More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_R0040 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009012  Cthe_R0040  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0690466  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0067  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00925323  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0058  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0010  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.560104  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0037  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0234109  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0004  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0083  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000917058  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0013  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000368246  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0080  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0009  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.292395  normal  0.689631 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0037  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00177627  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0008  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000000517432  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt02  tRNA-Ala  94.29 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt11  tRNA-Ala  94.29 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt02  tRNA-Ala  94.29 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt11  tRNA-Ala  94.29 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0068  tRNA-Ala  93.15 
 
 		 73 bp  105  1e-21  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0016  tRNA-Ala  93.15 
 
 		 73 bp  105  1e-21  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0028  tRNA-Ala  93.15 
 
 		 73 bp  105  1e-21  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0009  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2507  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2773  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0009  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0078  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2213  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2460  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0059  tRNA-Ala  92.75 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0006  tRNA-Ala  92.75 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0014  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0213488  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0063  tRNA-Ala  94.92 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.808449  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0072  tRNA-Ala  94.92 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000540506  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0008  tRNA-Ala  94.92 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000809396  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0061  tRNA-Ala  97.96 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0003  tRNA-Ala  97.96 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0022  tRNA-Ala  97.96 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0054  tRNA-Ala  97.96 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0077  tRNA-Ala  97.96 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0071  tRNA-Ala  97.96 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0072  tRNA-Ala  97.96 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.821542  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0030  tRNA-Ala  97.96 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0020  tRNA-Ala  97.96 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.18478  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0018  tRNA-Ala  91.3 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000012168  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0050  tRNA-Ala  91.3 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00215399  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0035  tRNA-Ala  97.96 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.304574  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0023  tRNA-Ala  97.96 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00683735  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0034  tRNA-Ala  97.96 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0822071  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0052  tRNA-Ala  97.96 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00134949  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0062  tRNA-Ala  97.96 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.128618  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0017  tRNA-Ala  97.96 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0394632  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0034  tRNA-Ala  97.96 
 
 		 73 bp  89.7  9e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0046  tRNA-Ala  97.96 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0030  tRNA-Ala  97.96 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.915184  normal  0.110132 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0046  tRNA-Ala  97.96 
 
 		 73 bp  89.7  9e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0056  tRNA-Ala  97.96 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0020  tRNA-Ala  97.96 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0056  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.216594  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0049  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0047  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0040  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.130821  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4552  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.566095  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6552  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0038  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4580  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0058  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.168421  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0039  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0737446 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0056  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0048  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.498854 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6555  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0016  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00128049  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0003  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0028  tRNA-Ala  90 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.139647  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0028  tRNA-Ala  90 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.408156  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0014  tRNA-Ala  95.92 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0634933  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0058  tRNA-Ala  95.92 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.819419 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0032  tRNA-Ala  95.92 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0007  tRNA-Ala  95.92 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00291536 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0023  tRNA-Ala  95.92 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0030  tRNA-Ala  95.92 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.284622  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0076  tRNA-Ala  95.92 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.989277 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0083  tRNA-Ala  95.92 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0064  tRNA-Ala  95.92 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.801657 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0016  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.168843  normal  0.312064 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0013  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0003  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0022  tRNA-Ala  95.83 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000000459218  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0020  tRNA-Ala  94.23 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0164  tRNA-Ala  94.23 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.405268  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t1707  tRNA-Ala  94.23 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t1834  tRNA-Ala  94.23 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0013  tRNA-Ala  95.83 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.206331  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0027  tRNA-Ala  95.83 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0066  tRNA-Ala  95.83 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00138372  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0033  tRNA-Ala  95.83 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0080  tRNA-Ala  95.83 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0037  tRNA-Ala  88 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0019  tRNA-Ala  88 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0034  tRNA-Ala  97.67 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000978021  normal  0.113899 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4325  tRNA-Ala  97.62 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  decreased coverage  0.00976587  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0042  tRNA-Ala  97.62 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5401  tRNA-Ala  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0384247  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>