More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_R0058 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011769  DvMF_R0064  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.801657 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0058  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.819419 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0032  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0025  tRNA-Ala  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0529629 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0030  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.915184  normal  0.110132 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0014  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0634933  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0034  tRNA-Ala  95.89 
 
 		 73 bp  121  1.9999999999999998e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0046  tRNA-Ala  95.89 
 
 		 73 bp  121  1.9999999999999998e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0020  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.18478  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0071  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0056  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0020  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0035  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.304574  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0030  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0061  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0046  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0017  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0394632  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0072  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.821542  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0034  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000978021  normal  0.113899 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0062  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.128618  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0052  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00134949  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0034  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0822071  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0009  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.292395  normal  0.689631 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0080  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0023  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00683735  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6555  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0032  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0119257  normal  0.670174 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0039  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0737446 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0013  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.206331  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0047  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0052  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0058  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.168421  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0040  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.130821  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0013  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0119522  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0044  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.541664  hitchhiker  0.000000158432 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0003  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0022  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0054  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0077  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0014  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0213488  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0056  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.216594  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0038  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0048  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.498854 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0056  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0027  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0066  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00138372  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0049  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0033  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6552  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4580  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4552  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.566095  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0048  tRNA-Ala  96.55 
 
 		 73 bp  99.6  9e-20  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00554369  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0024  tRNA-Ala  96.55 
 
 		 73 bp  99.6  9e-20  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00249338  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0079  tRNA-Ala  96.55 
 
 		 73 bp  99.6  9e-20  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.231908  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0004  tRNA-Ala  92.75 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000108101  normal  0.807397 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0020  tRNA-Ala  92.75 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  1.71083e-16  normal  0.531451 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0029  tRNA-Ala  92.75 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000220959  unclonable  0.000000053075 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0041  tRNA-Ala  92.75 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000493148  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0004  tRNA-Ala  96.49 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171326  hitchhiker  0.00000000652292 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ala-2  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ala-3  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.238742  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0004  tRNA-Ala  98.08 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0057  tRNA-Ala  98.08 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0038  tRNA-Ala  98.08 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.31999 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0065  tRNA-Ala  98.08 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4325  tRNA-Ala  98.08 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  decreased coverage  0.00976587  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4349  tRNA-Ala  98.08 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.271842  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4354  tRNA-Ala  98.08 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.118152  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0013  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0051  tRNA-Ala  98.08 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0057  tRNA-Ala  98.08 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0063  tRNA-Ala  98.08 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_R0065  tRNA-Ala  98.08 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.195359  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0050  tRNA-Ala  98.08 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.326292 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0059  tRNA-Ala  98.08 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0052  tRNA-Ala  98.08 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0008  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000809396  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0063  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.808449  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0072  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000540506  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0015  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0358184  normal  0.634668 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0049  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000677236  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t0654  tRNA-Ala  98.04 
 
 		 73 bp  93.7  5e-18  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t1372  tRNA-Ala  98.04 
 
 		 73 bp  93.7  5e-18  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t32  tRNA-Ala  94.83 
 
 		 73 bp  91.7  2e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.318982  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t37  tRNA-Ala  94.83 
 
 		 73 bp  91.7  2e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.00721336  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAt13  tRNA-Ala  94.83 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0344586  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1584  tRNA-Ala  94.83 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1020  tRNA-Ala  94.83 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1792  tRNA-Ala  94.83 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00323492  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0042  tRNA-Ala  94.83 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0052  tRNA-Ala  94.83 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0260  tRNA-Ala  94.83 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1084  tRNA-Ala  94.83 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Ala-4  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00103294  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1475  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000000234459  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3560  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000000184914  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0055  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0151112  normal  0.444616 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0042  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0776895  normal  0.130903 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0027  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000951116  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0072  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000111766  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>