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_R0051  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.128011  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0056  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0023  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0007  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0018  tRNA-Ala  93.62 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.000251336  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0072  tRNA-Ala  93.62 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.0000392242  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0057  tRNA-Ala  93.62 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00765372  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0004  tRNA-Ala  93.62 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.258987  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0039  tRNA-Ala  93.62 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0034  tRNA-Ala  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000978021  normal  0.113899 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0030  tRNA-Ala  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.915184  normal  0.110132 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0034  tRNA-Ala  95.24 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0046  tRNA-Ala  95.24 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0016  tRNA-Ala  88.31 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.168843  normal  0.312064 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0003  tRNA-Ala  88.31 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0028  tRNA-Ala  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.139647  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0028  tRNA-Ala  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.408156  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0028  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000264916  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0003  tRNA-Ala  95 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0015  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0358184  normal  0.634668 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0049  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000677236  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0009  tRNA-Ala  95 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0029  tRNA-Ala  97.22 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0034  tRNA-Ala  97.22 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.151795  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0082  tRNA-Ala  95 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ala-2  tRNA-Ala  91.49 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ala-3  tRNA-Ala  91.49 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.238742  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0032  tRNA-Ala  91.49 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0119257  normal  0.670174 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0013  tRNA-Ala  91.49 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0013  tRNA-Ala  91.49 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0119522  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0044  tRNA-Ala  91.49 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.541664  hitchhiker  0.000000158432 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0037  tRNA-Ala  91.49 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0013  tRNA-Ala  91.49 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0052  tRNA-Ala  91.49 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0019  tRNA-Ala  91.49 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0047  tRNA-Ala  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0013  tRNA-Ala  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.206331  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0058  tRNA-Ala  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.819419 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0066  tRNA-Ala  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00138372  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0056  tRNA-Ala  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.216594  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0027  tRNA-Ala  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0014  tRNA-Ala  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0634933  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0014  tRNA-Ala  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0213488  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0046  tRNA-Ala  97.06 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.22296 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0032  tRNA-Ala  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0080  tRNA-Ala  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0038  tRNA-Ala  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0055  tRNA-Ala  87.1 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.882837  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0040  tRNA-Ala  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.130821  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0033  tRNA-Ala  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0040  tRNA-Ala  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0690466  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0067  tRNA-Ala  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00925323  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0058  tRNA-Ala  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.168421  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6552  tRNA-Ala  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0064  tRNA-Ala  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.801657 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0025  tRNA-Ala  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0529629 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0049  tRNA-Ala  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4580  tRNA-Ala  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0029  tRNA-Ala  97.06 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0042  tRNA-Ala  97.06 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.344587  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0009  tRNA-Ala  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.292395  normal  0.689631 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4552  tRNA-Ala  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.566095  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6555  tRNA-Ala  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0039  tRNA-Ala  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0737446 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0048  tRNA-Ala  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.498854 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0056  tRNA-Ala  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0021  tRNA-Ala  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0171602  hitchhiker  0.000301734 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00060  tRNA-Ala  92.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0512928  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0076  tRNA-Ala  92.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000601074  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0002  tRNA-Ala  92.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Ala-3  tRNA-Ala  92.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Ala-1  tRNA-Ala  92.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Ala-2  tRNA-Ala  92.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Ala-3  tRNA-Ala  92.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Ala-5  tRNA-Ala  92.5 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Ala-6  tRNA-Ala  92.5 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t37  tRNA-Ala  94.44 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.00721336  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAt13  tRNA-Ala  94.44 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0344586  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t2493  tRNA-Ala  92.5 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t2571  tRNA-Ala  92.5 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t2608  tRNA-Ala  92.5 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0169  tRNA-Ala  92.5 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0182  tRNA-Ala  92.5 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0410  tRNA-Ala  92.5 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t1783  tRNA-Ala  92.5 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0153  tRNA-Ala  92.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0507  tRNA-Ala  92.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0352051  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0006  tRNA-Ala  92.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0023212  hitchhiker  0.00319916 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0024  tRNA-Ala  92.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000443957  unclonable  0.00000686591 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0052  tRNA-Ala  92.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0311944  normal  0.790944 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0260  tRNA-Ala  94.44 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1084  tRNA-Ala  94.44 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1705  tRNA-Ala  92.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1712  tRNA-Ala  92.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0021  tRNA-Ala  92.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000166714  normal  0.0117064 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0016  tRNA-Ala  92.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000390105  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0008  tRNA-Ala  92.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000639755  hitchhiker  0.000460021 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0013  tRNA-Ala  92.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00682305  normal  0.0131839 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0095  tRNA-Ala  92.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0130404  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0813  tRNA-Ala  92.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.465063  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>