More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sala_R0046 on replicon NC_008048
Organism: Sphingopyxis alaskensis RB2256



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008048  Sala_R0046  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.22296 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0042  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.344587  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0029  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0009  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0003  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0082  tRNA-Ala  94.67 
 
 		 76 bp  117  3.9999999999999997e-25  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0072  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.01367  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0010  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.177637  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA18  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA10  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0003  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.070805  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0041  tRNA-Ala  93.15 
 
 		 73 bp  105  1e-21  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0636835  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0025  tRNA-Ala  93.15 
 
 		 73 bp  105  1e-21  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.156326  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0035  tRNA-Ala  93.15 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0004  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0057  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4325  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  decreased coverage  0.00976587  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4349  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.271842  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4354  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.118152  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0065  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0059  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0038  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.31999 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0051  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0057  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0063  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0052  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_R0065  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.195359  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0050  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.326292 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0022  tRNA-Ala  91.78 
 
 		 73 bp  97.6  4e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0011  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.434197 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0040  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0186421 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0020  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.380478  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0032  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.708843 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0042  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0013  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.712374 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0021  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.905085  normal  0.99602 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0027  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0034  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0034  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.697663 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0011  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.176599  normal  0.232261 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0027  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0019  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0026  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0040  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00124514 
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0182  tRNA-Ala  90.41 
 
 		 73 bp  89.7  9e-17  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0410  tRNA-Ala  90.41 
 
 		 73 bp  89.7  9e-17  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0169  tRNA-Ala  90.41 
 
 		 73 bp  89.7  9e-17  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t1783  tRNA-Ala  90.41 
 
 		 73 bp  89.7  9e-17  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Ala-1  tRNA-Ala  90.41 
 
 		 73 bp  89.7  9e-17  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Ala-2  tRNA-Ala  90.41 
 
 		 73 bp  89.7  9e-17  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Ala-3  tRNA-Ala  90.41 
 
 		 73 bp  89.7  9e-17  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Ala-4  tRNA-Ala  90.41 
 
 		 73 bp  89.7  9e-17  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Ala-5  tRNA-Ala  90.41 
 
 		 73 bp  89.7  9e-17  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Ala-6  tRNA-Ala  90.41 
 
 		 73 bp  89.7  9e-17  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Ala-7  tRNA-Ala  90.41 
 
 		 73 bp  89.7  9e-17  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0553  tRNA-Ala  90.41 
 
 		 73 bp  89.7  9e-17  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t2178  tRNA-Ala  90.41 
 
 		 73 bp  89.7  9e-17  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t2450  tRNA-Ala  90.41 
 
 		 73 bp  89.7  9e-17  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t2493  tRNA-Ala  90.41 
 
 		 73 bp  89.7  9e-17  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t2571  tRNA-Ala  90.41 
 
 		 73 bp  89.7  9e-17  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t2608  tRNA-Ala  90.41 
 
 		 73 bp  89.7  9e-17  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0020  tRNA-Ala  90.41 
 
 		 73 bp  89.7  9e-17  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0080  tRNA-Ala  90.41 
 
 		 73 bp  89.7  9e-17  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna58  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.000146437  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5641  tRNA-Ile  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0003  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000778688  normal  0.0120453 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0089  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000139487  normal  0.187722 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0033  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 78 bp  87.7  3e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.362537  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna51  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.000980823  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0053  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.4871  normal  0.314649 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5287  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 78 bp  87.7  3e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.231328  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Ala-2  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 79 bp  87.7  3e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Ala-4  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 79 bp  87.7  3e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.511469  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5311  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 78 bp  87.7  3e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.124894  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Ala-1  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 79 bp  87.7  3e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.520164  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Ala-4  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 79 bp  87.7  3e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0084  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000245479  normal  0.337418 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0010  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0008  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0425989  normal  0.0119872 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0027  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.285298  hitchhiker  0.00194962 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0015    89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.348297  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0003  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0010  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Ala-1  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.00147071  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Ala-2  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.132549  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5618  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 78 bp  87.7  3e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0269583  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5625  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 78 bp  87.7  3e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0342896  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0010  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.021677 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0068  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0003  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00193312  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0013  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000457589  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0057  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0288839  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0077  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00000402465  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0085  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00934773  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0015  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0003  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0026  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0248198  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0009  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 78 bp  87.7  3e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0348385  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0054  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0103  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 78 bp  87.7  3e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00163997  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>