More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smal_R0003 on replicon NC_011071
Organism: Stenotrophomonas maltophilia R551-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010717  PXO_rna51  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.000980823  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna58  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.000146437  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0084  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000245479  normal  0.337418 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0089  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000139487  normal  0.187722 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0008  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0425989  normal  0.0119872 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0003  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000778688  normal  0.0120453 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0010  tRNA-Ala  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.0000320815  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0004  tRNA-Ala  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.000000388071  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0004  tRNA-Ala  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.000000194526  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0010  tRNA-Ala  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.00600624  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0038  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.31999 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0050  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.326292 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0065  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0057  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0004  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0059  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0052  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4325  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  decreased coverage  0.00976587  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4349  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.271842  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4354  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.118152  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0041  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0709552  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0009  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  hitchhiker  0.0000731062  normal  1 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_R0065  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.195359  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0051  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0057  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0063  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0006  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0860739  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0011  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.193139  normal  0.133058 
 
 
-
 
NC_004311  BRAt13  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0344586  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0070  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.756512  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1084  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1020  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0260  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0056  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1584  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0020  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0012  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1792  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00323492  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0042  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0052  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t32  tRNA-Ala  95.89 
 
 		 73 bp  121  1.9999999999999998e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.318982  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t37  tRNA-Ala  95.89 
 
 		 73 bp  121  1.9999999999999998e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.00721336  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0003  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA10  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0009  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0012  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00270892  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA18  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0082  tRNA-Ala  94.67 
 
 		 76 bp  117  3.9999999999999997e-25  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS00330  tRNA-Ala  95.71 
 
 		 76 bp  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00649993  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RS05584  tRNA-Ile  95.71 
 
 		 76 bp  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00134136  normal  0.130887 
 
 
-
 
NC_003295  RS05733  tRNA-Ala  95.71 
 
 		 76 bp  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0746893  normal  0.61314 
 
 
-
 
NC_003296  RS05382  tRNA-Ala  95.71 
 
 		 76 bp  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0151411  normal  0.0932844 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0028  tRNA-Ala  95.71 
 
 		 76 bp  115  1.0000000000000001e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.101563  normal  0.86399 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0013  tRNA-Ala  95.71 
 
 		 76 bp  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0442856  hitchhiker  0.0033866 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0013  tRNA-Ala  95.71 
 
 		 76 bp  115  1.0000000000000001e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.332941  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0050  tRNA-Ala  95.71 
 
 		 76 bp  115  1.0000000000000001e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.112182  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0053  tRNA-Ala  95.71 
 
 		 76 bp  115  1.0000000000000001e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0417957  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0003  tRNA-Ala  95.71 
 
 		 76 bp  115  1.0000000000000001e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0062  tRNA-Ala  95.71 
 
 		 76 bp  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000000375232  hitchhiker  0.000000804387 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0010  tRNA-Ala  95.71 
 
 		 76 bp  115  1.0000000000000001e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.081559  normal  0.0343248 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0008  tRNA-Ala  95.71 
 
 		 76 bp  115  1.0000000000000001e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.000503883  normal  0.923056 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0060  tRNA-Ala  95.71 
 
 		 76 bp  115  1.0000000000000001e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.245921 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0011  tRNA-Ala  95.71 
 
 		 76 bp  115  1.0000000000000001e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.620126  normal  0.156635 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0006  tRNA-Ala  95.71 
 
 		 76 bp  115  1.0000000000000001e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.118096  hitchhiker  0.00000272915 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0056  tRNA-Ala  95.71 
 
 		 76 bp  115  1.0000000000000001e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.115874  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0015  tRNA-Ala  95.71 
 
 		 76 bp  115  1.0000000000000001e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.143157  hitchhiker  0.00508793 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0051  tRNA-Ala  95.71 
 
 		 76 bp  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.257366  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0061  tRNA-Ala  95.71 
 
 		 76 bp  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0210957  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_BR0072  tRNA-Ala  95.71 
 
 		 76 bp  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00338762  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_BR0080  tRNA-Ala  95.71 
 
 		 76 bp  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0573035  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0011  tRNA-Ala  95.71 
 
 		 76 bp  115  1.0000000000000001e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0380305  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0039  tRNA-Ala  95.71 
 
 		 76 bp  115  1.0000000000000001e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.00000177246  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0060  tRNA-Ala  95.71 
 
 		 76 bp  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00000596545  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0052  tRNA-Ala  95.71 
 
 		 76 bp  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000478154  hitchhiker  0.000454644 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_R0062  tRNA-Ala  95.71 
 
 		 76 bp  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.0000193695  normal  0.338495 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_R0079  tRNA-Ala  95.71 
 
 		 76 bp  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000582548  normal  0.0302308 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0032  tRNA-Ala  95.71 
 
 		 76 bp  115  1.0000000000000001e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.244606  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0063  tRNA-Ala  95.71 
 
 		 76 bp  115  1.0000000000000001e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0096  tRNA-Ala  95.71 
 
 		 76 bp  115  1.0000000000000001e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000493226 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0018  tRNA-Ala  95.71 
 
 		 76 bp  115  1.0000000000000001e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.845155 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0006  tRNA-Ala  95.71 
 
 		 76 bp  115  1.0000000000000001e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0004  tRNA-Ala  95.71 
 
 		 76 bp  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000188504  normal  0.758397 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0055  tRNA-Ala  95.71 
 
 		 76 bp  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0151112  normal  0.444616 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0042  tRNA-Ala  95.71 
 
 		 76 bp  115  1.0000000000000001e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0776895  normal  0.130903 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0027  tRNA-Ala  95.71 
 
 		 76 bp  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000951116  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0072  tRNA-Ala  95.71 
 
 		 76 bp  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000111766  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0082  tRNA-Ala  95.71 
 
 		 76 bp  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000104949  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_BR0003  tRNA-Ala  95.71 
 
 		 76 bp  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000376598  normal  0.235119 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_BR0009  tRNA-Ala  95.71 
 
 		 76 bp  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000275815  normal  0.23625 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_BR0014  tRNA-Ala  95.71 
 
 		 76 bp  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  6.55572e-16  normal  0.0217689 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0040  tRNA-Ala  95.71 
 
 		 76 bp  115  1.0000000000000001e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0052  tRNA-Ala  95.71 
 
 		 76 bp  115  1.0000000000000001e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000131419  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0062  tRNA-Ala  95.71 
 
 		 76 bp  115  1.0000000000000001e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.509078  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_R0072  tRNA-Ala  95.71 
 
 		 76 bp  115  1.0000000000000001e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0130788  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_R0077  tRNA-Ala  95.71 
 
 		 76 bp  115  1.0000000000000001e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000753043  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0015  tRNA-Ala  95.71 
 
 		 76 bp  115  1.0000000000000001e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_R0077  tRNA-Ala  95.71 
 
 		 76 bp  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000309206  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_R0073  tRNA-Ala  95.71 
 
 		 76 bp  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000000385296  hitchhiker  0.0000734054 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_R0080  tRNA-Ala  95.71 
 
 		 76 bp  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000119822  normal  0.781959 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0053  tRNA-Ala  95.71 
 
 		 76 bp  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.000325055  normal  0.687052 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>