More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dtpsy_R0013 on replicon NC_011992
Organism: Acidovorax ebreus TPSY



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RS00330  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00649993  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RS05584  tRNA-Ile  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00134136  normal  0.130887 
 
 
-
 
NC_003295  RS05733  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0746893  normal  0.61314 
 
 
-
 
NC_003296  RS05382  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0151411  normal  0.0932844 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0043  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0232966  normal  0.0867643 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_R0079  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000582548  normal  0.0302308 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0052  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000478154  hitchhiker  0.000454644 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0040  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0003  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0091  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000387028 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_R0073  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000000385296  hitchhiker  0.0000734054 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0046  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.10564  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0056  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.115874  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0053  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.000325055  normal  0.687052 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0032  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.244606  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0015  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0051  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.257366  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0061  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0210957  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_BR0072  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00338762  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_BR0080  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0573035  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0011  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0380305  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0039  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.00000177246  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0057  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.0056753  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0062  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000000375232  hitchhiker  0.000000804387 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0013  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0442856  hitchhiker  0.0033866 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0063  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_R0077  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000309206  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0060  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.245921 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0050  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.112182  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0004  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000214056  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0053  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0417957  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0096  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000493226 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0015  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.143157  hitchhiker  0.00508793 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0060  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00000596545  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0011  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.620126  normal  0.156635 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0028  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.101563  normal  0.86399 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0006  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.118096  hitchhiker  0.00000272915 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0004  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000188504  normal  0.758397 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0055  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0151112  normal  0.444616 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0042  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0776895  normal  0.130903 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0027  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000951116  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0072  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000111766  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0082  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000104949  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_BR0003  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000376598  normal  0.235119 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_BR0009  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000275815  normal  0.23625 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_BR0014  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  6.55572e-16  normal  0.0217689 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0052  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000131419  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0062  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.509078  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_R0072  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0130788  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_R0077  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000753043  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_R0062  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.0000193695  normal  0.338495 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_R0068  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000449242  hitchhiker  0.000000587301 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_R0080  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000119822  normal  0.781959 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0067  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.188044  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0013  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.332941  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0006  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0018  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.845155 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0010  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.081559  normal  0.0343248 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0047  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.489079  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0052  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.70314  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_R0068  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0841557  hitchhiker  0.0022549 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0008  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.000503883  normal  0.923056 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0004  tRNA-Ala  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171326  hitchhiker  0.00000000652292 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0044  tRNA-Ala  98.7 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00327973  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0073  tRNA-Ala  98.7 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.0000232464  normal  0.0971077 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0066  tRNA-Ala  98.7 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000348959  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0004  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000108101  normal  0.807397 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0020  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  1.71083e-16  normal  0.531451 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0029  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000220959  unclonable  0.000000053075 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0041  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000493148  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5650  tRNA-Val  95.89 
 
 		 76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000000315313  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5659  tRNA-Val  95.89 
 
 		 76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.0000000000220141  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0005  tRNA-Ala  97.1 
 
 		 76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00000294423  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Val-2  tRNA-Val  95.89 
 
 		 79 bp  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000000213554  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Val-3  tRNA-Val  95.89 
 
 		 79 bp  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000000108525  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Val-4  tRNA-Val  95.89 
 
 		 79 bp  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000645962  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0009  tRNA-Ala  97.1 
 
 		 76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000350208  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Val-1  tRNA-Val  95.89 
 
 		 79 bp  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000000230232  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Val-2  tRNA-Val  95.89 
 
 		 79 bp  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000000226351  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Val-3  tRNA-Val  95.89 
 
 		 79 bp  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000000779763  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Val-5  tRNA-Val  95.89 
 
 		 79 bp  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000106447  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Val-6  tRNA-Val  95.89 
 
 		 79 bp  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000394218  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Ala-4  tRNA-Ala  97.1 
 
 		 76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00103294  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Ala-5  tRNA-Ala  97.1 
 
 		 76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00265908  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0700  tRNA-Ala  97.1 
 
 		 76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00000193557  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1330  tRNA-Ala  97.1 
 
 		 76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00172601  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1989  tRNA-Ala  97.1 
 
 		 76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.000000000370393  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0927  tRNA-Ala  97.1 
 
 		 76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.000000140839  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Val-1  tRNA-Val  95.89 
 
 		 76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000000155621  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Val-2  tRNA-Val  95.89 
 
 		 76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000000053562  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Val-3  tRNA-Val  95.89 
 
 		 76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000000196603  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Val-4  tRNA-Val  95.89 
 
 		 76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000000015578  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Val-6  tRNA-Val  95.89 
 
 		 76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000000778849  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0018  tRNA-Ala  97.1 
 
 		 76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000940712  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0019  tRNA-Ala  97.1 
 
 		 76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.0000594786  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_R0082  tRNA-Ala  97.1 
 
 		 76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000696423  normal  0.0186917 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_R0088  tRNA-Ala  97.1 
 
 		 76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.0000671858  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_R0084  tRNA-Ala  97.1 
 
 		 76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0103479  hitchhiker  0.00836377 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_R0079  tRNA-Ala  97.1 
 
 		 76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000825474  normal  0.0444964 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0063  tRNA-Ala  97.1 
 
 		 76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000409772  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>